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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1gob | ||||||
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タイトル | COOPERATIVE STABILIZATION OF ESCHERICHIA COLI RIBONUCLEASE HI BY INSERTION OF GLY-80B AND GLY-77-> ALA SUBSTITUTION | ||||||
要素 | RIBONUCLEASE H | ||||||
キーワード | HYDROLASE(ENDORIBONUCLEASE) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 DNA replication, removal of RNA primer / ribonuclease H / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / endonuclease activity / nucleic acid binding / magnesium ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Ishikawa, K. / Kimura, S. / Nakamura, H. / Morikawa, K. / Kanaya, S. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 1993 タイトル: Cooperative stabilization of Escherichia coli ribonuclease HI by insertion of Gly-80b and Gly-77-->Ala substitution. 著者: Ishikawa, K. / Nakamura, H. / Morikawa, K. / Kimura, S. / Kanaya, S. #1: ジャーナル: Nature / 年: 1990 タイトル: Three-Dimensional Structure of Ribonuclease H from E. Coli 著者: Katayanagi, K. / Miyagawa, M. / Matsushima, M. / Ishikawa, M. / Kanaya, S. / Ikehara, M. / Matsuzaki, T. / Morikawa, K. #2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1992 タイトル: Structural Details of Ribonuclease H from Escherichia Coli as Refined to an Atomic Resolution 著者: Katayanagi, K. / Miyagawa, M. / Matsushima, M. / Ishikawa, M. / Kanaya, S. / Nakamura, H. / Ikehara, M. / Matsuzaki, T. / Morikawa, K. #3: ジャーナル: Protein Eng. / 年: 1993 タイトル: Structural Study of Mutants of Escherichia Coli Ribonuclease Hi with Enhanced Thermostability 著者: Ishikawa, K. / Kimura, S. / Kanaya, S. / Morikawa, K. / Nakamura, H. | ||||||
履歴 |
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Remark 700 | SHEET ON SHEET RECORD *S1* THESE STRANDS ARE DEFINED AS FOLLOWS IN THE PAPER (KATAYANAGI ET AL. ...SHEET ON SHEET RECORD *S1* THESE STRANDS ARE DEFINED AS FOLLOWS IN THE PAPER (KATAYANAGI ET AL. NATURE (1990) VOL.347 PP306-309). STRAND 1 (RIGHT ARROW) BETA C STRAND 2 (RIGHT ARROW) BETA B STRAND 3 (RIGHT ARROW) BETA A STRAND 4 (RIGHT ARROW) BETA D STRAND 5 (RIGHT ARROW) BETA E |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1gob.cif.gz | 45 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1gob.ent.gz | 31.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1gob.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1gob_validation.pdf.gz | 365.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1gob_full_validation.pdf.gz | 371.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1gob_validation.xml.gz | 5.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1gob_validation.cif.gz | 8.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/go/1gob ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/go/1gob | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Atom site foot note | 1: RESIDUE PRO 17 IS A CIS PROLINE. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17637.023 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7Y4, ribonuclease H |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.92 % | ||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ / pH: 9 / 手法: 蒸気拡散法詳細: used to seeding, Ishikawa, K., (1993) Protein Eng., 6, 85. | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
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放射波長 | 相対比: 1 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PROLSQ / 分類: 精密化 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 解像度: 2→6 Å / σ(F): 1 /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→6 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: PROLSQ / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 6 Å / Num. reflection obs: 6941 / σ(F): 1 / Rfactor obs: 0.191 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: p_angle_d / Dev ideal: 0.034 |