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- PDB-1gli: DEOXYHEMOGLOBIN T38W (ALPHA CHAINS), V1G (ALPHA AND BETA CHAINS) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1gli
タイトルDEOXYHEMOGLOBIN T38W (ALPHA CHAINS), V1G (ALPHA AND BETA CHAINS)
要素(DEOXYHEMOGLOBIN) x 2
キーワードOXYGEN TRANSPORT / MUTANT / ENGINEERED MUTANT / SITE DIRECTED MUTANT
機能・相同性
機能・相同性情報


nitric oxide transport / hemoglobin alpha binding / cellular oxidant detoxification / hemoglobin binding / renal absorption / haptoglobin-hemoglobin complex / hemoglobin complex / oxygen transport / Scavenging of heme from plasma / endocytic vesicle lumen ...nitric oxide transport / hemoglobin alpha binding / cellular oxidant detoxification / hemoglobin binding / renal absorption / haptoglobin-hemoglobin complex / hemoglobin complex / oxygen transport / Scavenging of heme from plasma / endocytic vesicle lumen / blood vessel diameter maintenance / Late endosomal microautophagy / hydrogen peroxide catabolic process / oxygen carrier activity / carbon dioxide transport / response to hydrogen peroxide / Heme signaling / Erythrocytes take up oxygen and release carbon dioxide / Erythrocytes take up carbon dioxide and release oxygen / Cytoprotection by HMOX1 / oxygen binding / Chaperone Mediated Autophagy / regulation of blood pressure / platelet aggregation / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / tertiary granule lumen / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / blood microparticle / ficolin-1-rich granule lumen / inflammatory response / iron ion binding / heme binding / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / metal ion binding / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Hemoglobin, pi / Hemoglobin, alpha-type / Hemoglobin, beta-type / : / Globin/Protoglobin / Globins / Globin-like / Globin / Globin / Globin domain profile. ...Hemoglobin, pi / Hemoglobin, alpha-type / Hemoglobin, beta-type / : / Globin/Protoglobin / Globins / Globin-like / Globin / Globin / Globin domain profile. / Globin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / PHOSPHATE ION / Hemoglobin subunit beta / Hemoglobin subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / MUTANT-NATIVE DIFFERENCE MAP STARTING MODEL FOR MOLECULAR REPLACEMENT: NULL / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Fermi, G. / Vallone, B.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1996
タイトル: Probing the alpha 1 beta 2 interface of human hemoglobin by mutagenesis. Role of the FG-C contact regions.
著者: Vallone, B. / Bellelli, A. / Miele, A.E. / Brunori, M. / Fermi, G.
履歴
登録1996年2月22日処理サイト: BNL
改定 1.01996年8月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32018年4月18日Group: Data collection / Other / カテゴリ: diffrn_detector / pdbx_database_status
Item: _diffrn_detector.detector / _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42021年11月3日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.02023年2月8日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Other
カテゴリ: atom_site / atom_sites ...atom_site / atom_sites / database_PDB_matrix / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_planes / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_torsion / struct_conn
Item: _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y ..._atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] / _atom_sites.fract_transf_vector[1] / _atom_sites.fract_transf_vector[2] / _atom_sites.fract_transf_vector[3] / _database_PDB_matrix.origx[1][1] / _database_PDB_matrix.origx[1][2] / _database_PDB_matrix.origx[1][3] / _database_PDB_matrix.origx[2][1] / _database_PDB_matrix.origx[2][2] / _database_PDB_matrix.origx[2][3] / _database_PDB_matrix.origx[3][1] / _database_PDB_matrix.origx[3][2] / _database_PDB_matrix.origx[3][3] / _database_PDB_matrix.origx_vector[1] / _database_PDB_matrix.origx_vector[2] / _database_PDB_matrix.origx_vector[3] / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_validate_planes.rmsd / _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_deviation / _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_value / _pdbx_validate_torsion.phi / _pdbx_validate_torsion.psi / _struct_conn.pdbx_dist_value
詳細: Coordinates and associated ncs operations (if present) transformed into standard crystal frame
Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年3月15日Group: Advisory / カテゴリ: pdbx_database_remark
改定 2.22024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DEOXYHEMOGLOBIN
B: DEOXYHEMOGLOBIN
C: DEOXYHEMOGLOBIN
D: DEOXYHEMOGLOBIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,9409
ポリマ－62,3804
非ポリマー2,5615
水1,982110
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11750 Å2
ΔGint-107 kcal/mol
Surface area24070 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.150, 83.590, 53.800
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.34, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT CONTAINS TWO ALPHA AND TWO BETA CHAINS. ONLY ONE CHAIN OF EACH TYPE WAS DEPOSITED. THE COORDINATES FOR THE *C* AND *D* CHAINS WERE GENERATED FROM THE *A* AND *B* CHAINS, RESPECTIVELY, USING THE TRANSFORMATION (-X, Y, -Z).

