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- PDB-1gqw: Taurine/alpha-ketoglutarate Dioxygenase from Escherichia coli -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1gqw
タイトルTaurine/alpha-ketoglutarate Dioxygenase from Escherichia coli
要素ALPHA-KETOGLUTARATE-DEPENDENT TAURINE DIOXYGENASE
キーワードOXIDOREDUCTASE / TAURINE / SULPHUR METABOLISM / OXYGENASE / ALPHA-KETOGLUTARATE / TAUD / TFDA / DIOXYGENASE
機能・相同性
機能・相同性情報


taurine catabolic process / taurine dioxygenase complex / taurine dioxygenase / taurine dioxygenase activity / sulfur compound metabolic process / L-ascorbic acid binding / ferrous iron binding / protein homotetramerization / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Clavaminate synthase-like / Double-stranded beta-helix / TauD/TfdA-like domain / Taurine catabolism dioxygenase TauD, TfdA family / Taurine dioxygenase TauD-like superfamily / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-OXOGLUTARIC ACID / : / 2-AMINOETHANESULFONIC ACID / Alpha-ketoglutarate-dependent taurine dioxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
手法X線回折 / 多重同系置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Elkins, J.M. / Ryle, M.J. / Clifton, I.J. / Dunning-Hotopp, J.C. / Lloyd, J.S. / Burzlaff, N.I. / Baldwin, J.E. / Hausinger, R.P. / Roach, P.L.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2002
タイトル: X-Ray Crystal Structure of Escherichia Coli Taurine/Alpha-Ketoglutarate Dioxygenase Complexed to Ferrous Iron and Substrates
著者: Elkins, J.M. / Ryle, M.J. / Clifton, I.J. / Dunning Hotopp, J. / Lloyd, J.S. / Burzlaff, N.I. / Baldwin, J.E. / Hausinger, R.P. / Roach, P.L.
履歴
登録2001年12月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02002年4月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ALPHA-KETOGLUTARATE-DEPENDENT TAURINE DIOXYGENASE
B: ALPHA-KETOGLUTARATE-DEPENDENT TAURINE DIOXYGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,5618
ポリマ－64,9072
非ポリマー6546
水00
1
B: ALPHA-KETOGLUTARATE-DEPENDENT TAURINE DIOXYGENASE
ヘテロ分子

B: ALPHA-KETOGLUTARATE-DEPENDENT TAURINE DIOXYGENASE
ヘテロ分子

B: ALPHA-KETOGLUTARATE-DEPENDENT TAURINE DIOXYGENASE
ヘテロ分子

B: ALPHA-KETOGLUTARATE-DEPENDENT TAURINE DIOXYGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)131,12216
ポリマ－129,8144
非ポリマー1,30812
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_655-x+1,-y,z1
crystal symmetry operation8_556x-y,-y,-z+11
crystal symmetry operation11_656-x+y+1,y,-z+11
Buried area9200 Å2
ΔGint-71.94 kcal/mol
Surface area43130 Å2
手法PISA
2
A: ALPHA-KETOGLUTARATE-DEPENDENT TAURINE DIOXYGENASE
ヘテロ分子

A: ALPHA-KETOGLUTARATE-DEPENDENT TAURINE DIOXYGENASE
ヘテロ分子

A: ALPHA-KETOGLUTARATE-DEPENDENT TAURINE DIOXYGENASE
ヘテロ分子

A: ALPHA-KETOGLUTARATE-DEPENDENT TAURINE DIOXYGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)131,12216
ポリマ－129,8144
非ポリマー1,30812
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z+2/31
crystal symmetry operation10_665-y+1,-x+1,-z+2/31
Buried area9250 Å2
ΔGint-73.5 kcal/mol
Surface area43890 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)116.850, 116.850, 201.910
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number180
Space group name H-MP6222
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.85901, 0.51171, -0.01591), (-0.51188, -0.859, 0.00965), (-0.00873, 0.01643, 0.99983)
ベクター: 58.22111, 57.95159, 33.43064)

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要素

#1: タンパク質 ALPHA-KETOGLUTARATE-DEPENDENT TAURINE DIOXYGENASE / TAURINE DIOXYGENASE / 2-AMINOETHANESULFONATE DIOXYGENASE / SULFATE STARVATION-INDUCED PROTEIN 3


分子量: 32453.467 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P37610, taurine dioxygenase
#2: 化合物 ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物 ChemComp-TAU / 2-AMINOETHANESULFONIC ACID


分子量: 125.147 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H7NO3S
#4: 化合物 ChemComp-AKG / 2-OXOGLUTARIC ACID


分子量: 146.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H6O5
構成要素の詳細CONVERTS ALPHA KETOGLUTARATE AND TAURINE INTO SULPHITE, SUCCINATE AND AMINOACETALDEHYDE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 60 %
結晶化pH: 7.5
詳細: 20-28% PEG1000, 20% ETHYLENE GLYCOL, 75MM IMIDAZOLE PH7.5, PROTEIN SOLUTION LOADED WITH FE(II), ALPHA-KETOGLUTARATE, TAURINE, DITHIOTHREITOL, pH 7.50
結晶化
*PLUS
温度: 17 ℃ / pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
118 mg/mlprotein1drop
220 mMTris1droppH7.0
3200 mMalphaKG1drop
4200 mMtaurine1droppH7.0
5100 mMdithiothreitol1drop
620-28 %PEG10001reservoir
775 mMimidazole1reservoirpH7.0
820 %ethylene glycol1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年12月15日 / 詳細: OSMIC
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→40.49 Å / Num. obs: 16990 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 5.9 % / Biso Wilson estimate: 60.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Net I/σ(I): 10.5
反射 シェル解像度: 3→3.16 Å / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.27 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 99.8
反射
*PLUS
Num. obs: 16727 / Num. measured all: 98529
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99.8 % / Rmerge(I) obs: 0.27

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 3→40.44 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high absF: 2733619.8 / Isotropic thermal model: GROUP / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: RESIDUES WITH DISORDERED SIDE-CHAINS WERE MODELED AS ALANINE
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.32 1647 9.8 %RANDOM
Rwork0.281 ---
obs0.281 16749 98.5 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / ksol: 0.318286 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 63.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-11.22 Å22.77 Å20 Å2
2--11.22 Å20 Å2
3----22.44 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.6 Å0.48 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.67 Å0.52 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→40.44 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4348 0 36 0 4384
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.6
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.89
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
Refine LS restraints NCSRms dev position: 0.03 Å / Weight position: 300
LS精密化 シェル解像度: 3→3.19 Å / Rfactor Rfree error: 0.026 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.421 271 9.9 %
Rwork0.354 2464 -
obs--99.5 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2ION.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION3TAURINE_AKG_SUX_PAR.TXTTAURINE_AKG_SUX_TOP.TXT
精密化
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.32
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg24.6
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.89
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor obs: 0.354

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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