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- PDB-1gji: Crystal structure of c-Rel bound to DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1gji
タイトルCrystal structure of c-Rel bound to DNA
要素
  • (IL-2 CD28RE DNA) x 2
  • C-REL PROTO-ONCOGENE PROTEIN
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / NF-kB-DNA COMPLEX / TRANSCRIPTION FACTOR / c-Rel HOMODIMER / TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


apoptotic DNA fragmentation / non-canonical NF-kappaB signal transduction / canonical NF-kappaB signal transduction / response to cytokine / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / inflammatory response / DNA-binding transcription factor activity / innate immune response / chromatin binding ...apoptotic DNA fragmentation / non-canonical NF-kappaB signal transduction / canonical NF-kappaB signal transduction / response to cytokine / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / inflammatory response / DNA-binding transcription factor activity / innate immune response / chromatin binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleoplasm / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Proto-oncogene c-Rel / Proto-oncogene c-Rel, RHD, N-terminal subdomain / Rel homology domain (RHD), DNA-binding domain / NF-kappa-B/Dorsal / Rel homology domain, conserved site / NFkappaB IPT domain / NF-kappa-B/Rel/dorsal domain signature. / Rel homology domain (RHD), DNA-binding domain / Rel homology dimerisation domain / Rel homology DNA-binding domain ...Proto-oncogene c-Rel / Proto-oncogene c-Rel, RHD, N-terminal subdomain / Rel homology domain (RHD), DNA-binding domain / NF-kappa-B/Dorsal / Rel homology domain, conserved site / NFkappaB IPT domain / NF-kappa-B/Rel/dorsal domain signature. / Rel homology domain (RHD), DNA-binding domain / Rel homology dimerisation domain / Rel homology DNA-binding domain / Rel homology dimerisation domain / NF-kappa-B/Rel/dorsal domain profile. / Rel homology domain (RHD), DNA-binding domain superfamily / ig-like, plexins, transcription factors / IPT domain / p53-like transcription factor, DNA-binding / Immunoglobulin E-set / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Proto-oncogene c-Rel
類似検索 - 構成要素
生物種Gallus gallus (ニワトリ)
手法X線回折 / 分子置換, 多重同系置換 / 解像度: 2.85 Å
データ登録者Huang, D.B. / Chen, Y.Q. / Ruetsche, M. / Phelps, C.B. / Ghosh, G.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2001
タイトル: X-ray crystal structure of proto-oncogene product c-Rel bound to the CD28 response element of IL-2.
著者: Huang, D.B. / Chen, Y.Q. / Ruetsche, M. / Phelps, C.B. / Ghosh, G.
履歴
登録2001年5月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年5月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: IL-2 CD28RE DNA
D: IL-2 CD28RE DNA
A: C-REL PROTO-ONCOGENE PROTEIN
B: C-REL PROTO-ONCOGENE PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,0544
ポリマ－76,0544
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)99.320, 99.320, 196.250
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: DNA鎖 IL-2 CD28RE DNA


分子量: 6206.054 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖 IL-2 CD28RE DNA


分子量: 6058.939 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: タンパク質 C-REL PROTO-ONCOGENE PROTEIN / C-REL PROTEIN


分子量: 31894.316 Da / 分子数: 2 / Fragment: Rel homology region / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / プラスミド: pET11a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P16236

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 63 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 7.5
詳細: PEG 4000, spermine, DTT, pH 7.5, EVAPORATION, temperature 298.0K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1PEG 400011
2spermine11
3DTT11
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
120 mg/mlprotein1drop
220 %(w/v)PEG40001reservoir
3100 mMHEPES1reservoirpH7.5
41 mMspermine1reservoir
52 mMdithiothreitol1reservoir
60.01 %beta-octylglucoside1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 168 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1999年2月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.85→25 Å / Num. all: 21455 / Num. obs: 18723 / % possible obs: 90.8 % / Observed criterion σ(F): 2 / 冗長度: 10 % / Rmerge(I) obs: 0.086 / Net I/σ(I): 7.8
反射 シェル解像度: 2.85→2.95 Å / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.424 / Num. unique all: 1159 / % possible all: 46
反射
*PLUS
Num. obs: 21455 / % possible obs: 90 % / Num. measured all: 215187 / Rmerge(I) obs: 0.086
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 48 % / Rmerge(I) obs: 0.424 / Mean I/σ(I) obs: 1.8

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解析

ソフトウェア
名称分類
AMoRE位相決定
CNS精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換, 多重同系置換
開始モデル: p65/DNA complex

解像度: 2.85→25 Å / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: The DNA molecule has alternate conformations. Two sets of coordinates for the DNA molecule were refined with 0.5 occupancy each.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.279 897 5 %
Rwork0.227 --
all-21455 -
obs-18732 79.2 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.85→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4486 1628 0 0 6114
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.32
精密化
*PLUS
% reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.227 / Rfactor Rfree: 0.279 / Rfactor Rwork: 0.227
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: c_bond_d / Dev ideal: 0.0079

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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