PDB-1gnt: Hybrid Cluster Protein from Desulfovibrio vulgaris. X-ray structu...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1gnt

タイトル

Hybrid Cluster Protein from Desulfovibrio vulgaris. X-ray structure at 1.25A resolution using synchrotron radiation.

要素

HYBRID CLUSTER PROTEIN

キーワード

OXIDOREDUCTASE / HYBRID CLUSTER PROTEIN / AEROBIC DESULFOVIBRIO VULGARIS

機能・相同性

機能・相同性情報

hydroxylamine reductase / hydroxylamine reductase activity / response to hydrogen peroxide / peroxidase activity / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

DESULFOVIBRIO VULGARIS (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.25 Å

データ登録者

Macedo, S. / Mitchell, E.P. / Romao, C.V. / Cooper, S.J. / Coelho, R. / Liu, M.Y. / Xavier, A.V. / Legall, J. / Bailey, S. / Garner, D.C. ...

引用

ジャーナル: J. Biol. Inorg. Chem. / 年: 2002
タイトル: Hybrid cluster proteins (HCPs) from Desulfovibrio desulfuricans ATCC 27774 and Desulfovibrio vulgaris (Hildenborough): X-ray structures at 1.25 A resolution using synchrotron radiation.
著者: Macedo, S. / Mitchell, E.P. / Romao, C.V. / Cooper, S.J. / Coelho, R. / Liu, M.Y. / Xavier, A.V. / LeGall, J. / Bailey, S. / Garner, D.C. / Hagen, W.R. / Teixeira, M. / Carrondo, M.A. / Lindley, P.

履歴

登録	2001年10月8日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2002年4月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月8日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2019年2月6日	Group: Data collection / Database references / Experimental preparation カテゴリ: citation / citation_author / exptl_crystal_grow Item: _citation.journal_abbrev / _citation.page_last ..._citation.journal_abbrev / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation_author.name / _exptl_crystal_grow.method / _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.4	2020年12月23日	Group: Derived calculations / Other カテゴリ: pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_dist_value ..._pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
改定 1.5	2023年12月13日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1gnt.cif.gz	144.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1gnt.ent.gz	111 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1gnt.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1gnt_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1gnt_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
XML形式データ	1gnt_validation.xml.gz	31.3 KB	表示
CIF形式データ	1gnt_validation.cif.gz	51.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gn/1gnt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gn/1gnt	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1gn9C 1gnlC 1e2uS 1e1d 1e9v S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1w9m-d 1e2u-d 1e9v-d 2xje-d 1e1d-d 1wao-3 6qde-d 6qd9-d 4ja7-d 1zef-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: HYBRID CLUSTER PROTEIN

ヘテロ分子

60.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	63.810, 64.530, 151.870
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	HYBRID CLUSTER PROTEIN / HCP 分子量: 60042.641 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現詳細: CUBANE CLUSTER [4FE-4S] HYBRID CLUSTER [4FE-3S-3O] PERSULPHIDE BOND BETWEEN S7 (HYBRID CLUSTER) AND S OF CYS406 由来: (組換発現) DESULFOVIBRIO VULGARIS (バクテリア) 株: HILDENBOROUGH NCIMB8303 / プラスミド: PJSP104 / 発現宿主: DESULFOVIBRIO VULGARIS (バクテリア) / 株 (発現宿主): HILDENBOROUGH NCIMB8303 / 参照: UniProt: P31101
#2: 化合物	ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER 分子量: 351.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe₄S₄
#3: 化合物	ChemComp-FSO / IRON/SULFUR/OXYGEN HYBRID CLUSTER 分子量: 367.573 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe₄O₃S₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1015 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.61 Å³/Da / 溶媒含有率: 53 %

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.9
詳細: 25-30% PEG 8000 0.1M MES PH 5.9, 0.2M MAGNESIUM ACETATE, T=277K

結晶化

*PLUS

温度: 277 K / pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	詳細
1	0.1 M	MES	1	reservoir	pH5.9
2	0.2 M	magnesium acetate	1	reservoir
3	25-30 %	PEG8000	1	reservoir
4	12 mg/ml	protein	1	drop
5	5 mM	Tris-HCl	1	drop	pH8.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX9.6 / 波長: 0.87
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999 / 詳細: PLATINUM COATED FUSED QUARTZ MIRROR
放射	モノクロメーター: SI(111) BENT TRIANGULAR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.87 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.25→19.92 Å / Num. obs: 163543 / % possible obs: 94.6 % / 冗長度: 2.4 % / R_sym value: 0.063 / Net I/σ(I): 6.2
反射シェル	解像度: 1.25→1.34 Å / 冗長度: 1.7 % / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / R_sym value: 0.331 / % possible all: 86.4
反射	PLUS Num. measured all: 400513 / R_merge(I) obs*: 0.063
反射シェル	PLUS % possible obs: 86.4 % / R_merge(I) obs*: 0.331

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.0.36	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
AMoRE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB FROM ENTRY 1E2U

1e2u

解像度: 1.25→19.92 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.974 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.967 / SU B: 0.978 / SU ML: 0.043 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.041 / ESU R Free: 0.042 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.173	8216	5 %	RANDOM
R_work	0.157	-	-	-
obs	0.158	155271	94.6 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.25→19.92 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4217	0	18	1015	5250

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.022	4346
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	4013
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.467	1.969	5891
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	1.168	3	9372
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.106	0.2	678
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	4826
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	822
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.231	0.3	942
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.18	0.3	3704
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.339	0.5	3
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.197	0.5	687
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.277	0.3	11
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.217	0.3	36
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.366	0.5	67
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.693	1.5	2748
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.217	2	4421
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.895	3	1598
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.064	4.5	1470
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.25→1.28 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.285	548
R_work	0.284	10111

ソフトウェア

*PLUS

名称: REFMAC / バージョン: '5.0.36 18/01/2001' / 分類: refinement

精密化

*PLUS

R_factor obs: 0.157 / R_factor R_free: 0.174

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	p_bond_d	0.012
X-RAY DIFFRACTION	p_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	p_angle_deg	1.462
X-RAY DIFFRACTION	p_plane_restr	0.006
X-RAY DIFFRACTION	p_chiral_restr	0.105

LS精密化シェル

*PLUS

R_factor R_free: 0.285 / Num. reflection R_free: 548 / R_factor R_work: 0.284 / Num. reflection obs: 10111 / R_factor obs: 0.284

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関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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