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万見
- PDB-1gn0: Escherichia coli GlpE sulfurtransferase soaked with KCN -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1gn0
タイトルEscherichia coli GlpE sulfurtransferase soaked with KCN
要素THIOSULFATE SULFURTRANSFERASE GLPE
キーワードTRANSFERASE / RHODANESE / SULFURTRANSFERASE / GLYCEROL METABOLISM
機能・相同性
機能・相同性情報


sulfur utilization / thiosulfate sulfurtransferase / glycerol metabolic process / thiosulfate-cyanide sulfurtransferase activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Thiosulfate sulfurtransferase, bacterial / : / Rhodanese-like domain / Oxidized Rhodanese; domain 1 / Rhodanese Homology Domain / Rhodanese-like domain / Rhodanese domain profile. / Rhodanese-like domain superfamily / Rhodanese-like domain / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Thiosulfate sulfurtransferase GlpE
類似検索 - 構成要素
生物種ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
手法X線回折 / OTHER / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Spallarossa, A. / Donahue, J.T. / Larson, T.J. / Bolognesi, M. / Bordo, D.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2001
タイトル: Escherichia Coli Glpe is a Prototype Sulfurtransferase for the Single-Domain Rhodanese Homology Superfamily
著者: Spallarossa, A. / Donahue, J.T. / Larson, T.J. / Bolognesi, M. / Bordo, D.
履歴
登録2001年10月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02001年11月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年8月1日Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Refinement description / Structure summary / Version format compliance
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: THIOSULFATE SULFURTRANSFERASE GLPE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,1773
ポリマ－12,0921
非ポリマー852
水1,58588
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.796, 53.796, 30.346
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number145
Space group name H-MP32

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要素

#1: タンパク質 THIOSULFATE SULFURTRANSFERASE GLPE / GLPE PROTEIN


分子量: 12092.421 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: BL21(DE3) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A6V5, thiosulfate sulfurtransferase
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 88 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.33 %
結晶化pH: 4.6 / 詳細: pH 4.60
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
18 mg/mlprotein1drop
250 mMTris-HCl1droppH7.0
33 mMEDTA1drop
4100 mM1dropNaCl
510 %(v/v)glycerol1drop
60.1 M1reservoirCaCl2
70.1 Msodium acetate1reservoirpH4.6
820 %(v/v)2-propanol1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.54
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→18 Å / Num. obs: 9094 / % possible obs: 96 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.032 / Net I/σ(I): 23
反射 シェル解像度: 1.8→1.83 Å / Rmerge(I) obs: 0.234 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 85
反射
*PLUS
最低解像度: 18 Å / % possible obs: 95.7 % / Num. measured all: 64419
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 84.7 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
REFMAC精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: OTHER / 解像度: 1.8→20 Å / SU B: 3.52667 / SU ML: 0.11246 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.1474 / ESU R Free: 0.15556 / 詳細: NONE
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24822 414 4.8 %RANDOM
Rwork0.17348 ---
obs0.17715 8281 96 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数849 0 5 88 942
精密化
*PLUS
最低解像度: 20 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.177 / Rfactor Rfree: 0.248 / Rfactor Rwork: 0.177
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg1.4

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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