+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1gpe | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | GLUCOSE OXIDASE FROM PENICILLIUM AMAGASAKIENSE | |||||||||
![]() | PROTEIN (GLUCOSE OXIDASE) | |||||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE(FLAVOPROTEIN) | |||||||||
機能・相同性 | ![]() glucose oxidase / glucose oxidase activity / flavin adenine dinucleotide binding / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Hendle, J. / Kalisz, H.M. / Hecht, H.J. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: 1.8 and 1.9 A resolution structures of the Penicillium amagasakiense and Aspergillus niger glucose oxidases as a basis for modelling substrate complexes. 著者: Wohlfahrt, G. / Witt, S. / Hendle, J. / Schomburg, D. / Kalisz, H.M. / Hecht, H.J. | |||||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 255.5 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 202.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 2.2 MB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 2.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 51.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 74.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
| ||||||||
非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.99995, 0.00686, -0.00701), ベクター: |
-
要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 64016.750 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
---|
-糖 , 3種, 8分子 ![](data/chem/img/NAG.gif)
#2: 多糖 | #3: 多糖 | #4: 糖 | ChemComp-NAG / |
---|
-非ポリマー , 2種, 711分子 ![](data/chem/img/FAD.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | pH: 7.4 詳細: 1.3 M AMMONIUM SULPHATE, 0.1 M CITRATE-PO4 BUFFER PH 7.4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Kalisz, H.M., (1990) J.Mol.Biol., 213, 207. / PH range low: 5.6 / PH range high: 5.3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 290 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→20 Å / Num. obs: 101999 / % possible obs: 94.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.5 % / Biso Wilson estimate: 12.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Net I/σ(I): 18.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.88 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.132 / Mean I/σ(I) obs: 8.5 / % possible all: 90 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 1.8 Å / % possible obs: 90 % |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1GAL 解像度: 1.8→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 14.9 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→20 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: REFMAC / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 20 Å / % reflection Rfree: 5 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | *PLUS 最高解像度: 1.8 Å / 最低解像度: 1.88 Å / Rfactor Rfree: 0.237 / Rfactor obs: 0.179 |