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- PDB-1ghg: CRYSTAL STRUCTURE OF VANCOMYCIN AGLYCON -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ghg
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF VANCOMYCIN AGLYCON
要素VANCOMYCIN AGLYCON
キーワードANTIBIOTIC / GLYCOPEPTIDE / AGLYCON / VANCOMYCIN
機能・相同性VANCOMYCIN AGLYCON / ACETIC ACID / :
機能・相同性情報
生物種AMYCOLATOPSIS ORIENTALIS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 0.98 Å
データ登録者Kaplan, J. / Korty, B.D. / Axelsen, P.H. / Loll, P.J.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2001
タイトル: The Role of Sugar Residues in Molecular Recognition by Vancomycin
著者: Kaplan, J. / Korty, B.D. / Axelsen, P.H. / Loll, P.J.
履歴
登録2000年12月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年2月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年6月14日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32011年7月27日Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
改定 1.42012年12月12日Group: Other
改定 1.52017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 2.02023年12月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Polymer sequence
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity_poly / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: VANCOMYCIN AGLYCON
B: VANCOMYCIN AGLYCON
C: VANCOMYCIN AGLYCON
D: VANCOMYCIN AGLYCON
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,99610
ポリマ－4,6004
非ポリマー3966
水1,20767
1
A: VANCOMYCIN AGLYCON
B: VANCOMYCIN AGLYCON
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,4204
ポリマ－2,3002
非ポリマー1202
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
C: VANCOMYCIN AGLYCON
D: VANCOMYCIN AGLYCON
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,5766
ポリマ－2,3002
非ポリマー2764
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)29.480, 29.480, 74.270
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-2003-

HOH

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要素

#1: タンパク質・ペプチド
VANCOMYCIN AGLYCON


タイプ: Oligopeptide / クラス: 抗生剤 / 分子量: 1149.977 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
詳細: VANCOMYCIN AGLYCON IS THE NONSUGAR COMPONENT OF VANCOMYCIN, CONSISTING OF THE TRICYCLIC HEPTAPEPTIDE ONLY.
由来: (合成) AMYCOLATOPSIS ORIENTALIS (バクテリア) / 参照: NOR: NOR00681, VANCOMYCIN AGLYCON
#2: 化合物
ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸


分子量: 60.052 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2
#3: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 67 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細VANCOMYCIN IS A TRICYCLIC GLYCOPEPTIDE. THE SCAFFOLD IS A HEPTAPEPTIDE WITH THE CONFIGURATION D-D-L- ...VANCOMYCIN IS A TRICYCLIC GLYCOPEPTIDE. THE SCAFFOLD IS A HEPTAPEPTIDE WITH THE CONFIGURATION D-D-L-D-D-L-L. IT IS FURTHER GLYCOSYLATED BY A DISACCHARIDE MADE OF D-GLUCOSE AND VANCOSAMINE. HERE, VANCOMYCIN AGLYCON IS REPRESENTED BY SEQUENCE (SEQRES)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 29.87 %
結晶化pH: 6.9
詳細: 100 MM SODIUM CACODYLATE, 1.6 M SODIUM ACETATE, PH 6.9, VAPOR DIFFUSION/HANGING DROP, TEMPERATURE 277K
結晶化
*PLUS
pH: 6.5 / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
115 mg/mlprotein1drop
220 %(v/v)DMSO1drop
31.5 Msodium acetate1reservoir
4100 mMsodium cacodylate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12B / 波長: 0.978
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 1998年2月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射解像度: 0.98→8 Å / Num. obs: 16377 / % possible obs: 87.2 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 8.4 % / Rmerge(I) obs: 0.052 / Net I/σ(I): 29.8
反射 シェル解像度: 0.98→1.08 Å / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.238 / % possible all: 66.7

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解析

ソフトウェア
名称分類
SnB位相決定
SHELXL精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化解像度: 0.98→8 Å / σ(F): 4
立体化学のターゲット値: THE FOUR COPIES OF THE MOLECULE IN THE ASYMMETRIC UNIT WERE RESTRAINED TO HAVE SIMLAR 1,2- AND 1,3-DISTANCES. SP2 CENTERS AND RINGS WERE RESTRAINED TO PLANARITY.
詳細: CONJUGATE GRADIENT FOR MOST OF REFINEMENT, FOLLOWED BY BLOCKED LEAST SQUARES
Rfactor反射数%反射
Rfree0.15 1422 8.3 %
all0.15 17071 -
obs0.15 -90.9 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 0.98→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数320 0 24 67 411
ソフトウェア
*PLUS
名称: SHELXL / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 8 Å / % reflection Rfree: 8.3 % / Rfactor all: 0.15 / Rfactor Rfree: 0.15 / Rfactor Rwork: 0.15
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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