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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1gqc | ||||||
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タイトル | THE STRUCTURE OF CMP:2-KETO-3-DEOXY-MANNO-OCTONIC ACID SYNTHETASE COMPLEXED WITH CMP-Kdo at 100K | ||||||
![]() | 3-DEOXY-MANNO-OCTULOSONATE CYTIDYLYLTRANSFERASE | ||||||
![]() | TRANSFERASE / NUCLEOTIDYLTRANSFERASE / CMP-KDO SYNTHETASE / NUCLEOSIDE MONOPHOSPHATE GLYCOSIDES / LIPOPOLYSACCHARIDE BIOSYNTHESIS / SUGAR-ACTIVATING ENZYMES | ||||||
機能・相同性 | ![]() 3-deoxy-manno-octulosonate cytidylyltransferase / 3-deoxy-manno-octulosonate cytidylyltransferase activity / CMP-keto-3-deoxy-D-manno-octulosonic acid biosynthetic process / lipopolysaccharide biosynthetic process / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Jelakovic, S. / Schulz, G.E. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Catalytic Mechanism of Cmp:2-Keto-3-Deoxy-Manno-Octonic Acid Synthetase as Derived from Complexes with Reaction Educt and Product. 著者: Jelakovic, S. / Schulz, G.E. #1: ![]() タイトル: The Structure of Cmp:2-Keto-3-Deoxy-Manno-Octonic Acid Synthetase and of its Complexes with Substrates and Substrate Analogs 著者: Jelakovic, S. / Schulz, G.E. #2: ![]() タイトル: The Three-Dimensional Structure of Capsule-Specific Cmp:2-Keto-3-Deoxy-Manno-Octonic Acid Synthetase from Escherichia Coli 著者: Jelakovic, S. / Jann, K. / Schulz, G.E. | ||||||
履歴 |
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Remark 700 | SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED. |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 112.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 86.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 23.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 33.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.081444, 0.885712, -0.457036), ベクター: |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 27059.912 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: P42216, 3-deoxy-manno-octulosonate cytidylyltransferase #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-CMK / | #4: 化合物 | ChemComp-C5P / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.97 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 9.4 / 詳細: pH 9.40 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Jelakovic, S., (2001) J.Mol.Biol., 312, 143. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→33 Å / Num. obs: 15622 / % possible obs: 88 % / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.115 / Net I/σ(I): 6 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 33 Å / % possible obs: 88 % |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 2.57 Å / 最低解像度: 2.7 Å / % possible obs: 81 % / 冗長度: 5.7 % / Num. unique obs: 2075 / Rmerge(I) obs: 0.33 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 |
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解析
ソフトウェア | 名称: CNS / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 構造決定の手法: OTHER / 解像度: 2.6→24.44 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→24.44 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS 最低解像度: 25 Å / Rfactor Rfree: 0.24 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |