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- PDB-1gqo: Type II Dehydroquinase from Bacillus subtilis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1gqo
タイトルType II Dehydroquinase from Bacillus subtilis
要素DEHYDROQUINASE
キーワードLYASE / DEHYDRATASE
機能・相同性
機能・相同性情報


quinate catabolic process / 3-dehydroquinate dehydratase / 3-dehydroquinate dehydratase activity / chorismate biosynthetic process / aromatic amino acid family biosynthetic process / amino acid biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
Dehydroquinase, class II / Dehydroquinase, class II, conserved site / Dehydroquinase class II signature. / Dehydroquinase, class II / Dehydroquinase, class II superfamily / Dehydroquinase class II / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3-dehydroquinate dehydratase
類似検索 - 構成要素
生物種BACILLUS SUBTILIS (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Robinson, D.A. / Roszak, A.W. / Coggins, J.R. / Lapthorn, A.J.
引用
ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of the Type II Dehydroquinase from Bacillus Subtilis
著者: Robinson, D.A. / Roszak, A.W. / Coggins, J.R. / Lapthorn, A.J.
#1: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1999
タイトル: The Two Types of 3-Dehydroquinase Have Distinct Structures But Catalyze the Same Overall Reaction
著者: Gourley, D.G. / Shrive, A.K. / Polikarpov, I. / Krell, T. / Coggins, J.R. / Hawkins, A.R. / Isaacs, N.W. / Sawyer, L.
履歴
登録2001年11月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02002年12月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年9月7日Group: Atomic model / Derived calculations ...Atomic model / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Structure summary / Version format compliance
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DEHYDROQUINASE
B: DEHYDROQUINASE
C: DEHYDROQUINASE
D: DEHYDROQUINASE
E: DEHYDROQUINASE
F: DEHYDROQUINASE
G: DEHYDROQUINASE
H: DEHYDROQUINASE
I: DEHYDROQUINASE
J: DEHYDROQUINASE
K: DEHYDROQUINASE
L: DEHYDROQUINASE
M: DEHYDROQUINASE
N: DEHYDROQUINASE
O: DEHYDROQUINASE
P: DEHYDROQUINASE
Q: DEHYDROQUINASE
R: DEHYDROQUINASE
S: DEHYDROQUINASE
T: DEHYDROQUINASE
U: DEHYDROQUINASE
V: DEHYDROQUINASE
X: DEHYDROQUINASE
Y: DEHYDROQUINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)387,91396
ポリマ－381,28224
非ポリマー6,63172
水39,6692202
1
A: DEHYDROQUINASE
B: DEHYDROQUINASE
C: DEHYDROQUINASE
D: DEHYDROQUINASE
E: DEHYDROQUINASE
F: DEHYDROQUINASE
G: DEHYDROQUINASE
H: DEHYDROQUINASE
I: DEHYDROQUINASE
J: DEHYDROQUINASE
K: DEHYDROQUINASE
L: DEHYDROQUINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)193,95748
ポリマ－190,64112
非ポリマー3,31536
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area37540 Å2
ΔGint-99.1 kcal/mol
Surface area55050 Å2
手法PISA
2
M: DEHYDROQUINASE
N: DEHYDROQUINASE
O: DEHYDROQUINASE
P: DEHYDROQUINASE
Q: DEHYDROQUINASE
R: DEHYDROQUINASE
S: DEHYDROQUINASE
T: DEHYDROQUINASE
U: DEHYDROQUINASE
V: DEHYDROQUINASE
X: DEHYDROQUINASE
Y: DEHYDROQUINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)193,95748
ポリマ－190,64112
非ポリマー3,31536
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area37300 Å2
ΔGint-96.5 kcal/mol
Surface area55660 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)97.210, 195.610, 97.360
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.87, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.0558, 0.99802, 0.02898), (-0.09162, -0.03403, 0.99521), (0.99423, 0.05288, 0.09334)-0.37604, 60.34263, -52.95134
2given(-0.06122, -0.08721, 0.99431), (0.9974, -0.04315, 0.05763), (0.03788, 0.99525, 0.08963)58.24899, 5.99133, -55.61398
3given(0.99593, 0.02296, 0.08716), (0.02279, -0.99974, 0.003), (0.08721, -0.001, -0.99619)-6.26003, 193.06442, 90.8856
4given(-0.02425, -0.99877, -0.04318), (-0.00296, 0.04326, -0.99906), (0.9997, -0.0241, -0.00401)195.37344, 143.14093, -41.38987
5given(0.03366, 0.08908, -0.99546), (0.99762, 0.0569, 0.03883), (0.0601, -0.9944, -0.08695)130.85056, -2.93504, 145.29007
6given(0.02849, 0.99743, 0.06579), (0.09324, 0.06288, -0.99366), (-0.99524, 0.03444, -0.09121)-10.00237, 132.15979, 143.55835
7given(0.06738, 0.01986, -0.99753), (-0.99611, -0.05565, -0.06839), (-0.05687, 0.99825, 0.01603)134.6691, 199.62482, -43.65098
8given(-0.99941, -0.03005, -0.01669), (-0.03152, 0.99484, 0.09647), (0.0137, 0.09694, -0.9952)190.44698, -1.15337, 87.97087
9given(-0.03319, -0.007, 0.99942), (-0.99856, 0.04232, -0.03286), (-0.04207, -0.99908, -0.00839)47.63, 188.39348, 151.34756
10given(-0.99593, 0.00139, -0.09009), (0.00697, -0.99569, -0.09243), (-0.08983, -0.09269, 0.99163)190.61087, 198.70207, 17.83028
11given(0.05495, -0.99683, -0.05747), (0.00287, -0.0574, 0.99835), (-0.99848, -0.05503, -0.00029)188.30643, 53.52286, 148.14474
12given(0.99558, 0.0015, 0.09395), (-0.00711, -0.99581, 0.09121), (0.0937, -0.09147, -0.99139)36.52377, 235.95795, 154.04959
13given(-0.05136, -0.99728, 0.05281), (-0.00076, -0.05284, -0.9986), (0.99868, -0.05133, 0.00196)237.739, 201.59033, 9.216
14given(0.03516, -0.00298, -0.99938), (0.99848, 0.04248, 0.03501), (0.04235, -0.99909, 0.00447)188.31842, 40.39443, 194.41487
15given(0.9994, -0.02926, 0.01836), (0.03087, 0.99506, -0.09433), (-0.01551, 0.09484, 0.99537)48.26341, -41.34766, -59.66528
16given(-0.03117, 0.99757, -0.06238), (-0.09859, 0.05904, 0.99338), (0.99464, 0.03711, 0.09651)-46.33642, -1.94366, -12.68335
17given(-0.06779, 0.01751, 0.99755), (0.99603, -0.0567, 0.06868), (0.05776, 0.99824, -0.0136)-1.8922, 52.00407, -99.3517
18given(0.02766, -0.99911, 0.03184), (0.00407, 0.03196, 0.99948), (-0.99961, -0.02752, 0.00495)236.32057, -3.38622, 100.74675
19given(-0.03334, 0.08416, 0.99589), (-0.99768, 0.0564, -0.03817), (-0.05938, -0.99485, 0.08208)-13.30418, 140.65802, 191.09993
20given(-0.9959, 0.02485, -0.08695), (-0.02474, -0.99969, -0.0024), (-0.08698, -0.00024, 0.99621)145.49515, 246.64554, -42.18469
21given(0.0597, -0.08986, -0.99416), (-0.99746, -0.04418, -0.0559), (-0.0389, 0.99497, -0.09227)199.34116, 157.1711, -86.39352
22given(-0.99998, -0.0038, -0.00445), (-0.00381, 0.99999, 0.00166), (0.00444, 0.00168, -0.99999)142.0845, -49.74651, 145.28319
23given(0.04731, 0.99823, -0.03617), (0.09249, -0.04044, -0.99489), (-0.99459, 0.04372, -0.09423)-52.5275, 194.88602, 99.55748

