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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1gmw | ||||||
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タイトル | Structure of UreE | ||||||
要素 | (UREE) x 2 | ||||||
キーワード | CHAPERONE / METALLOCHAPERONE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 urea metabolic process / nickel cation binding / unfolded protein binding / protein folding / protein-containing complex assembly / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | KLEBSIELLA AEROGENES (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å | ||||||
データ登録者 | Song, H.K. / Mulrooney, S.B. / Huber, R. / Hausinger, R. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2001 タイトル: Crystal Structure of Klebsiella Aerogenes Uree, a Nickel-Binding Metallochaperone for Urease Activation 著者: Song, H.K. / Mulrooney, S.B. / Huber, R. / Hausinger, R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1gmw.cif.gz | 116.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1gmw.ent.gz | 97.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1gmw.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1gmw_validation.pdf.gz | 448.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1gmw_full_validation.pdf.gz | 475.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1gmw_validation.xml.gz | 24.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1gmw_validation.cif.gz | 33.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gm/1gmw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gm/1gmw | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15924.580 Da / 分子数: 3 / 断片: RESIDUES 1-143 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) KLEBSIELLA AEROGENES (バクテリア) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P18317 #2: タンパク質 | | 分子量: 15910.553 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 1-143 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) KLEBSIELLA AEROGENES (バクテリア) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P18317 #3: 化合物 | ChemComp-CU / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 構成要素の詳細 | ENGINEERED | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.14 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 6.5 / 詳細: pH 6.50 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 22 ℃ / pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: MPG/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW6 / 波長: 1.05 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.05 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→17 Å / Num. obs: 20709 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 19 % / Rmerge(I) obs: 0.048 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 198257 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 2.5 Å / 最低解像度: 2.54 Å / % possible obs: 99.2 % / Rmerge(I) obs: 0.088 |
-解析
ソフトウェア | 名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.5→17 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.5→17 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.5 Å / 最低解像度: 17 Å / Num. reflection obs: 20352 / Rfactor Rfree: 0.295 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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