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- PDB-1giq: Crystal Structure of the Enzymatic Componet of Iota-Toxin from Cl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1giq
タイトルCrystal Structure of the Enzymatic Componet of Iota-Toxin from Clostridium Perfringens with NADH
要素IOTA TOXIN COMPONENT IA
キーワードTOXIN / enzymatic component
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleotide binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Binary exotoxin A, clostridial type / Toxin ADP-ribosyltransferase; Chain A, domain 1 / Toxin ADP-ribosyltransferase; Chain A, domain 1 / ADP ribosyltransferase / ADP-ribosyltransferase exoenzyme / Toxin-related mono-ADP-ribosyltransferase (TR mART) core domain profile. / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE / Iota toxin component Ia
類似検索 - 構成要素
生物種Clostridium perfringens (ウェルシュ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Tsuge, H. / Nagahama, M. / Nishimura, H. / Hisatsune, J. / Sakaguchi, Y. / Itogawa, Y. / Katunuma, N. / Sakurai, J.
引用ジャーナル: J.MOL.BIOL. / 年: 2003
タイトル: Crystal Structure and Site-directed Mutagenesis of Enzymatic Components from Clostridium perfringens Iota-toxin
著者: Tsuge, H. / Nagahama, M. / Nishimura, H. / Hisatsune, J. / Sakaguchi, Y. / Itogawa, Y. / Katunuma, N. / Sakurai, J.
履歴
登録2001年3月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02003年1月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32013年11月6日Group: Non-polymer description
改定 1.42017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.52023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: IOTA TOXIN COMPONENT IA
B: IOTA TOXIN COMPONENT IA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,6284
ポリマ－95,2972
非ポリマー1,3312
水5,152286
1
A: IOTA TOXIN COMPONENT IA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,3142
ポリマ－47,6491
非ポリマー6651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: IOTA TOXIN COMPONENT IA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,3142
ポリマ－47,6491
非ポリマー6651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)48.200, 54.440, 103.380
Angle α, β, γ (deg.)99.20, 93.10, 106.90
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質 IOTA TOXIN COMPONENT IA


分子量: 47648.516 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Clostridium perfringens (ウェルシュ菌)
参照: UniProt: Q46220
#2: 化合物 ChemComp-NAI / 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE / NADH


分子量: 665.441 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H29N7O14P2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 286 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.97 %
結晶化温度: 277 K / 詳細: PEG4000, NADH, temperature 277.0K
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
110 mg/mlprotein1drop
210 mMTris1droppH7.5
318 %PEG40001reservoir
416 mMNADH1reservoir
510 mMTris1reservoirpH7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 283 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-18B / 波長: 1
検出器タイプ: ADSC QUANTUM / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→15 Å / Num. all: 87691 / Num. obs: 87691 / % possible obs: 95.9 % / 冗長度: 1.97 % / Biso Wilson estimate: 20.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 6
反射 シェル解像度: 1.8→1.9 Å / Rmerge(I) obs: 0.256 / % possible all: 93.4
反射
*PLUS
最高解像度: 1.8 Å
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 93.4 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
MOSFLMデータ削減
CNS精密化
DPSデータ削減
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1GIR:THE ENZYMATIC COMPONENT IOTA-TOXIN WITH NADPH

1gir


解像度: 1.8→14.97 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 454280.27 / Data cutoff high rms absF: 462649.14 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25 8178 9.8 %RANDOM
Rwork0.224 ---
obs-83233 91 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 56.9806 Å2 / ksol: 0.382578 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 30.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.2 Å20.38 Å2-0.11 Å2
2--2.08 Å22.12 Å2
3----2.28 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.26 Å0.23 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.16 Å0.13 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→14.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6694 0 88 286 7068
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.7
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.81
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.581.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.542
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.42
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.622.5
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.91 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.283 1051 8.6 %
Rwork0.269 11160 -
obs--80.2 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2vip2nad.paramvip2nad.top
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.param
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.8 Å / 最低解像度: 20 Å
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg22.7
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.81

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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