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- PDB-1gcv: DEOXY FORM HEMOGLOBIN FROM MUSTELUS GRISEUS -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1gcv
タイトルDEOXY FORM HEMOGLOBIN FROM MUSTELUS GRISEUS
要素(HEMOGLOBIN) x 2
キーワードOXYGEN STORAGE/TRANSPORT / Hemoglobin / DEOXY FORM / OXYGEN STORAGE-TRANSPORT COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


haptoglobin binding / haptoglobin-hemoglobin complex / organic acid binding / hemoglobin complex / hydrogen peroxide catabolic process / oxygen carrier activity / peroxidase activity / oxygen binding / blood microparticle / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Hemoglobin, alpha-type / Hemoglobin, beta-type / : / Globin/Protoglobin / Globins / Globin domain profile. / Globin-like / Globin / Globin / Globin-like superfamily ...Hemoglobin, alpha-type / Hemoglobin, beta-type / : / Globin/Protoglobin / Globins / Globin domain profile. / Globin-like / Globin / Globin / Globin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Hemoglobin subunit beta / Hemoglobin subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Mustelus griseus (シロザメ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2 Å
データ登録者Naoi, Y. / Chong, K.T. / Yoshimatsu, K. / Miyazaki, G. / Tame, J.R.H. / Park, S.Y. / Adachi, S.I. / Morimoto, H.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2001
タイトル: The functional similarity and structural diversity of human and cartilaginous fish hemoglobins.
著者: Naoi, Y. / Chong, K.T. / Yoshimatsu, K. / Miyazaki, G. / Tame, J.R. / Park, S.Y. / Adachi, S. / Morimoto, H.
履歴
登録2000年8月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02000年8月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HEMOGLOBIN
B: HEMOGLOBIN
C: HEMOGLOBIN
D: HEMOGLOBIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,0448
ポリマ－62,5784
非ポリマー2,4664
水2,666148
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10890 Å2
ΔGint-100 kcal/mol
Surface area23890 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.68, 90.55, 61.45
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.45, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 HEMOGLOBIN


分子量: 15319.614 Da / 分子数: 2 / 断片: ALPHA CHAIN / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mustelus griseus (シロザメ) / Cell: RED BLOOD CELL / 組織: BLOOD / 参照: UniProt: Q9YGW2
#2: タンパク質 HEMOGLOBIN


分子量: 15969.229 Da / 分子数: 2 / 断片: BETA CHAIN / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mustelus griseus (シロザメ) / Cell: RED BLOOD CELL / 組織: BLOOD / 参照: UniProt: Q9YGW1
#3: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 148 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.5 %
結晶化温度: 298 K / 手法: small tubes / pH: 6.5
詳細: ammonium sulfate, ammonium phosphate, hydro sulfide, pH 6.5, SMALL TUBES, temperature 298K
結晶化
*PLUS
手法: unknown
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
11.7 Mammonium sulfate11
2400 mMammonium phosphate11
32.1 %protein11

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44B2 / 波長: 0.6
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 1999年11月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.6 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→30 Å / Num. all: 181593 / Num. obs: 180156 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 27.17 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.044
反射 シェル解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.166 / % possible all: 98.1
反射
*PLUS
Num. obs: 41763 / Num. measured all: 181593

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR3.851精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 2→10 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.223 2078 RANDOM
Rwork0.181 --
all-41418 -
obs-39340 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4402 0 172 148 4722
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.146
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.008
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 10 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.181
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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