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- PDB-1gme: Crystal structure and assembly of an eukaryotic small heat shock ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1gme
タイトルCrystal structure and assembly of an eukaryotic small heat shock protein
要素HEAT SHOCK PROTEIN 16.9B
キーワードCHAPERONE / SMALL HEAT SHOCK PROTEIN / ALPHA-CRYSTALLIN
機能・相同性
機能・相同性情報


protein complex oligomerization / response to salt stress / protein homooligomerization / response to hydrogen peroxide / unfolded protein binding / protein folding / response to heat / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Immunoglobulin-like - #790 / Hsp20/alpha crystallin family / Small heat shock protein (sHSP) domain profile. / Alpha crystallin/Hsp20 domain / HSP20-like chaperone / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
16.9 kDa class I heat shock protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種TRITICUM AESTIVUM (コムギ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Van Montfort, R.L.M. / Basha, E. / Friedrich, K.L. / Slingsby, C. / Vierling, E.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2001
タイトル: Crystal Structure and Assembly of an Eukaryotic Small Heat Shock Protein
著者: Van Montfort, R.L.M. / Basha, E. / Friedrich, K.L. / Slingsby, C. / Vierling, E.
履歴
登録2001年9月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02001年11月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年7月5日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42024年5月8日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HEAT SHOCK PROTEIN 16.9B
B: HEAT SHOCK PROTEIN 16.9B
C: HEAT SHOCK PROTEIN 16.9B
D: HEAT SHOCK PROTEIN 16.9B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,5254
ポリマ－67,5254
非ポリマー00
水59433
1
A: HEAT SHOCK PROTEIN 16.9B
B: HEAT SHOCK PROTEIN 16.9B
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)202,57412
ポリマ－202,57412
非ポリマー00
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
crystal symmetry operation4_556y,x,-z+11
crystal symmetry operation6_556-x,-x+y,-z+11
crystal symmetry operation5_556x-y,-y,-z+11
手法PQS
2
C: HEAT SHOCK PROTEIN 16.9B
D: HEAT SHOCK PROTEIN 16.9B
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)202,57412
ポリマ－202,57412
非ポリマー00
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
crystal symmetry operation6_557-x,-x+y,-z+21
crystal symmetry operation5_557x-y,-y,-z+21
crystal symmetry operation4_557y,x,-z+21
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)171.645, 171.645, 124.157
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.78, 0.4595, 0.4248), (0.4615, -0.0361, 0.8864), (0.4226, 0.8875, -0.1839)-19.0542, -48.3981, 62.4818
2given(0.5066, 0.8622, -0.0016), (0.8622, -0.5066, -0.0008), (-0.0015, -0.0009, -1)0.157, 0.0572, 186.455
3given(-0.0293, -0.8871, -0.4606), (0.22, 0.4438, -0.8687), (0.9751, -0.1268, 0.1822)65.2462, 114.1278, 28.1291

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要素

#1: タンパク質
HEAT SHOCK PROTEIN 16.9B


分子量: 16881.168 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) TRITICUM AESTIVUM (コムギ) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q41560
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 33 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE SEQUENCE SHOWS SER AT POSITION 7 INSTEAD OF THR AS REPORTED IN THE SWISSPROT ENTRY. SUBSEQUENT ...THE SEQUENCE SHOWS SER AT POSITION 7 INSTEAD OF THR AS REPORTED IN THE SWISSPROT ENTRY. SUBSEQUENT RESEQUENCING HAS CONFIRMED A SERINE RESIDUE AT POSITION 7

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52 % / 解説: MAD DATA COLLECTED ON BM14
結晶化pH: 8.5
詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 26-29% PEG400, 0.2M SODIUM CITRATE, 0.1M TRIS/HCL PH8.5, pH 8.50
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / pH: 7 / 手法: other
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
126-29 %(v/v)PEG4001reservoir
20.2 Msodium citrate1reservoir
30.1 MTris-HCl1reservoirpH8.5
41 mMEDTA1drop
52 mMdithiothreitol1drop
610 mMTris-HCl1droppH7.0
78 mg/mlprotein1drop

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-3 / 波長: 0.92
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 1999年9月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.65→30 Å / Num. obs: 19276 / % possible obs: 94.6 % / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 13
反射 シェル解像度: 2.65→2.79 Å / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.164 / Mean I/σ(I) obs: 4 / % possible all: 96.7
反射
*PLUS
最高解像度: 2.7 Å / Num. measured all: 170065 / Rmerge(I) obs: 0.04

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
SnBV. 2.1位相決定
SHARP位相決定
SOLOMON位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.7→30 Å / Data cutoff high absF: 10000 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: MLF
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.286 886 4.6 %RANDOM
Rwork0.231 ---
obs0.231 19276 93.8 %-
原子変位パラメータBiso mean: 33.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.496 Å2-6.677 Å20 Å2
2---3.496 Å20 Å2
3---6.993 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4107 0 0 33 4140
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.491.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.7092
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.5582
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.5992
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.76 Å / Total num. of bins used: 17
Rfactor反射数%反射
Rfree0.424 49 4.7 %
Rwork0.353 1052 -
obs--96.1 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
精密化
*PLUS
最低解像度: 30 Å
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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