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- PDB-1gnl: Hybrid Cluster Protein from Desulfovibrio desulfuricans X-ray str... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1gnl
タイトルHybrid Cluster Protein from Desulfovibrio desulfuricans X-ray structure at 1.25A resolution using synchrotron radiation at a wavelength of 0.933A
要素HYBRID CLUSTER PROTEIN
キーワードHYBRID CLUSTER PROTEIN / ANAEROBIC DESULFOVIBRIO DESULFURICANS / IRON ANOMALOUS
機能・相同性
機能・相同性情報


hydroxylamine reductase / hydroxylamine reductase activity / peroxidase activity / response to hydrogen peroxide / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 - #20 / Hydroxylamine reductase / Prismane, alpha-bundle / Rossmann fold - #2030 / Hydroxylamine reductase/Ni-containing CO dehydrogenase / Prismane/CO dehydrogenase family / Prismane-like, alpha/beta-sandwich / Prismane-like superfamily / Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 / Up-down Bundle ...Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 - #20 / Hydroxylamine reductase / Prismane, alpha-bundle / Rossmann fold - #2030 / Hydroxylamine reductase/Ni-containing CO dehydrogenase / Prismane/CO dehydrogenase family / Prismane-like, alpha/beta-sandwich / Prismane-like superfamily / Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 / Up-down Bundle / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / IRON/SULFUR/OXYGEN HYBRID CLUSTER / IRON/SULFUR CLUSTER / Hydroxylamine reductase
類似検索 - 構成要素
生物種DESULFOVIBRIO DESULFURICANS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.25 Å
データ登録者Macedo, S. / Mitchell, E.P. / Romao, C.V. / Cooper, S.J. / Coelho, R. / Liu, M.Y. / Xavier, A.V. / Legall, J. / Bailey, S. / Garner, D.C. ...Macedo, S. / Mitchell, E.P. / Romao, C.V. / Cooper, S.J. / Coelho, R. / Liu, M.Y. / Xavier, A.V. / Legall, J. / Bailey, S. / Garner, D.C. / Hagen, W.R. / Teixeira, M. / Carrondo, M.A. / Lindley, P.
引用ジャーナル: J.Biol.Inorg.Chem. / 年: 2002
タイトル: Hybrid Cluster Proteins (Hcps) from Desulfovibrio Desulfuricans Atcc 27774 and Desulfovibrio Vulgaris (Hildenborough): X-Ray Structures at 1.25 A Resolution Using Synchrotron Radiation.
著者: Macedo, S. / Mitchell, E.P. / Romao, C.V. / Cooper, S.J. / Coelho, R. / Liu, M.Y. / Xavier, A.V. / Legall, J. / Bailey, S. / Garner, D.C. / Hagen, W.R. / Teixeira, M. / Carrondo, M.A. / Lindley, P.
履歴
登録2001年10月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02002年4月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年4月15日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Structure summary / Version format compliance
改定 2.02019年3月6日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Experimental preparation / Other
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / struct_conn
Item: _atom_site_anisotrop.id / _exptl_crystal_grow.temp ..._atom_site_anisotrop.id / _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.12020年12月23日Group: Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id ..._struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.22023年12月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HYBRID CLUSTER PROTEIN
B: HYBRID CLUSTER PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,6897
ポリマ－117,1922
非ポリマー1,4975
水28,1391562
1
A: HYBRID CLUSTER PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,3744
ポリマ－58,5961
非ポリマー7783
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: HYBRID CLUSTER PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,3153
ポリマ－58,5961
非ポリマー7192
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)57.330, 61.650, 72.250
Angle α, β, γ (deg.)82.77, 73.67, 87.31
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 HYBRID CLUSTER PROTEIN / HCP


分子量: 58595.879 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
詳細: CUBANE CLUSTER [4FE-4S] HYBRID CLUSTER [4FE-3S-3O] PERSULPHIDE BOND BETWEEN S7 (HYBRID CLUSTER) AND S OF CYS399
由来: (天然) DESULFOVIBRIO DESULFURICANS (バクテリア)
参照: UniProt: Q01770
#2: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#3: 化合物 ChemComp-FSO / IRON/SULFUR/OXYGEN HYBRID CLUSTER


分子量: 367.573 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4O3S3
#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1562 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39 %
結晶化温度: 277 K / pH: 6 / 詳細: 25% PEG 4000, 0.1M MES PH6.0, T=277K, pH 6.00
結晶化
*PLUS
温度: 293 K / pH: 7.6 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
125 %PEG40001reservoir
20.1 MMES1reservoirpH6.0
312.6 mg/mlprotein1drop
420 mMTris-HCl1droppH7.6
50.2 M1dropNaCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2001年5月15日 / 詳細: TOROIDAL MIRROR
放射モノクロメーター: DIAMOND (111) CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.25→28.63 Å / Num. obs: 247243 / % possible obs: 94.9 % / 冗長度: 3.7 % / Rsym value: 0.054 / Net I/σ(I): 8
反射 シェル解像度: 1.25→1.29 Å / 冗長度: 3.7 % / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Rsym value: 0.215 / % possible all: 85.3
反射
*PLUS
Num. measured all: 915955 / Rmerge(I) obs: 0.054
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 85.3 % / Rmerge(I) obs: 0.215

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.0.36精密化
DENZOデータ削減
SCALAデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB FROM ENTRY 1GN9

1gn9


解像度: 1.25→28.63 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.973 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.969 / SU B: 0.672 / SU ML: 0.031 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.038 / ESU R Free: 0.038 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.145 12427 5 %RANDOM
Rwork0.129 ---
obs0.13 234815 94.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.25→28.63 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8222 0 40 1562 9824
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0218423
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.027741
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.5361.96211422
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg1.475318058
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1050.21323
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.029401
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021609
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2370.31912
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1910.37541
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.6190.57
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2080.51109
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3280.331
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2060.381
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.340.5165
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6151.55386
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.10228634
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.73133037
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.7314.52787
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.25→1.28 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.18 780
Rwork0.154 15152
ソフトウェア
*PLUS
名称: REFMAC / バージョン: '5.0.36 18/01/2001' / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Num. reflection obs: 235815 / Rfactor obs: 0.13 / Rfactor Rwork: 0.13
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg1.564
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.006
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.108
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.179 / Num. reflection Rfree: 780 / % reflection Rfree: 780 % / Rfactor Rwork: 0.154 / Num. reflection obs: 15152 / Rfactor obs: 0.154

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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