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万見
- PDB-1gmh: REFINED CRYSTAL STRUCTURE OF "AGED" AND "NON-AGED" ORGANOPHOSPHOR... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1gmh
タイトルREFINED CRYSTAL STRUCTURE OF "AGED" AND "NON-AGED" ORGANOPHOSPHORYL CONJUGATES OF GAMMA-CHYMOTRYPSIN
要素(GAMMA-CHYMOTRYPSIN ...) x 3
キーワードHYDROLASE(SERINE PROTEINASE)
機能・相同性
機能・相同性情報


chymotrypsin / serpin family protein binding / serine protease inhibitor complex / digestion / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases ...Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHORYLISOPROPANE / Chymotrypsinogen A
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Harel, M. / Sussman, J.L. / Silman, I.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1991
タイトル: Refined crystal structures of "aged" and "non-aged" organophosphoryl conjugates of gamma-chymotrypsin.
著者: Harel, M. / Su, C.T. / Frolow, F. / Ashani, Y. / Silman, I. / Sussman, J.L.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1991
タイトル: Gamma-Chymotrypsin is a Complex of Alpha-Chymotrypsin with its Own Autolysis Products
著者: Harel, M. / Su, C.-T. / Frolow, F. / Silman, I. / Sussman, J.L.
履歴
登録1994年7月1日処理サイト: BNL
改定 1.01994年9月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年6月5日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
E: GAMMA-CHYMOTRYPSIN A
F: GAMMA-CHYMOTRYPSIN A
G: GAMMA-CHYMOTRYPSIN A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,5956
ポリマ－25,2633
非ポリマー3323
水1,838102
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7860 Å2
ΔGint-86 kcal/mol
Surface area9980 Å2
手法PISA
2
E: GAMMA-CHYMOTRYPSIN A
F: GAMMA-CHYMOTRYPSIN A
G: GAMMA-CHYMOTRYPSIN A
ヘテロ分子

E: GAMMA-CHYMOTRYPSIN A
F: GAMMA-CHYMOTRYPSIN A
G: GAMMA-CHYMOTRYPSIN A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,19012
ポリマ－50,5256
非ポリマー6646
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
Buried area17470 Å2
ΔGint-188 kcal/mol
Surface area18200 Å2
手法PISA
3
E: GAMMA-CHYMOTRYPSIN A

E: GAMMA-CHYMOTRYPSIN A

F: GAMMA-CHYMOTRYPSIN A
G: GAMMA-CHYMOTRYPSIN A
ヘテロ分子

F: GAMMA-CHYMOTRYPSIN A
G: GAMMA-CHYMOTRYPSIN A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,19012
ポリマ－50,5256
非ポリマー6646
水1086
タイプ名称対称操作数
crystal symmetry operation5_545-x+1/2,y-1/2,-z+1/21
crystal symmetry operation6_555x+1/2,-y+1/2,-z+1/21
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
Buried area15930 Å2
ΔGint-175 kcal/mol
Surface area19740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.900, 69.900, 96.700
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number94
Space group name H-MP42212

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要素

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GAMMA-CHYMOTRYPSIN ... , 3種, 3分子 EFG

#1: タンパク質・ペプチド GAMMA-CHYMOTRYPSIN A


分子量: 1253.511 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00766, chymotrypsin
#2: タンパク質 GAMMA-CHYMOTRYPSIN A


分子量: 13934.556 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00766, chymotrypsin
#3: タンパク質 GAMMA-CHYMOTRYPSIN A


分子量: 10074.495 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00766, chymotrypsin

-
非ポリマー , 3種, 105分子

#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-ISP / PHOSPHORYLISOPROPANE / りん酸イソプロピル


分子量: 140.075 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H9O4P
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 102 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.37 %
結晶化
*PLUS
pH: 5.5 / 手法: unknown / 詳細: Cohen, G.H., (1981) J. Mol. Biol., 148, 449.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
112.5 mg/mlprotein11
250 %satammonium sulfate11

-
データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射
*PLUS
最高解像度: 2.1 Å / Num. all: 31167 / Num. obs: 11120 / Observed criterion σ(F): 3 / Rmerge(I) obs: 0.068

-
解析

ソフトウェア名称: PROLSQ / バージョン: 1GMH / 分類: 精密化
精密化解像度: 2.1→6 Å / σ(F): 0 /
Rfactor反射数
obs0.187 11120
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1741 0 17 102 1860
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0160.025
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0270.031
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0350.05
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.010.02
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.120.15
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.1830.5
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.2010.5
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor1.72.8
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
ソフトウェア
*PLUS
名称: PROLSQ / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.187
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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