+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1gck | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | THERMUS THERMOPHILUS ASPARTATE AMINOTRANSFERASE DOUBLE MUTANT 1 COMPLEXED WITH ASPARTATE | ||||||
要素 | ASPARTATE AMINOTRANSFERASE | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / Aminotransferase / Dual-substrate enzyme / Pyridoxal enzyme | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 aspartate-prephenate aminotransferase / aspartate-prephenate aminotransferase activity / aspartate transaminase / L-aspartate:2-oxoglutarate aminotransferase activity / biosynthetic process / pyridoxal phosphate binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Thermus thermophilus (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2.5 Å | ||||||
データ登録者 | Ura, H. / Nakai, T. / Hirotsu, K. / Kuramitsu, S. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biochem. / 年: 2001 タイトル: Substrate recognition mechanism of thermophilic dual-substrate enzyme. 著者: Ura, H. / Nakai, T. / Kawaguchi, S.I. / Miyahara, I. / Hirotsu, K. / Kuramitsu, S. #1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1999 タイトル: Structure of Thermus thermophilus HB8 Aspartate Aminotransferase and its Complex with Maleate. 著者: Nakai, T. / Okada, K. / Akutsu, S. / Miyahara, I. / Kawaguchi, S. / Kato, R. / Kuramitsu, S. / Hirotsu, K. #2: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1998 タイトル: The novel Substrate Recognition Mechanism Utilized by Aspartate Aminotransferase of the Extreme Thermophile thermus thermophilus HB8. 著者: Nobe, Y. / Kawaguchi, S. / Ura, H. / Nakai, T. / Hirotsu, K. / Kato, R. / Kuramitsu, S. #3: ジャーナル: J.BIOCHEM.(TOKYO) / 年: 1996 タイトル: An Aspartate Aminotransferase from an Extremely Thermophilic Bacterium, Thermus thermophilus HB8. 著者: Okamoto, A. / Kato, R. / Masui, R. / Yamagishi, A. / Oshima, T. / Kuramitsu, S. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1gck.cif.gz | 157.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb1gck.ent.gz | 125 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1gck.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gc/1gck ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gc/1gck | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 42130.949 Da / 分子数: 2 / 変異: K101S, S261R / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア) 株: HB8 / プラスミド: PET3A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q56232, aspartate transaminase #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.14 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: PEG 6000, HEPES, sodium acetate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K |
---|---|
放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年8月25日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→50 Å / Num. all: 82422 / Num. obs: 24644 / % possible obs: 89.5 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 43.377 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 9.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 9.6 % / Rmerge(I) obs: 0.218 / % possible all: 88.7 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 82422 |
-解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 解像度: 2.5→8 Å / σ(F): 2 / σ(I): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
| |||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→8 Å
| |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS % reflection Rfree: 10 % | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: x_angle_deg / Dev ideal: 2 |