PDB-1gis: A TRICHOSANTHIN(TCS) MUTANT(E85Q) COMPLEX STRUCTURE WITH 2'-DEOXY...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1gis

タイトル

A TRICHOSANTHIN(TCS) MUTANT(E85Q) COMPLEX STRUCTURE WITH 2'-DEOXY-ADENOSIN-5'-MONOPHOSPHATE

要素

RIBOSOME-INACTIVATING PROTEIN ALPHA-TRICHOSANTHIN

キーワード

HYDROLASE / PROTEIN-SUB COMPLEX / TRICHOSANTHIN / TCS

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of defense response to virus / rRNA N-glycosylase / rRNA N-glycosylase activity / defense response / toxin activity / negative regulation of translation
類似検索 - 分子機能

生物種

Trichosanthes kirilowii (チョウセンカラスウリ)

手法

X線回折 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Guo, Q. / Liu, Y. / Dong, Y. / Rao, Z.

引用

ジャーナル: Protein Eng. / 年: 2003
タイトル: Substrate binding and catalysis in trichosanthin occur in different sites as revealed by the complex structures of several E85 mutants.
著者: Guo, Q. / Zhou, W. / Too, H.M. / Li, J. / Liu, Y. / Bartlam, M. / Dong, Y. / Wong, K.B. / Shaw, P.C. / Rao, Z.

履歴

登録	2001年3月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2003年6月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月26日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2021年11月10日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif ...database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_sheet / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_sheet.number_strands / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2023年12月27日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
改定 2.0	2024年5月29日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / struct_site Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.type / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_atom.comp_id / _chem_comp_atom.pdbx_aromatic_flag / _chem_comp_atom.pdbx_stereo_config / _chem_comp_atom.type_symbol / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _chem_comp_bond.comp_id / _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag / _chem_comp_bond.value_order / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _struct_site.details / _struct_site.pdbx_auth_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1gis.cif.gz	68.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1gis.ent.gz	49.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1gis.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1gis_validation.pdf.gz	452.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1gis_full_validation.pdf.gz	458.1 KB	表示
XML形式データ	1gis_validation.xml.gz	7.9 KB	表示
CIF形式データ	1gis_validation.cif.gz	12.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gi/1gis ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gi/1gis	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1giuC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2jdl-1 6z1y-4 4kmk-d 1nli-d 4qb8-d 5aya-d 4hbu-d 3blm-d 4dwm-d 6b5x-4 5a92-d 4h0z-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#161 - 2013年5月リシン (Ricin) 類似性 (9) #69 - 2005年9月コレラ毒素 (Cholera Toxin) 類似性 (9)

登録構造単位

A: RIBOSOME-INACTIVATING PROTEIN ALPHA-TRICHOSANTHIN

ヘテロ分子

27.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	38.0, 75.9, 78.4
Angle α, β, γ (deg.)	90, 90, 90
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	RIBOSOME-INACTIVATING PROTEIN ALPHA-TRICHOSANTHIN 分子量: 27296.980 Da / 分子数: 1 / 変異: E86Q / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Trichosanthes kirilowii (チョウセンカラスウリ) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P09989, rRNA N-glycosylase
#2: 化合物	ChemComp-D5M / 2'-DEOXYADENOSINE-5'-MONOPHOSPHATE / dAMP 分子量: 331.222 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₄N₅O₆P
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 332 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.07 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.59 %

結晶化

温度: 291 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 5.7
詳細: CaCl2, KCl, NaAC-HAC, pH 5.7, EVAPORATION, temperature 291.0K

結晶化

*PLUS

温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	詳細	化学式
1	40 mg/ml	protein	1	drop
2	100 mM		1	reservoir	pH5.7	NaOAc-HOAc
3	20 %		1	reservoir		KCl
4	100 mM		1	reservoir		CaCl2

-
データ収集

回折	平均測定温度: 110 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器	タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年12月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→50 Å / Num. all: 25659 / Num. obs: 24510 / % possible obs: 95.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.4 % / B_iso Wilson estimate: 11.5 Å² / R_merge(I) obs: 0.061 / Net I/σ(I): 9.2
反射シェル	解像度: 1.7→1.76 Å / 冗長度: 3.1 % / R_merge(I) obs: 0.236 / Num. unique all: 2392 / % possible all: 95.6
反射	PLUS 最低解像度*: 50 Å
反射シェル	PLUS % possible obs*: 95.6 %

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
AMoRE		位相決定
CNS	1	精密化

精密化

解像度: 1.7→50 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: CNS

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.234	1177	-
R_work	0.193	-	-
all	0.193	25659	-
obs	0.193	24510	95.5 %

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1922	0	22	332	2276

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.012
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	1.58

精密化

*PLUS

最低解像度: 30 Å

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

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関連情報:EMDBヘッダ

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