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- PDB-1gg4: CRYSTAL STRUCTURE OF ESCHERICHIA COLI UDPMURNAC-TRIPEPTIDE D-ALAN... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1gg4
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF ESCHERICHIA COLI UDPMURNAC-TRIPEPTIDE D-ALANYL-D-ALANINE-ADDING ENZYME (MURF) AT 2.3 ANGSTROM RESOLUTION
要素UDP-N-ACETYLMURAMOYLALANYL-D-GLUTAMYL-2,6-DIAMINOPIMELATE-D-ALANYL-D-ALANYL LIGASE
キーワードLIGASE / alpha/beta sheet
機能・相同性
機能・相同性情報


UDP-N-acetylmuramoyl-tripeptide-D-alanyl-D-alanine ligase / UDP-N-acetylmuramoylalanyl-D-glutamyl-2,6-diaminopimelate-D-alanyl-D-alanine ligase activity / UDP-N-acetylmuramoyl-tripeptide-D-alanyl-D-alanine ligase activity / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / cell division / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / UDP-N-acetylmuramoyl-tripeptide--D-alanyl-D-alanine ligase / MurE/MurF, N-terminal / MurE/MurF, N-terminal domain / Mur ligase, N-terminal catalytic domain / Mur ligase family, catalytic domain / Udp-n-acetylmuramoylalanyl-d-glutamate--2,6- Diaminopimelate Ligase; Chain: A, domain 1 / Mur ligase, C-terminal domain / Mur-like, catalytic domain / Mur ligase, C-terminal ...: / UDP-N-acetylmuramoyl-tripeptide--D-alanyl-D-alanine ligase / MurE/MurF, N-terminal / MurE/MurF, N-terminal domain / Mur ligase, N-terminal catalytic domain / Mur ligase family, catalytic domain / Udp-n-acetylmuramoylalanyl-d-glutamate--2,6- Diaminopimelate Ligase; Chain: A, domain 1 / Mur ligase, C-terminal domain / Mur-like, catalytic domain / Mur ligase, C-terminal / Mur ligase, C-terminal domain superfamily / Mur ligase, glutamate ligase domain / Mur ligase, central / Mur-like, catalytic domain superfamily / Mur ligase middle domain / UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine:D-glutamate ligase / Protein-Tyrosine Phosphatase; Chain A / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
UDP-N-acetylmuramoyl-tripeptide--D-alanyl-D-alanine ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Yan, Y. / Munshi, S. / Chen, Z.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2000
タイトル: Crystal structure of Escherichia coli UDPMurNAc-tripeptide d-alanyl-d-alanine-adding enzyme (MurF) at 2.3 A resolution.
著者: Yan, Y. / Munshi, S. / Leiting, B. / Anderson, M.S. / Chrzas, J. / Chen, Z.
履歴
登録2000年7月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年12月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42021年7月21日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: refine / reflns ...refine / reflns / reflns_shell / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _refine.ls_percent_reflns_obs / _refine.pdbx_ls_cross_valid_method ..._refine.ls_percent_reflns_obs / _refine.pdbx_ls_cross_valid_method / _reflns.number_all / _reflns.percent_possible_obs / _reflns_shell.percent_possible_all / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52023年12月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.62024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UDP-N-ACETYLMURAMOYLALANYL-D-GLUTAMYL-2,6-DIAMINOPIMELATE-D-ALANYL-D-ALANYL LIGASE
B: UDP-N-ACETYLMURAMOYLALANYL-D-GLUTAMYL-2,6-DIAMINOPIMELATE-D-ALANYL-D-ALANYL LIGASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,8222
ポリマ－95,8222
非ポリマー00
水5,531307
1
A: UDP-N-ACETYLMURAMOYLALANYL-D-GLUTAMYL-2,6-DIAMINOPIMELATE-D-ALANYL-D-ALANYL LIGASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,9111
ポリマ－47,9111
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: UDP-N-ACETYLMURAMOYLALANYL-D-GLUTAMYL-2,6-DIAMINOPIMELATE-D-ALANYL-D-ALANYL LIGASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,9111
ポリマ－47,9111
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)74.2, 74.2, 429.3
Angle α, β, γ (deg.)90., 90., 120.
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

#1: タンパク質 UDP-N-ACETYLMURAMOYLALANYL-D-GLUTAMYL-2,6-DIAMINOPIMELATE-D-ALANYL-D-ALANYL LIGASE / D-ALANYL-D-ALANINE-ADDING ENZYME / UDP-MURNAC-PENTAPEPTIDE SYNTHETASE


分子量: 47910.930 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / プラスミド: PET30A(+) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P11880, EC: 6.3.2.15
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 307 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.44 %
結晶化温度: 278 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 9.4
詳細: PEG 8000, magnesium sulfate, glycerol, pH 9.4, EVAPORATION, temperature 278K
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / pH: 7.4 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
113 mg/mlprotein1drop
210 mMTris-HCl1drop
310 mMdithiothreitol1drop
416 %(w/v)PEG80001reservoir
50.1 Mbis-Tris1reservoir
60.12 M1reservoirMgSO4
710 %(w/v)glycerol1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 1999年8月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→8 Å / Num. obs: 46843 / % possible obs: 82 % / Rmerge(I) obs: 0.065
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / Rmerge(I) obs: 0.338 / Num. unique all: 3123 / % possible all: 54
反射
*PLUS
Num. obs: 47573 / % possible obs: 82 % / Num. measured all: 545211
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 54 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SOLVE位相決定
MLPHARE位相決定
X-PLOR3.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化解像度: 2.3→8 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / 詳細: XPLOR
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28 4709 -random
Rwork0.203 ---
obs-47573 82 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6484 0 0 307 6791
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d1.86
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Num. reflection obs: 46843 / Rfactor Rfree: 0.282
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.86

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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