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万見
- PDB-1gmm: Carbohydrate binding module CBM6 from xylanase U Clostridium ther... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1gmm
タイトルCarbohydrate binding module CBM6 from xylanase U Clostridium thermocellum
要素CBM6
キーワードXYLANASE / CARBOHYDRATE BINDING MODULE / CBM FAMILY 6 / XYLAN BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds / endo-1,4-beta-xylanase activity / endo-1,4-beta-xylanase / xylan catabolic process / carbohydrate binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
NodB homology domain profile. / NodB homology domain / Polysaccharide deacetylase / Cellulose binding, type IV / Cellulose Binding Domain Type IV / Carbohydrate binding module (family 6) / Clostridium cellulosome enzymes repeated domain signature. / CBM6 (carbohydrate binding type-6) domain profile. / Carbohydrate binding module family 6 / Glycoside hydrolase family 11, active site 2 ...NodB homology domain profile. / NodB homology domain / Polysaccharide deacetylase / Cellulose binding, type IV / Cellulose Binding Domain Type IV / Carbohydrate binding module (family 6) / Clostridium cellulosome enzymes repeated domain signature. / CBM6 (carbohydrate binding type-6) domain profile. / Carbohydrate binding module family 6 / Glycoside hydrolase family 11, active site 2 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) active site signature 2. / Glycoside hydrolase family 11, active site 1 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) active site signature 1. / Glycoside hydrolase family 11 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) domain / Glycosyl hydrolases family 11 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) domain profile. / Dockerin domain / Dockerin domain profile. / Glycoside hydrolase/deacetylase, beta/alpha-barrel / Dockerin type I domain / Dockerin type I repeat / Dockerin domain superfamily / Glycoside hydrolase family 11/12 / Galactose-binding domain-like / Galactose-binding-like domain superfamily / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
endo-1,4-beta-xylanase
類似検索 - 構成要素
生物種CLOSTRIDIUM THERMOCELLUM (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Czjzek, M. / Mosbah, A. / Bolam, D. / Allouch, J. / Zamboni, V. / Henrissat, B. / Gilbert, H.J.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2001
タイトル: The Location of the Ligand-Binding Site of Carbohydrate-Binding Modules that Have Evolved from a Common Sequence is not Conserved.
著者: Czjzek, M. / Bolam, D. / Mosbah, A. / Allouch, J. / Fontes, C.M. / Ferreira, L.M. / Bornet, O. / Zamboni, V. / Darbon, H. / Smith, N.L. / Black, G.W. / Henrissat, B. / Gilbert, H.J.
#1: ジャーナル: Biochem.J. / 年: 1999
タイトル: Homologous Xylanases from Clostridium Thermocellum: Evidence for Bi-Functional Activity, Synergism between Xylanase Catalytic Modules and the Presence of Xylan-Binding Domains in Enzyme Complexes
著者: Fernandes, A. / Fontes, C.M.G.A. / Gilbert, H.J. / Hazelwood, G.P. / Fernandes, T.H. / Ferreira, L.M.A. / Gilbert, H.J.
履歴
登録2001年9月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02001年11月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CBM6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,2744
ポリマ－14,1151
非ポリマー1593
水3,243180
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)59.650, 59.650, 157.450
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

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要素

#1: タンパク質 CBM6


分子量: 14115.347 Da / 分子数: 1 / 断片: XYLAN BINDING MODULE (DOMAIN), RESIDUE 248-380 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) CLOSTRIDIUM THERMOCELLUM (バクテリア)
株: F1 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: O52780, endo-1,4-beta-xylanase
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 180 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 55 %
結晶化pH: 5.5
詳細: 30% PEG 4000, 100MM NA-CITRATE PH 5.5, 100MM (NH4)2SO4
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / pH: 5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
112 mg/mlprotein1drop
220 mMsodium acetate1droppH5.0
330 %PEG40001reservoir
4100 mMsodium citrate1reservoirpH5.5
5100 mMammonium sulfate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9793, 0.9795, 0.9465, 0.933
検出器検出器: CCD / 日付: 2000年12月15日 / 詳細: MIRRORS
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97931
20.97951
30.94651
40.9331
反射解像度: 2→39.22 Å / Num. obs: 11981 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): 0.01 / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 9.3
反射 シェル解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.204 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / % possible all: 98.2
反射
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.055
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 98.2 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
REFMAC精密化
DENZOデータ削減
SCALAデータスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2→39 Å / SU B: 3.345 / SU ML: 0.095 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.01 / ESU R Free: 0.142
詳細: TLS REFINEMENT WAS PERFORMED ON 6 GROUPS. FOUR RESIDUES, THR A 65, THR A 67, SER A 99 AND THR A 103 HAVE BEEN MODELED WITH MULTIPLE ALTERNATE CONFORMATIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2159 571 4.8 %RANDOM
Rwork0.2077 ---
obs0.20809 11375 99.3 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→39 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数942 0 7 180 1129
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.1 Å / 最低解像度: 32 Å / Rfactor obs: 0.2 / Rfactor Rfree: 0.216 / Rfactor Rwork: 0.2
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg1.55

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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