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- PDB-1gql: Structure of Pseudomonas cellulosa alpha-D-glucuronidase complexe... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1gql
タイトルStructure of Pseudomonas cellulosa alpha-D-glucuronidase complexed with glucuronic acid and xylotriose
要素ALPHA-D-GLUCURONIDASE
キーワードHYDROLASE / GLUCURONIDASE / (ALPHA-BETA)8 BARREL / GLYCOSIDE HYDROLASE / GLUCURONIC ACID / XYLOTRIOSE
機能・相同性
機能・相同性情報


glucuronoxylan catabolic process / xylan alpha-1,2-glucuronosidase / xylan alpha-1,2-glucuronosidase activity / alpha-glucuronidase activity / cell outer membrane / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Alpha-d-glucuronidase, C-terminal Domain / Alpha-glucuronidase, C-terminal domain / Alpha glucuronidase, N-terminal / Glycosyl hydrolase family 67, C-terminal / Glycosyl hydrolase family 67, catalytic domain / Alpha glucuronidase / Alpha-glucuronidase, C-terminal domain superfamily / Glycosyl hydrolase family 67 N-terminus / Glycosyl hydrolase family 67 C-terminus / Glycosyl hydrolase family 67 middle domain ...Alpha-d-glucuronidase, C-terminal Domain / Alpha-glucuronidase, C-terminal domain / Alpha glucuronidase, N-terminal / Glycosyl hydrolase family 67, C-terminal / Glycosyl hydrolase family 67, catalytic domain / Alpha glucuronidase / Alpha-glucuronidase, C-terminal domain superfamily / Glycosyl hydrolase family 67 N-terminus / Glycosyl hydrolase family 67 C-terminus / Glycosyl hydrolase family 67 middle domain / Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like / Chitobiase; domain 2 / Beta-hexosaminidase-like, domain 2 / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha-Beta Complex / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-D-glucopyranuronic acid / : / Extracellular xylan exo-alpha-(1->2)-glucuronosidase / Extracellular xylan exo-alpha-(1->2)-glucuronosidase
類似検索 - 構成要素
生物種CELLVIBRIO JAPONICUS (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.67 Å
データ登録者Nurizzo, D. / Nagy, T. / Gilbert, H.J. / Davies, G.J.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2002
タイトル: The Structural Basis for Catalysis and Specificity of the Pseudomonas Cellulosa Alpha-Glucuronidase, Glca67A
著者: Nurizzo, D. / Nagy, T. / Gilbert, H.J. / Davies, G.J.
履歴
登録2001年11月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02002年9月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年7月5日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.type
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_alt_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_atom_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_seq_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_atom_id / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年5月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AB" AND "BB" IN EACH CHAIN ON SHEET ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AB" AND "BB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ARE ACTUALLY 8-STRANDED BARRELS THESE ARE REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ALPHA-D-GLUCURONIDASE
B: ALPHA-D-GLUCURONIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)162,98625
ポリマ－160,8792
非ポリマー2,10723
水25,6171422
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7740 Å2
ΔGint-66.07 kcal/mol
Surface area46590 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.256, 74.323, 87.273
Angle α, β, γ (deg.)115.15, 92.94, 109.24
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 ALPHA-D-GLUCURONIDASE


分子量: 80439.594 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) CELLVIBRIO JAPONICUS (バクテリア)
解説: CIMB / プラスミド: PTN1 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): TUNER (DE3)
参照: UniProt: Q8VP74, UniProt: B3PC73*PLUS, EC: 3.2.1.139

-
糖 , 2種, 4分子

#2: 多糖 beta-D-xylopyranose-(1-1)-beta-D-xylopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 282.245 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DXylpb1-1DXylpbGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a212h-1b_1-5]/1-1/a1-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][methyl]{[(1+1)][b-D-Xylp]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 糖 ChemComp-BDP / beta-D-glucopyranuronic acid / beta-D-glucuronic acid / D-glucuronic acid / glucuronic acid / β-D-グルコピラヌロン酸


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 194.139 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H10O7
識別子タイププログラム
DGlcpAbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-glucopyranuronic acidCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpAIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcASNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 3種, 1441分子

#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物
ChemComp-CO / COBALT (II) ION


分子量: 58.933 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1422 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.8 %
結晶化pH: 8
詳細: 30MG/ML, 15% PEG3350, 250MM MGCL2, 5MM TRIS PH8.0, 20% ETHYLENE GLYCOL, 50MM GLUCURONIC ACID, 50MM XYLOTRIOSE, pH 8.00
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
130 mg/mlprotein1drop
25 mMTris-HCl1droppH8.0
3250 mM1reservoirMgCl2
420 %(v/v)ethylene glycol1reservoir
515 %(w/v)PEG33501reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年8月15日 / 詳細: OSMICS CONFOCAL MULTILAYER
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.67→20 Å / Num. obs: 159491 / % possible obs: 93.9 % / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.049 / Net I/σ(I): 15.7
反射 シェル解像度: 1.67→1.7 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.225 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 86.4
反射
*PLUS
Num. obs: 149092
反射 シェル
*PLUS
最低解像度: 1.7 Å / % possible obs: 86.4 % / Num. unique obs: 6204

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: NATIVE ALPHA-D-GLUCURONIDASE

解像度: 1.67→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.963 / SU B: 1.5 / SU ML: 0.05 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.087 / ESU R Free: 0.084 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.172 1256 0.8 %RANDOM
Rwork0.146 ---
obs0.146 156986 94.1 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 14.57 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.84 Å2-0.05 Å2-0.27 Å2
2---0.69 Å2-0.48 Å2
3----0.61 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.67→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11262 0 100 1422 12784
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.02111858
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.0210422
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7241.93416148
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.971324196
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.73831427
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.145152013
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1220.21676
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0213296
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.022575
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2110.12544
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1580.110451
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0940.25286
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1060.11145
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1480.114
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1870.154
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1230.142
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8131.57022
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.44211346
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.33934836
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.6574.54802
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.67→1.71 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.268 97
Rwork0.247 11041
精密化
*PLUS
最低解像度: 20 Å / Rfactor Rfree: 0.177 / Rfactor Rwork: 0.16
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_d0.017
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_deg1.724

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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