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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1zvj | ||||||
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タイトル | Structure of Kumamolisin-AS mutant, D164N | ||||||
要素 | kumamolisin-As | ||||||
キーワード | HYDROLASE / D164N / Kumamolisin-As | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 tripeptidyl-peptidase activity / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Alicyclobacillus sendaiensis (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / AB INITIO / 解像度: 2.03 Å | ||||||
データ登録者 | Li, M. / Wlodawer, A. / Gustchina, A. / Nakayama, T. | ||||||
引用 | ジャーナル: Febs J. / 年: 2006 タイトル: Processing, catalytic activity and crystal structures of kumamolisin-As with an engineered active site. 著者: Okubo, A. / Li, M. / Ashida, M. / Oyama, H. / Gustchina, A. / Oda, K. / Dunn, B.M. / Wlodawer, A. / Nakayama, T. #1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2004 タイトル: Crystallographic and biochemical investigations of kumamolisin-As, a serine-carboxyl peptidase with collagenase activity. 著者: Wlodawer, A. / Li, M. / Gustchina, A. / Tsuruoka, N. / Ashida, M. / Minakata, H. / Oyama, H. / Oda, K. / Nishino, T. / Nakayama, T. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1zvj.cif.gz | 81.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1zvj.ent.gz | 59.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1zvj.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1zvj_validation.pdf.gz | 438.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1zvj_full_validation.pdf.gz | 445.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1zvj_validation.xml.gz | 17.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1zvj_validation.cif.gz | 24.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zv/1zvj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zv/1zvj | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 36717.371 Da / 分子数: 1 / 変異: D164N / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Alicyclobacillus sendaiensis (バクテリア) 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8GB88 |
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#2: 化合物 | ChemComp-CA / |
#3: 化合物 | ChemComp-SO4 / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.12 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.2 詳細: PEG8000, Ammounium Sulfate, pH 4.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 詳細: Osmic |
放射 | モノクロメーター: Osmic / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.02→50 Å / Num. all: 17485 / Num. obs: 17485 / % possible obs: 92.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.1 % / Rsym value: 0.044 / Net I/σ(I): 20.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.02→2.09 Å / 冗長度: 1.9 % / Mean I/σ(I) obs: 5.5 / Num. unique all: 1450 / Rsym value: 0.143 / % possible all: 76.1 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: AB INITIO / 解像度: 2.03→10 Å / Num. parameters: 10987 / Num. restraintsaints: 10622 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER 詳細: ANISOTROPIC SCALING APPLIED BY THE METHOD OF PARKIN, MOEZZI & HOPE, J.APPL.CRYST.28(1995)53-56
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Refine analyze | Num. disordered residues: 0 / Occupancy sum hydrogen: 0 / Occupancy sum non hydrogen: 2742.5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.03→10 Å
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拘束条件 |
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