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- PDB-1gjp: SCHIFF-BASE COMPLEX OF YEAST 5-AMINOLAEVULINIC ACID DEHYDRATASE W... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1gjp
タイトルSCHIFF-BASE COMPLEX OF YEAST 5-AMINOLAEVULINIC ACID DEHYDRATASE WITH 4-OXOSEBACIC ACID
要素5-AMINOLAEVULINIC ACID DEHYDRATASE
キーワードDEHYDRATASE / LYASE / ALDOLASE / TIM BARREL / TETRAPYRROLE SYNTHESIS
機能・相同性
機能・相同性情報


Heme biosynthesis / porphobilinogen synthase / porphobilinogen synthase activity / protoporphyrinogen IX biosynthetic process / heme biosynthetic process / Neutrophil degranulation / zinc ion binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Delta-aminolevulinic acid dehydratase / Delta-aminolevulinic acid dehydratase, active site / Delta-aminolevulinic acid dehydratase / Delta-aminolevulinic acid dehydratase active site. / Delta-aminolevulinic acid dehydratase / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
4-OXODECANEDIOIC ACID / Delta-aminolevulinic acid dehydratase
類似検索 - 構成要素
生物種SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Erskine, P.T. / Coates, L. / Newbold, R. / Brindley, A.A. / Wood, S.P. / Warren, M.J. / Cooper, J.B. / Shoolingin-Jordan, P.M. / Neier, R.
引用ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 2001
タイトル: The X-Ray Structure of Yeast 5-Aminolaevulinic Acid Dehydratase Complexed with Two Diacid Inhibitors
著者: Erskine, P.T. / Coates, L. / Newbold, R. / Brindley, A.A. / Stauffer, F. / Wood, S.P. / Warren, M.J. / Cooper, J.B. / Shoolingin-Jordan, P.M. / Neier, R.
履歴
登録2001年8月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02001年8月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年5月22日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: pdbx_database_proc / pdbx_database_status ...pdbx_database_proc / pdbx_database_status / refine / struct_conn
Item: _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _refine.pdbx_ls_cross_valid_method / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 10-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 11-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5-AMINOLAEVULINIC ACID DEHYDRATASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,8243
ポリマ－37,5421
非ポリマー2822
水8,377465
1
A: 5-AMINOLAEVULINIC ACID DEHYDRATASE
ヘテロ分子
x 8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)302,58924
ポリマ－300,3368
非ポリマー2,25316
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555y,-x,z1
crystal symmetry operation3_555-y,x,z1
crystal symmetry operation5_555-x,y,-z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation8_555-y,-x,-z1
crystal symmetry operation6_555x,-y,-z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)103.500, 103.500, 168.200
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number97
Space group name H-MI422
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2019-

HOH

21A-2149-

HOH

31A-2157-

HOH

41A-2277-

HOH

51A-2430-

HOH

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要素

#1: タンパク質 5-AMINOLAEVULINIC ACID DEHYDRATASE / ALAD / PORPHOBILINOGEN SYNTHASE


分子量: 37541.945 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: SCHIFF-BASE LINK BETWEEN 4-OXOSEBACIC ACID SUBSTRATE (HET GROUP A363) AND LYSINE 263
由来: (組換発現) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
株: NS1(JM109/PNS1) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P05373, porphobilinogen synthase
#2: 化合物 ChemComp-4OX / 4-OXODECANEDIOIC ACID / 4-OXOSEBACIC ACID


分子量: 216.231 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16O5
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 465 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細THE LAST TWO RESIDUES AT THE C-TERMINAL WERE NOT SEEN IN THE DENSITY MAPS

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 59 %
結晶化pH: 8
詳細: AS FOR 1AW5 WITH 5MM 4-OXOSEBACIC ACID IN DROP, pH 8.00
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法 / 詳細: Erskine, P.T., (1997) Protein Sci., 6, 1774. / PH range low: 8 / PH range high: 7
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
12 mg/mlenzyme1drop
250 %(w/v)PEG60001reservoir
3zinc salfate1reservoir4mg
4beta-mercaptoethanol1reservoir0.100ml
5water1reservoir0.010ml

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2001年2月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→30.4 Å / Num. obs: 39906 / % possible obs: 94.6 % / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.059 / Net I/σ(I): 4.9
反射 シェル解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.425 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / % possible all: 87.7
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 87.7 % / Mean I/σ(I) obs: 1.5

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解析

ソフトウェア
名称分類
SHELXL-97精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
CCP4位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1AW5

1aw5


解像度: 1.8→30.4 Å / Num. parameters: 12815 / Num. restraintsaints: 11222 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.329 1997 5 %RANDOM
obs0.265 -94.6 %-
all-39906 --
溶媒の処理溶媒モデル: MOEWS & KRETSINGER
Refine analyzeNum. disordered residues: 5
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→30.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2637 0 15 465 3117
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.02
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.305
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.029
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.035
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.006
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps
ソフトウェア
*PLUS
名称: SHELXL-97/2 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor all: 0.265
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_plane_restr0.029
X-RAY DIFFRACTIONs_chiral_restr0.035

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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