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- PDB-1gt0: Crystal structure of a POU/HMG/DNA ternary complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1gt0
タイトルCrystal structure of a POU/HMG/DNA ternary complex
要素
  • 5'-D(*AP*TP*CP*CP*CP*AP*TP*TP*AP*GP* CP*AP*TP*CP*CP*AP*AP*AP*CP*AP*AP*AP*GP*A)-3'
  • 5'-D(*TP*TP*CP*TP*TP*TP*GP*TP*TP*TP* GP*GP*AP* TP*GP*CP*TP*AP*AP*TP*GP*GP*GP*A)-3'
  • OCTAMER-BINDING TRANSCRIPTION FACTOR 1
  • TRANSCRIPTION FACTOR SOX-2
キーワードTRANSCRIPTION / TRANSCRIPTION FACTOR / POU FACTORS / SOX PROTEINS
機能・相同性
機能・相同性情報


diencephalon morphogenesis / olfactory placode formation / lens induction in camera-type eye / retina morphogenesis in camera-type eye / regulation of myofibroblast cell apoptotic process / detection of mechanical stimulus involved in equilibrioception / pigment biosynthetic process / forebrain neuron differentiation / anatomical structure formation involved in morphogenesis / positive regulation of epithelial cell differentiation ...diencephalon morphogenesis / olfactory placode formation / lens induction in camera-type eye / retina morphogenesis in camera-type eye / regulation of myofibroblast cell apoptotic process / detection of mechanical stimulus involved in equilibrioception / pigment biosynthetic process / forebrain neuron differentiation / anatomical structure formation involved in morphogenesis / positive regulation of epithelial cell differentiation / endodermal cell fate specification / response to oxygen-glucose deprivation / adenohypophysis development / Deactivation of the beta-catenin transactivating complex / positive regulation of cell-cell adhesion / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of sound / neuron fate commitment / trophectodermal cell differentiation / neuronal stem cell population maintenance / male genitalia development / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 3 Promoter / RNA Polymerase III Abortive And Retractive Initiation / cell fate specification / inner ear morphogenesis / tongue development / lung alveolus development / stem cell population maintenance / epithelial tube branching involved in lung morphogenesis / positive regulation of Notch signaling pathway / positive regulation of neuroblast proliferation / negative regulation of Wnt signaling pathway / inner ear development / somatic stem cell population maintenance / negative regulation of cell differentiation / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / regulation of neurogenesis / negative regulation of neuron differentiation / cell fate commitment / neuroblast proliferation / embryonic organ development / negative regulation of osteoblast differentiation / RNA polymerase II core promoter sequence-specific DNA binding / response to retinoic acid / forebrain development / Notch signaling pathway / positive regulation of neuron differentiation / cellular response to cadmium ion / stem cell differentiation / positive regulation of cell differentiation / sensory perception of sound / brain development / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / neuron differentiation / chromatin DNA binding / cerebral cortex development / Wnt signaling pathway / positive regulation of miRNA transcription / osteoblast differentiation / RNA polymerase II transcription regulator complex / gene expression / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / DNA-binding transcription factor binding / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / Estrogen-dependent gene expression / transcription regulator complex / sequence-specific DNA binding / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription factor activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / intracellular membrane-bounded organelle / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin binding / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / endoplasmic reticulum / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
POU domain, class 2, transcription factor 1, C-terminal / POU domain, class 2, transcription factor 1 C-terminal / Octamer-binding transcription factor / Transcription factor SOX / SOX transcription factor / : / POU-specific domain / POU domain / Pou domain - N-terminal to homeobox domain / POU-specific (POUs) domain signature 1. ...POU domain, class 2, transcription factor 1, C-terminal / POU domain, class 2, transcription factor 1 C-terminal / Octamer-binding transcription factor / Transcription factor SOX / SOX transcription factor / : / POU-specific domain / POU domain / Pou domain - N-terminal to homeobox domain / POU-specific (POUs) domain signature 1. / POU-specific (POUs) domain signature 2. / POU-specific (POUs) domain profile. / Found in Pit-Oct-Unc transcription factors / : / High mobility group box domain / DNA Binding (I), subunit A / Homeobox, conserved site / 'Homeobox' domain signature. / Homeodomain / lambda repressor-like DNA-binding domains / 'Homeobox' domain profile. / Homeodomain / Homeobox domain / HMG (high mobility group) box / HMG boxes A and B DNA-binding domains profile. / 434 Repressor (Amino-terminal Domain) / high mobility group / High mobility group box domain / High mobility group box domain superfamily / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily / Homeodomain-like / Homeobox-like domain superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / POU domain, class 2, transcription factor 1 / Transcription factor SOX-2
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Remenyi, A. / Wilmanns, M.
引用ジャーナル: Genes Dev. / 年: 2003
タイトル: Crystal Structure of a POU/Hmg/DNA Ternary Complex Suggests Differential Assembly of Oct4 and Sox2 on Two Enhancers
著者: Remenyi, A. / Lins, K. / Nissen, L.J. / Reinbold, R. / Scholer, H.R. / Wilmanns, M.
履歴
登録2002年1月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02003年1月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年11月14日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Refinement description
改定 1.22019年7月24日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-D(*TP*TP*CP*TP*TP*TP*GP*TP*TP*TP* GP*GP*AP* TP*GP*CP*TP*AP*AP*TP*GP*GP*GP*A)-3'
B: 5'-D(*AP*TP*CP*CP*CP*AP*TP*TP*AP*GP* CP*AP*TP*CP*CP*AP*AP*AP*CP*AP*AP*AP*GP*A)-3'
C: OCTAMER-BINDING TRANSCRIPTION FACTOR 1
D: TRANSCRIPTION FACTOR SOX-2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,8984
ポリマ－42,8984
非ポリマー00
水1,62190
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)72.800, 72.800, 172.400
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: DNA鎖 5'-D(*TP*TP*CP*TP*TP*TP*GP*TP*TP*TP* GP*GP*AP* TP*GP*CP*TP*AP*AP*TP*GP*GP*GP*A)-3'