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要素

#1: タンパク質 DEOXYHEMOGLOBIN


分子量: 15267.524 Da / 分子数: 2 / 変異: V1M, CHAIN A, C, T38W / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P69905
#2: タンパク質 DEOXYHEMOGLOBIN


分子量: 15922.265 Da / 分子数: 2 / 変異: V1M, CHAIN A, C, T38W / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P68871
#3: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 110 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THIS STRUCTURE IS AN ENGINEERED POINT MUTANT OF HUMAN HEMOGLOBIN, T38AW OR THR 38 ALPHA (1 AND 2) -- ...THIS STRUCTURE IS AN ENGINEERED POINT MUTANT OF HUMAN HEMOGLOBIN, T38AW OR THR 38 ALPHA (1 AND 2) --> TRP. IT ALSO CONTAINS THE POINT MUTATIONS V1M, OR VAL 1 ALPHA (1 AND 2) --> MET AND VAL 1 BETA (1 AND 2) --> MET, WHICH ARE A CONSEQUENCE OF THE EXPRESSION SYSTEM USED. THE COORDINATE LIST IS IDENTICAL TO THE PDB ENTRY 3HHB EXCEPT FOR (1) THE SUBSTITUTION T38AW, (2) ADDITION OF WATER MOLECULE HOH 56 AND (3) APPROPRIATE CHANGES OF HEADER AND OTHER EXPLANATORY LINES. (4) EQUIVALENT ATOMS INTERCHANGED IN 22 RESIDUES TO CONFORM TO IUPAC/IUB SPECIFICATIONS (5) OCCUPANCY GIVEN AS FRACTION HERE VERSUS AS ELECTRON COUNT IN 3HHB

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 50 %
結晶化
*PLUS
pH: 6.5 / 手法: unknown / 詳細: Perutz, M.F., (1968) J. Cryst. Growth, 2, 54.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
14 Mammonium sulfate11
22 M11(NH4)H2PO4
32 M11(NH4)2HPO4

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データ収集

回折平均測定温度: 300 K
放射光源由来: 回転陽極 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: ENRAF-NONIUS FAST / 検出器: DIFFRACTOMETER / 日付: 1993年8月10日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.48→22 Å / Num. obs: 15818 / % possible obs: 76.5 % / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.096
反射
*PLUS
Num. obs: 15560 / Num. measured all: 25572

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解析

ソフトウェア
名称分類
MADNESデータ削減
CCP4データスケーリング
精密化構造決定の手法: MUTANT-NATIVE DIFFERENCE MAP STARTING MODEL FOR MOLECULAR REPLACEMENT: NULL
最高解像度: 2.5 Å
詳細: THE COORDINATES GIVEN HERE ARE IN THE ORTHOGONAL ANGSTROM SYSTEM STANDARD FOR HEMOGLOBINS. THE Y AXIS IS THE (NON-CRYSTALLOGRAPHIC) MOLECULAR DIAD AND THE X AXIS IS THE PSEUDO-DIAD WHICH ...詳細: THE COORDINATES GIVEN HERE ARE IN THE ORTHOGONAL ANGSTROM SYSTEM STANDARD FOR HEMOGLOBINS. THE Y AXIS IS THE (NON-CRYSTALLOGRAPHIC) MOLECULAR DIAD AND THE X AXIS IS THE PSEUDO-DIAD WHICH RELATES THE ALPHA-1 AND BETA-1 CHAINS.
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 2.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4402 0 173 110 4685
精密化
*PLUS
Num. reflection obs: 15442 / Rfactor obs: 0.135
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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