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万見
- PDB-1gt6: S146A mutant of Thermomyces (Humicola) lanuginosa lipase complex ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1gt6
タイトルS146A mutant of Thermomyces (Humicola) lanuginosa lipase complex with oleic acid
要素Lipase
キーワードLIPASE / HYDROLASE / LIPID DEGRADATION / ZYMOGEN
機能・相同性
機能・相同性情報


triacylglycerol lipase / triacylglycerol lipase activity / lipid catabolic process
類似検索 - 分子機能
Mono-/di-acylglycerol lipase, N-terminal / Lipase 3 N-terminal region / : / Fungal lipase-like domain / Lipase (class 3) / Lipases, serine active site. / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
OLEIC ACID / Lipase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermomyces lanuginosus (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Brzozowski, A.M. / Yapoudjian, S. / Ivanova, M.G. / Patkar, S.A. / Vind, J. / Svendsen, A. / Verger, R.
引用ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 2002
タイトル: Binding of Thermomyces (Humicola) lanuginosa lipase to the mixed micelles of cis-parinaric acid/NaTDC.
著者: Yapoudjian, S. / Ivanova, M.G. / Brzozowski, A.M. / Patkar, S.A. / Vind, J. / Svendsen, A. / Verger, R.
履歴
登録2002年1月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02003年1月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年11月14日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: citation / diffrn_detector ...citation / diffrn_detector / diffrn_source / entity / entity_name_com / entity_src_gen / entity_src_nat / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_ref
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.page_last ..._citation.journal_abbrev / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _diffrn_detector.detector / _diffrn_source.pdbx_wavelength_list / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_mutation / _entity.src_method / _entity_name_com.name / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code
改定 1.42019年10月9日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI
改定 1.52023年12月13日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.62024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lipase
B: Lipase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,2184
ポリマ－58,6532
非ポリマー5652
水3,045169
1
A: Lipase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,6092
ポリマ－29,3261
非ポリマー2821
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: Lipase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,6092
ポリマ－29,3261
非ポリマー2821
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)117.101, 97.304, 55.508
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

-
要素

#1: タンパク質 Lipase / Triacylglycerol lipase


分子量: 29326.484 Da / 分子数: 2 / 変異: S168A / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: OLEIC ACID / 由来: (組換発現) Thermomyces lanuginosus (菌類) / 遺伝子: LIP / 発現宿主: Aspergillus oryzae (米麹菌) / 参照: UniProt: O59952, triacylglycerol lipase
#2: 化合物 ChemComp-OLA / OLEIC ACID / オレイン酸


分子量: 282.461 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H34O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 169 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細ENGINEERED MUTATION SER 168 ALA CHAINS A AND B
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53 %
結晶化pH: 8.51
詳細: PH 8.5 TRIS BUFFER, 25 MM MGCL2, 25% W/V PEG 5K MME, 10 MM PROTEIN CONC 10-20 MG/ML IN 10 MM TRIS BUFFER PH 8.0
結晶化
*PLUS
pH: 8 / 手法: unknown
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
10.1 MTris-HCl11pH8.0
210 mMNaTDC11
325 %(w/v)PEG5000 MME11
425 mM11MgCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / タイプ: ESRF / 波長: 0.91 / 波長: 0.91 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→20 Å / Num. obs: 33614 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 3.5 % / Rsym value: 0.075 / Net I/σ(I): 9.3
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 3 % / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Rsym value: 0.5 / % possible all: 94.7
反射
*PLUS
最高解像度: 2.2 Å / Rmerge(I) obs: 0.075
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.2 Å / % possible obs: 96.2 % / Rmerge(I) obs: 0.44 / Mean I/σ(I) obs: 3.2

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解析

ソフトウェア
名称分類
REFMAC精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1DT5

1dt5


解像度: 2.2→20 Å / SU B: 5.96346 / SU ML: 0.15322 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.27451 / ESU R Free: 0.20358
詳細: OLEIC ACID IN MOLECULE B IS COMPLETE B IN MOLECULE A ALKYL CHAIN IS VISIBLE TILL C10 CARBON SO THE OCCUPANCY OF THE C11-C18 WERE SET TO 0 (BUT MODELLED).
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23939 1642 5.1 %RANDOM
Rwork0.21432 ---
obs0.21564 30644 98.1 %-
原子変位パラメータBiso mean: 21.158 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.76 Å20 Å20 Å2
2---3.57 Å20 Å2
3----2.18 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4140 0 40 169 4349
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.2 Å / 最低解像度: 20 Å / Rfactor Rfree: 0.239 / Rfactor Rwork: 0.214
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg1.2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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