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- PDB-1goo: Thermostable xylanase I from Thermoascus aurantiacus - Cryocooled... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1goo
タイトルThermostable xylanase I from Thermoascus aurantiacus - Cryocooled glycerol complex
要素ENDO-1,4-BETA-XYLANASE
キーワードHYDROLASE / FAMILY 10 / PLANT CELL WALL DEGRADATION
機能・相同性
機能・相同性情報


endo-1,4-beta-xylanase activity / endo-1,4-beta-xylanase / xylan catabolic process
類似検索 - 分子機能
Glycosyl hydrolases family 10, active site / Glycosyl hydrolases family 10 (GH10) active site. / Glycosyl hydrolases family 10 (GH10) domain profile. / Glycoside hydrolase family 10 / Glycoside hydrolase family 10 domain / Glycosyl hydrolase family 10 / Glycosyl hydrolase family 10 / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel ...Glycosyl hydrolases family 10, active site / Glycosyl hydrolases family 10 (GH10) active site. / Glycosyl hydrolases family 10 (GH10) domain profile. / Glycoside hydrolase family 10 / Glycoside hydrolase family 10 domain / Glycosyl hydrolase family 10 / Glycosyl hydrolase family 10 / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Endo-1,4-beta-xylanase
類似検索 - 構成要素
生物種THERMOASCUS AURANTIACUS (菌類)
手法X線回折 / フーリエ合成 / 解像度: 1.87 Å
データ登録者Eckert, K. / Andrei, C. / Larsen, S. / Lo Leggio, L.
引用
ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 2001
タイトル: Substrate Specificity and Subsite Mobility in T. Aurantiacus Xylanase 10A
著者: Lo Leggio, L. / Kalogiannis, S. / Eckert, K. / Teixeira, S.C.M. / Bhat, M.K. / Andrei, C. / Pickersgill, R.W. / Larsen, S.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2001
タイトル: Anisotropic Refinement of the Structure of Thermoascus Aurantiacus Xylanase I
著者: Teixeira, S. / Lo Leggio, L. / Pickersgill, R. / Cardin, C.
#2: ジャーナル: Proteins / 年: 1999
タイトル: High Resolution Structure and Sequence of T. Aurantiacus Xylanase I: Implications for the Evolution of Thermostability in Family 10 Xylanases and Enzymes with Beta/Alpha Barrel Architecture
著者: Lo Leggio, L. / Kalogiannis, S. / Bhat, M.K. / Pickersgill, R.W.
#3: ジャーナル: Biochem.Soc.Trans. / 年: 1998
タイトル: Superfamilies: The 4/7 Superfamily of Beta/ Alpha-Barrel Glycosidases and the Right-Handed Parallel Beta-Helix Superfamily
著者: Pickersgill, R. / Harris, G. / Lo Leggio, L. / Mayans, O. / Jenkins, J.
#4: ジャーナル: Structural Studies of Xylanases and Endoglucanases
年: 1997
タイトル: Structure Solution of Thermoascus Aurantiacus Xylanase. Structural Studies of Xylanases and Endoglucanases
著者: Lo Leggio, L.
履歴
登録2001年10月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02001年12月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年8月17日Group: Derived calculations / Non-polymer description ...Derived calculations / Non-polymer description / Other / Refinement description / Structure summary / Version format compliance
改定 1.22014年10月22日Group: Database references
改定 1.32019年5月8日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Experimental preparation / Other
カテゴリ: database_PDB_rev / database_PDB_rev_record ...database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / struct_conn
Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.02020年3月11日Group: Other / Polymer sequence / カテゴリ: entity_poly / pdbx_database_status
Item: _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_database_status.status_code_sf
改定 2.12023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.22024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 10-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 11-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ENDO-1,4-BETA-XYLANASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,9832
ポリマ－32,8911
非ポリマー921
水5,224290
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.610, 58.947, 50.752
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 111.67, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 ENDO-1,4-BETA-XYLANASE / XYLANASE / 1 / 4-BETA-D-XYLAN XYLANOHYDROLASE / TAXI


分子量: 32890.711 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) THERMOASCUS AURANTIACUS (菌類) / 参照: UniProt: P23360, endo-1,4-beta-xylanase
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 290 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細RESIDUES 1-26 REFER TO THE SIGNAL PEPTIDE IT IS NOT KNOWN IF GLN 303 IS PRESENT IN THE CRYSTAL

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 32.9 % / 解説: THE PH OF CRYSTALLIZATION WAS NOT BUFFERED
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: HANGING DROPS CONTAINING 1:1 RATIO OF 20-30 MG/ML PROTEIN SOLUTION AND RESERVOIR SOLUTION (12 % TO 25 % PEG 6,000). THE CRYSTAL WAS CRYOCOOLED USING GLYCEROL., pH 7.00

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: 回転陽極 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 詳細: OSMIC MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.87→13 Å / Num. obs: 20665 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 15 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.064
反射 シェル解像度: 1.87→1.9 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.315 / % possible all: 96.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS0.9精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: PDB ENTRY 1GOK

1gok


解像度: 1.87→12.93 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 624834.91 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.207 2000 9.9 %RANDOM
Rwork0.175 ---
obs0.175 20249 97.6 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 58.2229 Å2 / ksol: 0.417659 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 16.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.27 Å20 Å21.54 Å2
2---0.57 Å20 Å2
3----2.7 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.22 Å0.18 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.2 Å0.14 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.87→12.93 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2311 0 6 290 2607
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.1
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.79
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it0.691.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.072
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.232
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it1.792.5
LS精密化 シェル解像度: 1.87→1.99 Å / Rfactor Rfree error: 0.018 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.323 323 10 %
Rwork0.265 2912 -
obs--94.2 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAM
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMPROTEIN_CARMEN.TOP
X-RAY DIFFRACTION3PROTEIN_CARMEN.LINK
X-RAY DIFFRACTION4WATER.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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