-
要素

#1: タンパク質 ...
DEHYDROQUINASE / DHQASE / 3-DEHYDROQUINASE / TYPE II DHQASE


分子量: 15886.768 Da / 分子数: 24 / 断片: RESIDUES 2-144 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) BACILLUS SUBTILIS (枯草菌) / 細胞内の位置: CYTOPLASM / 遺伝子: YQHS / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P54517, 3-dehydroquinate dehydratase
#2: 化合物...
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 72 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2202 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細THERE ARE TWO DODECAMERS IN THE A.U. 3-DEHYDROQUINATE = 3-DEHYDROSHIKIMATE + H(2)O. AROMATIC AMINO ...THERE ARE TWO DODECAMERS IN THE A.U. 3-DEHYDROQUINATE = 3-DEHYDROSHIKIMATE + H(2)O. AROMATIC AMINO ACIDS BIOSYNTHESIS; SHIKIMATE PATHWAY;

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.31 %
結晶化pH: 8.2 / 詳細: 5% PEG8K, 0.05M CACL2, 0.1M TRIS PH 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX9.6 / 波長: 0.87
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 1999年9月15日 / 詳細: MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.87 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→21.84 Å / Num. obs: 174109 / % possible obs: 82.5 % / 冗長度: 2.9 % / Biso Wilson estimate: 31.62 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.102
反射 シェル解像度: 2.1→2.4 Å / 冗長度: 1 % / Mean I/σ(I) obs: 1 / % possible all: 64.2

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解析

ソフトウェア
名称分類
REFMAC精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: STREPTOMYCES COELICOLOR DODECAMER

解像度: 2.1→21.84 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.51346 / ESU R Free: 0.28506
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.259 -10 %RANDOM
Rwork0.201 ---
obs-210733 86 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→21.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数26100 0 430 2202 28732
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0160.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0390.04
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0410.05
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it1.6652
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it2.7513
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it1.8022
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it2.9173
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.0140.02
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.1470.15
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.1890.3
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.2920.3
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor47
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor17.615
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor38.320
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor015

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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