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万見
- PDB-1goe: Monitoring the structural Consequences of Phe12-->D-Phe12 and Leu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1goe
タイトルMonitoring the structural Consequences of Phe12-->D-Phe12 and Leu15-->Aib15 substitution in h/r Corticotropin Releasing Hormone: Implications for Design of CRH antagonists.
要素CORTICOTROPIN RELEASING HORMONE
キーワードHORMONE / CORTICOTROPIN RELEASING HORMONE / SYNTHETIC ANALOGUES / SOLID PHASE SYNTHESIS / SOLUTIONS STRUCTURE
機能・相同性
機能・相同性情報


corticotropin-releasing hormone activity / positive regulation of digestive system process / positive regulation of corticosterone secretion / positive regulation of circadian sleep/wake cycle, wakefulness / negative regulation of circadian sleep/wake cycle, REM sleep / corticotropin-releasing hormone receptor 2 binding / positive regulation of corticotropin secretion / neuronal dense core vesicle lumen / positive regulation of cortisol secretion / regulation of serotonin secretion ...corticotropin-releasing hormone activity / positive regulation of digestive system process / positive regulation of corticosterone secretion / positive regulation of circadian sleep/wake cycle, wakefulness / negative regulation of circadian sleep/wake cycle, REM sleep / corticotropin-releasing hormone receptor 2 binding / positive regulation of corticotropin secretion / neuronal dense core vesicle lumen / positive regulation of cortisol secretion / regulation of serotonin secretion / negative regulation of epinephrine secretion / negative regulation of glucagon secretion / positive regulation of behavioral fear response / glucocorticoid biosynthetic process / negative regulation of luteinizing hormone secretion / varicosity / MECP2 regulates transcription of neuronal ligands / negative regulation of norepinephrine secretion / monoatomic ion homeostasis / parturition / hormone-mediated apoptotic signaling pathway / response to ether / corticotropin-releasing hormone receptor 1 binding / neuropeptide hormone activity / synaptic transmission, dopaminergic / regulation of NMDA receptor activity / negative regulation of systemic arterial blood pressure / Class B/2 (Secretin family receptors) / cellular response to cocaine / diterpenoid metabolic process / response to corticosterone / adrenal gland development / response to pain / hypothalamus development / response to aldosterone / positive regulation of calcium ion import / associative learning / locomotory exploration behavior / positive regulation of cAMP/PKA signal transduction / positive regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / response to immobilization stress / cellular response to dexamethasone stimulus / female pregnancy / lung development / hormone activity / long-term synaptic potentiation / response to estrogen / G alpha (s) signalling events / neuron apoptotic process / chemical synaptic transmission / perikaryon / response to ethanol / learning or memory / inflammatory response / response to xenobiotic stimulus / signaling receptor binding / negative regulation of gene expression / positive regulation of cell population proliferation / synapse / positive regulation of gene expression / signal transduction / extracellular space / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Urocortin/corticotropin-releasing factor / Corticotropin-releasing factor conserved site / Corticotropin-releasing factor family signature. / corticotropin-releasing factor / Corticotropin-releasing factor / Corticotropin-releasing factor family
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法溶液NMR / HYBRID DISTANCE GEOMETRY SIMULATED ANNEALING IN TORSION ANGLE SPACE
データ登録者Spyroulias, G.A. / Papazacharias, S. / Pairas, G. / Cordopatis, P.
引用
ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 2002
タイトル: Monitoring the Structural Consequences of Phe12-->D-Phe and Leu15-->Aib Substitution in Human/Rat Corticotropin Releasing Hormone
著者: Spyroulias, G.A. / Papazacharias, S. / Pairas, G. / Cordopatis, P.
#1: ジャーナル: Protein Eng. / 年: 1993
タイトル: Solution Structure of Human Corticotropin Releasing Factor by 1H NMR and Distance Geometry with Restrained Molecular Dynamics.
著者: Romier, C. / Bernassau, J.M. / Cambillau, C. / Darbon, H.
履歴
登録2001年10月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02001年10月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年10月21日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Other / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22025年4月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_nmr_software / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CORTICOTROPIN RELEASING HORMONE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,7341
ポリマ－4,7341
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)40 / 400LEAST RESTRAINT VIOLATION
代表モデルモデル #20

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要素

#1: タンパク質・ペプチド CORTICOTROPIN RELEASING HORMONE


分子量: 4734.436 Da / 分子数: 1 / 変異: YES / 由来タイプ: 合成
詳細: SYNTHETIC ANALOGUE SYNTHESIZED THROUGH SOLID PHASE SYNTHESIS USING FMOC/TBU SYNTHETIC PROTOCOLS. NATIVE PHE12 AND LEU15 HAS BEEN SUBSTITUTED BY D-PHE AND ALPHA-AMINOISOBUTYRIC ACID
由来: (合成) HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: P06850
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111COSY
121TOCSY
131NOESY
NMR実験の詳細Text: THE STRUCTURE WAS DETERMINED USING 1H-1H DOUBLE-RESONANCE NMR SPECTROSCOPY. NMR-DERRIVED DISTANCE RESTRAINTS AND 3JHAHN COUPLING CONSTANTS AS WELL AS H-BOND CONSTRAINTS USED IN STRUCTURAL ...Text: THE STRUCTURE WAS DETERMINED USING 1H-1H DOUBLE-RESONANCE NMR SPECTROSCOPY. NMR-DERRIVED DISTANCE RESTRAINTS AND 3JHAHN COUPLING CONSTANTS AS WELL AS H-BOND CONSTRAINTS USED IN STRUCTURAL CALCULATION AND REFIMENT PROCEEDURE.

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試料調製

詳細内容: 34% H2O / 66% TFE
試料状態pH: 3.8 / 圧: 1 atm / 温度: 310 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AMX / 製造業者: Bruker / モデル: AMX / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
Amber5PETER KOLLMAN, DAVE CASE, KEN MERZ, THOMAS CHEATHAM, CARLOS SIMMERLING, TOM DARDEN精密化
DYANA構造決定
Amber構造決定
精密化手法: HYBRID DISTANCE GEOMETRY SIMULATED ANNEALING IN TORSION ANGLE SPACE
ソフトェア番号: 1
詳細: REFINEMENT DETAILS CAN BE FOUND IN THE JRNL CITATION ABOVE.
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: LEAST RESTRAINT VIOLATION
計算したコンフォーマーの数: 400 / 登録したコンフォーマーの数: 40

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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