+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1gfp | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | OMPF PORIN (MUTANT R42C) | ||||||
![]() | MATRIX PORIN OUTER MEMBRANE PROTEIN F | ||||||
![]() | ![]() ![]() ![]() | ||||||
機能・相同性 | ![]() colicin transmembrane transporter activity / monoatomic ion channel complex / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Lou, K.-L. / Schirmer, T. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural and functional characterization of OmpF porin mutants selected for larger pore size. I. Crystallographic analysis. 著者: Lou, K.L. / Saint, N. / Prilipov, A. / Rummel, G. / Benson, S.A. / Rosenbusch, J.P. / Schirmer, T. #1: ![]() タイトル: Crystal Structures Explain Functional Properties of Two E.Coli Porins 著者: Cowan, S.W. / Schirmer, T. / Rummel, G. / Steiert, M. / Ghosh, R. / Pauptit, R.A. / Jansonius, J.N. / Rosenbusch, J.P. #2: ![]() タイトル: Mutations that Alter the Pore Function of the Ompf Porin of Escherichia Coli K12 著者: Benson, S.A. / Occi, J.L. / Sampson, B.A. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 84 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 62.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||
単位格子 |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 37060.199 Da / 分子数: 1 / 変異: R42C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||
---|---|---|---|---|---|
#2: 化合物 | ChemComp-C8E / ( #3: 水 | ChemComp-HOH / | ![]() 非ポリマーの詳細 | THE HET RESIDUES 341 - 354 HAVE NOT BEEN IDENTIFIED UNAMBIGUOUSLY AND HAVE BEEN MODELED AS ...THE HET RESIDUES 341 - 354 HAVE NOT BEEN IDENTIFIED | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.32 % | |||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化![]() | *PLUS 手法: microdialysis | |||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
検出器 | タイプ: ENRAF-NONIUS FAST / 検出器: DIFFRACTOMETER / 日付: 1994年1月25日 |
---|---|
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | Num. obs: 9917 / % possible obs: 81 % / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.074 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.7 Å |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 解像度: 2.7→8 Å 詳細: THE MUTANT MODEL IS BASED ON THE WILD-TYPE MODEL, PDB ENTRY 2OMF. IN PARTICULAR, ALL WATER MOLECULES (EXCEPT IN THE VICINITY OF THE SITE OF MUTATION) AND THE DETERGENT FRAGMENTS HAVE BEEN ...詳細: THE MUTANT MODEL IS BASED ON THE WILD-TYPE MODEL, PDB ENTRY 2OMF. IN PARTICULAR, ALL WATER MOLECULES (EXCEPT IN THE VICINITY OF THE SITE OF MUTATION) AND THE DETERGENT FRAGMENTS HAVE BEEN TAKEN FROM THE WILD-TYPE MODEL 2OMF. ASN 27 COULD NOT BE MODELED DUE TO WEAK OR NONEXISTENT ELECTRON DENSITY AND IS INCLUDED IN THE MODEL IN AN ARBITRARY CONFORMATION (WITH OCCUPANCIES SET TO ZERO).
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 28.57 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.7→8 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |