PDB-1gh9: SOLUTION STRUCTURE OF A 8.3 KDA PROTEIN (GENE MTH1184) FROM METHA...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1gh9

タイトル

SOLUTION STRUCTURE OF A 8.3 KDA PROTEIN (GENE MTH1184) FROM METHANOBACTERIUM THERMOAUTOTROPHICUM

要素

8.3 KDA PROTEIN (GENE MTH1184)

キーワード

STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / BETA+ALPHA COMPLEX STRUCTURE / PSI / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG

機能・相同性

Protein of unknown function DUF1922 / Hypothetical protein MTH1184 / Domain of unknown function (DUF1922) / Rubredoxin-like / Structural Genomics, Unknown Function 30-nov-00 1gh9 Mol_id / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta / Protein MTH_1184

機能・相同性情報

生物種

Methanothermobacter thermautotrophicus (古細菌)

手法

溶液NMR / simulated annealing

データ登録者

Kozlov, G. / Ekiel, I. / Gehring, K. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)

引用

ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2000
タイトル: Structural proteomics of an archaeon.
著者: Christendat, D. / Yee, A. / Dharamsi, A. / Kluger, Y. / Savchenko, A. / Cort, J.R. / Booth, V. / Mackereth, C.D. / Saridakis, V. / Ekiel, I. / Kozlov, G. / Maxwell, K.L. / Wu, N. / McIntosh, ...

履歴

登録	2000年11月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え	2000年12月11日	ID: 1DW7
改定 1.0	2000年12月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月26日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年2月23日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.4	2023年12月27日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1gh9.cif.gz	451.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1gh9.ent.gz	376.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1gh9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1gh9_validation.pdf.gz	342.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1gh9_full_validation.pdf.gz	478.6 KB	表示
XML形式データ	1gh9_validation.xml.gz	22.9 KB	表示
CIF形式データ	1gh9_validation.cif.gz	37.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gh/1gh9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gh/1gh9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1eijC 1ejeC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1bal-d 6anx-d 2yse-d 1lxn-2 2m2l-d 6vob-d 5wba-d 1lxn-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: TT13

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: 8.3 KDA PROTEIN (GENE MTH1184)

8.34 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 50	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1

#1: タンパク質	8.3 KDA PROTEIN (GENE MTH1184) 分子量: 8342.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Methanothermobacter thermautotrophicus (古細菌) 遺伝子: MTH1184 / プラスミド: PET15B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O27252

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	3D 13C-SEPARATED NOESY
1	2	1	3D 15N-SEPARATED NOESY
1	3	1	HNHA
1	4	1	2D NOESY

NMR実験の詳細

Text: THE STRUCTURE WAS DETERMINED USING BOTH TRIPLE- RESONANCE AND HOMONUCLEAR TECHNIQUES.

-
試料調製

詳細	内容: 1-2MM PROTEIN 15N,13C 50MM PHOSPHATE BUFFER; 0.15M NACL; 1MM DTT
試料状態	イオン強度: 0.15 / pH: 6.3 / 圧: AMBIENT / 温度: 305.00 K
結晶化	*PLUS 手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長	相対比: 1
NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker DRX / 製造業者: Bruker / モデル: DRX / 磁場強度: 500 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	分類
XwinNMR	2.1	構造決定
GIFA V.4	V.4	構造決定
XEASY	1.3.13	構造決定
CNS	0.5	構造決定
ARIA	0.1	構造決定
ARIA	0.1	精密化

精密化

手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: THE STRUCTURES ARE BASED ON A TOTAL OF 950 RESTRAINTS INCLUDING 317 INTRARESIDUAL, 217 SEQUENTIAL, 92 MEDIUM, AND 236 LONG-RANGE NOES, 62 DIHEDRAL PHI ANGLES, AND 26 HYDROGEN BONDS.

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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関連情報:EMDBヘッダ

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