分子量: 7436.796 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: FGF-4 ENHANCER / 由来: (合成) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
#2: DNA鎖 5'-D(*AP*TP*CP*CP*CP*AP*TP*TP*AP*GP* CP*AP*TP*CP*CP*AP*AP*AP*CP*AP*AP*AP*GP*A)-3'


分子量: 7299.773 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: FGF-4 ENHANCER / 由来: (合成) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
#3: タンパク質 OCTAMER-BINDING TRANSCRIPTION FACTOR 1 / OTF-1 / NF-A1 / OCT-1


分子量: 18327.795 Da / 分子数: 1 / Fragment: POU DOMAIN RESIDUES 280-438 / Mutation: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PET-24D / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P14859
#4: タンパク質 TRANSCRIPTION FACTOR SOX-2


分子量: 9833.532 Da / 分子数: 1 / Fragment: HMG DOMAIN RESIDUES 41-120 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / プラスミド: PET24-D / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P48432
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 90 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細CHAIN C ENGINEERED MUTATION CYS340SER CYS428SER

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 60 %
結晶化pH: 7
詳細: 18% PEG3350, 50 MM HEPES PH 7.0, 20 MM MGCL2, 5% GLYCEROL

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7B / 波長: 0.846
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2001年6月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.846 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→30 Å / Num. obs: 16619 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 5.2 % / Biso Wilson estimate: 80.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.047 / Rsym value: 0.047 / Net I/σ(I): 21.8
反射 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / Rmerge(I) obs: 0.35 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Rsym value: 0.35 / % possible all: 96.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHELX位相決定
SHARP位相決定
CNS1精密化
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.6→30 Å / Data cutoff high absF: 100000 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.285 836 5 %RANDOM
Rwork0.232 ---
obs0.232 16612 98.2 %-
原子変位パラメータBiso mean: 58.3 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1765 978 0 90 2833
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.8
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.66 Å / Rfactor Rfree error: 0.061 / Total num. of bins used: 16
Rfactor反射数%反射
Rfree0.4005 42 5 %
Rwork0.3935 858 -
obs--5.4 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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