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- PDB-1gef: Crystal structure of the archaeal holliday junction resolvase HJC -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1gef
タイトルCrystal structure of the archaeal holliday junction resolvase HJC
要素HOLLIDAY JUNCTION RESOLVASE
キーワードHYDROLASE / Holliday junction resolvase / HJC
機能・相同性
機能・相同性情報


crossover junction endodeoxyribonuclease / Holliday junction resolvase complex / crossover junction DNA endonuclease activity / DNA recombination / DNA repair / magnesium ion binding / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Holliday junction resolvase Hjc / Holliday junction resolvase Hjc, archaeal / Archaeal holliday junction resolvase (hjc) / Trna Endonuclease; Chain: A, domain 1 - #10 / Trna Endonuclease; Chain: A, domain 1 / tRNA endonuclease-like domain superfamily / Restriction endonuclease type II-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Crossover junction endodeoxyribonuclease Hjc / Crossover junction endodeoxyribonuclease Hjc
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus furiosus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Nishino, T. / Komori, K. / Tsuchiya, D. / Ishino, Y. / Morikawa, K.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2001
タイトル: Crystal structure of the archaeal holliday junction resolvase Hjc and implications for DNA recognition.
著者: Nishino, T. / Komori, K. / Tsuchiya, D. / Ishino, Y. / Morikawa, K.
履歴
登録2000年11月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02001年3月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HOLLIDAY JUNCTION RESOLVASE
B: HOLLIDAY JUNCTION RESOLVASE
D: HOLLIDAY JUNCTION RESOLVASE
E: HOLLIDAY JUNCTION RESOLVASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,3626
ポリマ－55,1704
非ポリマー1922
水5,513306
1
A: HOLLIDAY JUNCTION RESOLVASE
E: HOLLIDAY JUNCTION RESOLVASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,6813
ポリマ－27,5852
非ポリマー961
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1870 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area12880 Å2
手法PISA
2
B: HOLLIDAY JUNCTION RESOLVASE
D: HOLLIDAY JUNCTION RESOLVASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,6813
ポリマ－27,5852
非ポリマー961
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1870 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area12500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)36.245, 119.056, 63.146
Angle α, β, γ (deg.)90, 90.66, 90
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
HOLLIDAY JUNCTION RESOLVASE


分子量: 13792.379 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 遺伝子: HJC / プラスミド: PET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q9V301, UniProt: E7FHX4*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 306 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.18 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7
詳細: PEG 4000, ammonium sulfate, EDTA, glycerol, Tris-HCl, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 297K
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / 手法: batch method
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
1100 mMTris-HCl11
21 mMEDTA11
327.5 %(w/v)PEG400011
450 mMammonium sulfate11
510 %glycerol11

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンSPring-8 BL24XU10.834
シンクロトロンSPring-8 BL40B221.0332, 0.980, 0.9793
検出器
タイプID検出器日付
RIGAKU RAXIS IV1IMAGE PLATE1999年5月23日
RIGAKU RAXIS IV2IMAGE PLATE1999年12月13日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1diamondSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2graphiteMADMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.8341
21.03321
30.981
40.97931
反射解像度: 2→20 Å / Num. all: 36087 / Num. obs: 29280 / % possible obs: 81.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.2 % / Biso Wilson estimate: 33 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.034 / Net I/σ(I): 20
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.149 / % possible all: 76.4
反射
*PLUS
% possible obs: 81.2 %
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 76.4 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SHARP位相決定
CNS0.9精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2→20 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.2598 1434 RANDOM
Rwork0.2243 --
all-36087 -
obs-29280 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3635 0 10 306 3951
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 0.9 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.26 / Rfactor Rwork: 0.22
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.21
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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