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万見
- PDB-1gqu: Crystal structure of an alternating A-T oligonucleotide fragment ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1gqu
タイトルCrystal structure of an alternating A-T oligonucleotide fragment with Hoogsteen base pairing
要素DNA (5'(*AP*TP*AP*UP*AP*T)-3')
キーワードDNA / DNA/RNA / NEW DNA STRUCTURE / HOOGSTEEN BASE PAIRING
機能・相同性DNA
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Abrescia, N.G.A. / Thompson, A. / Huynh-Dinh, T. / Subirana, J.A.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2002
タイトル: Crystal Structure of an Antiparallel DNA Fragment with Hoogsteen Base Pairing
著者: Abrescia, N.G.A. / Thompson, A. / Huynh-Dinh, T. / Subirana, J.A.
履歴
登録2001年12月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02002年12月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'(*AP*TP*AP*UP*AP*T)-3')
B: DNA (5'(*AP*TP*AP*UP*AP*T)-3')
C: DNA (5'(*AP*TP*AP*UP*AP*T)-3')
D: DNA (5'(*AP*TP*AP*UP*AP*T)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,4884
ポリマ－7,4884
非ポリマー00
水84747
1
A: DNA (5'(*AP*TP*AP*UP*AP*T)-3')
B: DNA (5'(*AP*TP*AP*UP*AP*T)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,7442
ポリマ－3,7442
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
C: DNA (5'(*AP*TP*AP*UP*AP*T)-3')
D: DNA (5'(*AP*TP*AP*UP*AP*T)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,7442
ポリマ－3,7442
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)23.960, 48.950, 32.240
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.27, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: DNA鎖
DNA (5'(*AP*TP*AP*UP*AP*T)-3')


分子量: 1872.111 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 47 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.2 % / 解説: FOR MORE DETAILS ON DATA STATISTICS SEE PAPER
結晶化pH: 6 / 詳細: pH 6.00
結晶化
*PLUS
温度: 13 ℃ / pH: 6 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
10.7 mMDNA duplex1drop
23 mMspermine1drop
39 mM1dropKCl
425 mMsodium cacodylate1droppH6.
537 %(v/v)MPD1drop
638 %(v/v)MPD1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.919,0.855
検出器タイプ: MARCCD / 検出器: CCD / 日付: 2001年3月15日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9191
20.8551
反射解像度: 2.5→30 Å / Num. obs: 2591 / % possible obs: 90.3 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 10.3 % / Rmerge(I) obs: 0.06
反射 シェル最高解像度: 2.5 Å / % possible all: 68.6
反射
*PLUS
最低解像度: 30 Å / 冗長度: 10.4 % / Rmerge(I) obs: 0.06
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 68.6 % / Rmerge(I) obs: 0.175

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SCALEITデータスケーリング
MLPHARE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.5→15 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: FOR MORE DETAILS ON DATA STATISTICS SEE PAPER
Rfactor反射数%反射Selection details
Rwork0.22 ---
obs0.22 2547 97.2 %-
Rfree-240 9.2 %RANDOM
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 480 0 47 527
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0089
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.17
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.61 Å / Num. reflection Rwork: 273 / Total num. of bins used: 8
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1DNA-RNA.PARAMDNA-RNA.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER_REP.TOP
精密化
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.234 / Rfactor Rwork: 0.22
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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