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- PDB-1gq2: Malic Enzyme from Pigeon Liver -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1gq2
タイトルMalic Enzyme from Pigeon Liver
要素MALIC ENZYME
キーワードOXIDOREDUCTASE / MALIC ENZYME / PIGEON LIVER / NADP-DEPENDENT / NAD-NADP SELECTIVITY / DECARBOXYLASE / MALATE / MN2+
機能・相同性
機能・相同性情報


malate dehydrogenase (oxaloacetate-decarboxylating) (NADP+) / malate dehydrogenase (decarboxylating) (NADP+) activity / oxaloacetate decarboxylase activity / malate metabolic process / NAD binding / mitochondrion / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Malic enzyme, N-terminal domain / Malic enzyme, conserved site / Malic enzymes signature. / Malic oxidoreductase / Malic enzyme, N-terminal domain / Malic enzyme, N-terminal domain / Malic enzyme, NAD-binding / Malic enzyme, N-terminal domain superfamily / Malic enzyme, N-terminal domain / Malic enzyme, NAD binding domain ...Malic enzyme, N-terminal domain / Malic enzyme, conserved site / Malic enzymes signature. / Malic oxidoreductase / Malic enzyme, N-terminal domain / Malic enzyme, N-terminal domain / Malic enzyme, NAD-binding / Malic enzyme, N-terminal domain superfamily / Malic enzyme, N-terminal domain / Malic enzyme, NAD binding domain / Malic enzyme, NAD binding domain / Aminoacid dehydrogenase-like, N-terminal domain superfamily / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / OXALATE ION / NADP-dependent malic enzyme
類似検索 - 構成要素
生物種COLUMBA LIVIA (カワラバト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Yang, Z. / Zhang, H. / Liang, T.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2002
タイトル: Structural Studies of the Pigeon Cytosolic Nadp+ -Dependent Malic Enzyme
著者: Yang, Z. / Zhang, H. / Huang, H.-C. / Kuo, C.-C. / Tsai, L.-C. / Yuan, H.S. / Chou, W.-Y. / Chang, G.-G. / Tong, L.
履歴
登録2001年11月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02002年5月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MALIC ENZYME
B: MALIC ENZYME
C: MALIC ENZYME
D: MALIC ENZYME
E: MALIC ENZYME
F: MALIC ENZYME
G: MALIC ENZYME
H: MALIC ENZYME
I: MALIC ENZYME
J: MALIC ENZYME
K: MALIC ENZYME
L: MALIC ENZYME
M: MALIC ENZYME
N: MALIC ENZYME
O: MALIC ENZYME
P: MALIC ENZYME
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,016,764133
ポリマ－1,000,58416
非ポリマー16,179117
水18,8981049
1
A: MALIC ENZYME
B: MALIC ENZYME
C: MALIC ENZYME
D: MALIC ENZYME
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)254,00727
ポリマ－250,1464
非ポリマー3,86123
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
E: MALIC ENZYME
F: MALIC ENZYME
G: MALIC ENZYME
H: MALIC ENZYME
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)254,12431
ポリマ－250,1464
非ポリマー3,97827
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
3
I: MALIC ENZYME
J: MALIC ENZYME
K: MALIC ENZYME
L: MALIC ENZYME
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)254,14931
ポリマ－250,1464
非ポリマー4,00227
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
4
M: MALIC ENZYME
N: MALIC ENZYME
O: MALIC ENZYME
P: MALIC ENZYME
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)254,48544
ポリマ－250,1464
非ポリマー4,33940
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)124.149, 140.863, 167.079
Angle α, β, γ (deg.)90.05, 87.16, 75.63
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

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タンパク質 , 1種, 16分子 ABCDEFGHIJKLMNOP

#1: タンパク質
MALIC ENZYME


分子量: 62536.523 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: NADP+, OXALATE, MN2+ / 由来: (組換発現) COLUMBA LIVIA (カワラバト) / 器官: LIVER / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P40927, malate dehydrogenase (oxaloacetate-decarboxylating) (NADP+)

-
非ポリマー , 6種, 1166分子

#2: 化合物
ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#3: 化合物
ChemComp-OXL / OXALATE ION / しゅう酸ジアニオン


分子量: 88.019 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2O4
#4: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#5: 化合物...
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 33 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物...
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1049 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

構成要素の詳細THERE ARE 3 CIS-PRO FROM CHAIN A TO CHAIN P. THE PROLINES IN CIS CONFORMATIONS ARE: PRO 114, PRO 422, PRO 544.
Has protein modificationY
配列の詳細THE SEQUENCES WAS RENUMBERED TO 23-580

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.9 %
結晶化pH: 5.5 / 詳細: 100 MM SODIUM CITRATE, PH 5.5, 8% PEG6000, 1M LICL
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / pH: 7.4 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
110 mg/mlpigeon ME1drop
220 mMTris1droppH7.4
310 mMoxalate1drop
45 mM1dropMnCl2
50.23 mMNADP+1drop
62 mMdithiothreitol1drop
7100 mMsodium citrate1reservoirpH5.5
88 %PEG60001reservoir
91 M1reservoirLiCl

-
データ収集

回折平均測定温度: 277 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X8C / 波長: 1.176
検出器タイプ: ADSC Q-4 / 日付: 2001年2月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.176 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→20 Å / Num. obs: 334606 / % possible obs: 88.2 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 17.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.082 / Net I/σ(I): 10.6
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.214 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / % possible all: 76
反射
*PLUS
最低解像度: 20 Å / Num. obs: 314771 / % possible obs: 83 % / Num. measured all: 570674
反射 シェル
*PLUS
最低解像度: 2.6 Å / % possible obs: 76 %

-
解析

ソフトウェア
名称分類
CNS精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
COMO位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB

解像度: 2.5→10 Å / Rfactor Rfree error: 0.002 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.256 23235 7.5 %RANDOM
Rwork0.21 ---
obs0.21 309710 83 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 36.1018 Å2 / ksol: 0.419231 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 20.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-14.02 Å2-5.44 Å2-0.31 Å2
2---6.03 Å2-0.39 Å2
3----7.99 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.38 Å0.31 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.52 Å0.46 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数69521 0 949 1049 71519
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.9
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.83
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it0.951.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.552
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.722
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.492.5
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.52 Å / Rfactor Rfree error: 0.019 / Total num. of bins used: 50
Rfactor反射数%反射
Rfree0.347 350 7.2 %
Rwork0.297 4517 -
obs--65.1 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2PARAM.NADP1WATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION4WATER_REP.PARAMTOP.OXL
精密化
*PLUS
最低解像度: 10 Å / Rfactor obs: 0.211 / Rfactor Rfree: 0.258 / Rfactor Rwork: 0.211
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg22.9
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.83
LS精密化 シェル
*PLUS
最低解像度: 2.6 Å / Rfactor Rfree: 0.342 / Rfactor Rwork: 0.302 / Rfactor obs: 0.302

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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