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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ger | ||||||
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タイトル | THE STRUCTURE OF GLUTATHIONE REDUCTASE FROM ESCHERICHIA COLI AT 1.86 ANGSTROMS RESOLUTION: COMPARISON WITH THE ENZYME FROM HUMAN ERYTHROCYTES | ||||||
要素 | GLUTATHIONE REDUCTASE | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE(FLAVOENZYME) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 glutathione-disulfide reductase / glutathione-disulfide reductase (NADPH) activity / FAD binding / glutathione metabolic process / cell redox homeostasis / NADP binding / flavin adenine dinucleotide binding / cellular response to oxidative stress / membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 1.86 Å | ||||||
データ登録者 | Mittl, P.R.E. / Schulz, G.E. | ||||||
引用 | ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1994 タイトル: Structure of glutathione reductase from Escherichia coli at 1.86 A resolution: comparison with the enzyme from human erythrocytes. 著者: Mittl, P.R. / Schulz, G.E. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1ger.cif.gz | 197.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1ger.ent.gz | 155.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1ger.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1ger_validation.pdf.gz | 918 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1ger_full_validation.pdf.gz | 932.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1ger_validation.xml.gz | 40.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1ger_validation.cif.gz | 59.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ge/1ger ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ge/1ger | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Atom site foot note | 1: CIS PROLINE - PRO A 223 / 2: CIS PROLINE - PRO A 347 / 3: CIS PROLINE - PRO A 440 / 4: CIS PROLINE - PRO B 223 / 5: CIS PROLINE - PRO B 347 / 6: CIS PROLINE - PRO B 440 | ||||||||
非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.995653, 0.008657, -0.092742), ベクター: 詳細 | THERE IS A WHOLE DIMER IN THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT. THE SUBUNITS HAVE BEEN ASSIGNED CHAIN IDENTIFIERS A AND B. THE TRANSFORMATION PRESENTED ON *MTRIX* RECORDS BELOW WILL YIELD APPROXIMATE COORDINATES FOR CHAIN *A* WHEN APPLIED TO CHAIN *B*. | |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 48828.344 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P06715, EC: 1.6.4.2 #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.87 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶 | *PLUS 溶媒含有率: 54 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ / pH: 5.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
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放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.86 Å / 最低解像度: 9999 Å / Num. obs: 83086 / % possible obs: 95.1 % / Rmerge(I) obs: 0.091 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 78.3 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.86→7 Å / σ(F): 0 /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.86→7 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Num. reflection all: 82609 / Rfactor all: 0.168 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: x_angle_d / Dev ideal: 2.83 |