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- PDB-1gp4: Anthocyanidin synthase from Arabidopsis thaliana (selenomethionin... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1gp4
タイトルAnthocyanidin synthase from Arabidopsis thaliana (selenomethionine substituted)
要素ANTHOCYANIDIN SYNTHASE
キーワードOXIDOREDUCTASE / OXYGENASE / 2-OXOGLUTARATE DEPENDENT DIOXYGENASE / FLAVONOID BIOSYNTHESIS
機能・相同性
機能・相同性情報


anthocyanidin synthase / proanthocyanidin biosynthetic process / leucocyanidin oxygenase activity / anthocyanin-containing compound biosynthetic process / response to jasmonic acid / vacuole organization / L-ascorbic acid binding / response to wounding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / B-lactam Antibiotic, Isopenicillin N Synthase; Chain / Non-haem dioxygenase N-terminal domain / non-haem dioxygenase in morphine synthesis N-terminal / Isopenicillin N synthase-like, Fe(2+) 2OG dioxygenase domain / 2OG-Fe(II) oxygenase superfamily / Isopenicillin N synthase-like superfamily / Oxoglutarate/iron-dependent dioxygenase / Fe(2+) 2-oxoglutarate dioxygenase domain profile. / Jelly Rolls ...: / B-lactam Antibiotic, Isopenicillin N Synthase; Chain / Non-haem dioxygenase N-terminal domain / non-haem dioxygenase in morphine synthesis N-terminal / Isopenicillin N synthase-like, Fe(2+) 2OG dioxygenase domain / 2OG-Fe(II) oxygenase superfamily / Isopenicillin N synthase-like superfamily / Oxoglutarate/iron-dependent dioxygenase / Fe(2+) 2-oxoglutarate dioxygenase domain profile. / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-OXOGLUTARIC ACID / Leucoanthocyanidin dioxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種ARABIDOPSIS THALIANA (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Wilmouth, R.C. / Turnbull, J.J. / Welford, R.W.D. / Clifton, I.J. / Prescott, A.G. / Schofield, C.J.
引用
ジャーナル: Structure / 年: 2002
タイトル: Structure and Mechanism of Anthocyanidin Synthase from Arabidopsis Thaliana.
著者: Wilmouth, R.C. / Turnbull, J.J. / Welford, R.W.D. / Clifton, I.J. / Prescott, A.G. / Schofield, C.J.
#1: ジャーナル: Chem.Commun. / 年: 2000
タイトル: Are Anthocyanidins the Immediate Products of Anthocyanidin Synthase?
著者: Turnbull, J.J. / Sobey, W.J. / Aplin, R.T. / Hassan, A. / Firmin, J.L. / Schofield, C.J. / Prescott, A.G.
#2: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2001
タイトル: Purification, Crystallization and Preliminary X-Ray Diffraction of Anthocyanidin Synthase from Arabidopsis Thaliana
著者: Turnbull, J.J. / Prescott, A.G. / Schofield, C.J. / Wilmouth, R.C.
#3: ジャーナル: Plant J. / 年: 1999
タイトル: Direct Evidence for Anthocyanidin Synthase as a 2-Oxoglutarate-Dependent Oxygenase: Molecular Cloning and Functional Expression of Cdna from a Red Forma of Perilla Frutescens
著者: Saito, K. / Kobayashi, M. / Gong, Z. / Tanaka, Y. / Yamazaki, M.
履歴
登録2001年10月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02002年2月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年9月4日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ANTHOCYANIDIN SYNTHASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,1213
ポリマ－40,7801
非ポリマー3412
水5,188288
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.073, 72.993, 87.425
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 ANTHOCYANIDIN SYNTHASE / LEUCOANTHOCYANIDIN DIOXYGENASE


分子量: 40779.617 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) ARABIDOPSIS THALIANA (シロイヌナズナ)
プラスミド: PET-24A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q96323, EC: 1.14.11.19
#2: 化合物 ChemComp-AKG / 2-OXOGLUTARIC ACID / α-ケトグルタル酸


分子量: 146.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H6O5
#3: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 288 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.6 %
結晶化pH: 6.5
詳細: 30% (W/V) PEG 2000 MONOMETHYLETHER, 50 MM MES, 100 MM SODIUM CITRATE, 200 MM AMMONIUM ACETATE, 5 MM IRON(II) SULPHATE, 10 MM POTASSIUM ALPHA-KETOGLUTARATE, 10 MM SODIUM ASCORBATE, PH 6.5, ...詳細: 30% (W/V) PEG 2000 MONOMETHYLETHER, 50 MM MES, 100 MM SODIUM CITRATE, 200 MM AMMONIUM ACETATE, 5 MM IRON(II) SULPHATE, 10 MM POTASSIUM ALPHA-KETOGLUTARATE, 10 MM SODIUM ASCORBATE, PH 6.5, ANAEROBIC (AR ATMOSPHERE, < 0.5 PPM OXYGEN)
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: Turnbull, J.J., (2001) Acta Crystallogr.,Sect.D, D57, 425.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
130 %(w/v)PEG2000 MME1reservoir
250 mMMES1reservoir
3100 mMsodium citrate1reservoir
4200 mMammonium acetate1reservoir
55 mM1reservoirFeSO4
610 mMpotassium alpha-ketoglutarate1reservoir
710 mMsodium ascorbate1reservoirpH6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.91841,0.97855,0.97885
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2000年9月15日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.918411
20.978551
30.978851
反射解像度: 2.1→36.5 Å / Num. obs: 23462 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.4 % / Biso Wilson estimate: 27.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Net I/σ(I): 9.8
反射 シェル解像度: 2.1→2.21 Å / Rmerge(I) obs: 0.251 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 100
反射
*PLUS
Num. measured all: 348658
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.1 Å / % possible obs: 100 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.1→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high absF: 1571181.72 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.233 964 4.1 %RANDOM
Rwork0.195 ---
obs0.195 23357 99.7 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 46.5 Å2 / ksol: 0.336 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 26.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.085 Å20 Å20 Å2
2---5.614 Å20 Å2
3---5.528 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.29 Å0.23 Å
Luzzati d res low-20 Å
Luzzati sigma a0.18 Å0.1 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2708 0 22 288 3018
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0052
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.32
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.81
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.3131.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.2022
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.0352
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.1732.5
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.23 Å / Rfactor Rfree error: 0.02 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.245 146 3.8 %
Rwork0.192 3699 -
obs--99.8 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 1.1 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg22.5
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.81
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor obs: 0.192

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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