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- PDB-1gcb: GAL6, YEAST BLEOMYCIN HYDROLASE DNA-BINDING PROTEASE (THIOL) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1gcb
タイトルGAL6, YEAST BLEOMYCIN HYDROLASE DNA-BINDING PROTEASE (THIOL)
要素GAL6 HG (EMTS) DERIVATIVE
キーワードDNA BINDING PROTEIN / DNA-BINDING / PEPTIDASE / CYSTEINE PROTEASE / REGULATORY FACTOR / BLEOMYCIN HYDROLASE / RING PROTEIN / DNA-BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


bleomycin hydrolase / cysteine-type aminopeptidase activity / homocysteine catabolic process / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / aminopeptidase activity / cysteine-type peptidase activity / response to toxic substance / single-stranded DNA binding / double-stranded DNA binding / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding ...bleomycin hydrolase / cysteine-type aminopeptidase activity / homocysteine catabolic process / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / aminopeptidase activity / cysteine-type peptidase activity / response to toxic substance / single-stranded DNA binding / double-stranded DNA binding / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / cysteine-type endopeptidase activity / response to antibiotic / mRNA binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / proteolysis / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Peptidase C1B, bleomycin hydrolase / Peptidase C1-like family / Cysteine peptidase, histidine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases histidine active site. / Cysteine proteinases / Cysteine peptidase, cysteine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases cysteine active site. / Cathepsin B; Chain A / Papain-like cysteine peptidase superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Cysteine proteinase 1, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Joshua-Tor, L. / Xu, H.E. / Johnston, S.A. / Rees, D.C.
引用
ジャーナル: Science / 年: 1995
タイトル: Crystal structure of a conserved protease that binds DNA: the bleomycin hydrolase, Gal6.
著者: Joshua-Tor, L. / Xu, H.E. / Johnston, S.A. / Rees, D.C.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1994
タイトル: Yeast Bleomycin Hydrolase is a DNA-Binding Cysteine Protease: Identification, Purification, Biochemical Characterization
著者: Xu, H.E. / Johnston, S.A.
履歴
登録1995年7月18日処理サイト: BNL
改定 1.01995年10月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_keywords / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_keywords.text / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 700SHEET IN THE SHEET RECORDS BELOW STRAND 7 OF SHEET B IS REPEATED IN SHEET C BECAUSE IT TAKES PART ...SHEET IN THE SHEET RECORDS BELOW STRAND 7 OF SHEET B IS REPEATED IN SHEET C BECAUSE IT TAKES PART IN BOTH SHEETS.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GAL6 HG (EMTS) DERIVATIVE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,3359
ポリマ－52,1521
非ポリマー1,1838
水4,288238
1
A: GAL6 HG (EMTS) DERIVATIVE
ヘテロ分子
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)320,01054
ポリマ－312,9146
非ポリマー7,09648
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
crystal symmetry operation10_665-y+1,-x+1,-z+1/21
crystal symmetry operation11_655-x+y+1,y,-z+1/21
crystal symmetry operation12_555x,x-y,-z+1/21
Buried area42180 Å2
ΔGint-742 kcal/mol
Surface area95990 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)151.150, 151.150, 89.880
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number182
Space group name H-MP6322
Atom site foot note1: CIS PROLINE - PRO 63 / 2: CIS PROLINE - PRO 328
詳細SYMMETRY THE CRYSTALLOGRAPHIC SYMMETRY TRANSFORMATIONS PRESENTED BELOW GENERATE THE SUBUNITS OF THE POLYMERIC MOLECULE. APPLIED TO RESIDUES: 2 .. 453 IDENTITY MATRIX SYMMETRY1 1 1.000000 0.000000 0.000000 0.00000 SYMMETRY2 1 0.000000 1.000000 0.000000 0.00000 SYMMETRY3 1 0.000000 0.000000 1.000000 0.00000 SYMMETRY1 2 1.000000 0.000000 0.000000 0.00000 SYMMETRY2 2 0.000000 1.000000 0.000000 0.00000 SYMMETRY3 2 0.000000 0.000000 1.000000 0.00000 APPLIED TO RESIDUES: 2 .. 453 MONOMER 2 OF HEXAMER SYMMETRY1 3 0.000000 -1.000000 0.000000 1.00000 SYMMETRY2 3 1.000000 -1.000000 0.000000 0.00000 SYMMETRY3 3 0.000000 0.000000 1.000000 0.00000 SYMMETRY1 4 -0.500000 -0.866000 0.000000 151.15000 SYMMETRY2 4 0.866000 -0.500000 0.000000 0.00000 SYMMETRY3 4 0.000000 0.000000 1.000000 0.00000 APPLIED TO RESIDUES: 2 .. 453 MONOMER 3 OF HEXAMER SYMMETRY1 5 -1.000000 1.000000 0.000000 1.00000 SYMMETRY2 5 -1.000000 0.000000 0.000000 1.00000 SYMMETRY3 5 0.000000 0.000000 1.000000 0.00000 SYMMETRY1 6 -0.500000 0.866000 0.000000 75.58000 SYMMETRY2 6 -0.866000 -0.500000 0.000000 130.90000 SYMMETRY3 6 0.000000 0.000000 1.000000 0.00000 APPLIED TO RESIDUES: 2 .. 453 MONOMER 4 OF HEXAMER SYMMETRY1 7 0.000000 -1.000000 0.000000 1.00000 SYMMETRY2 7 -1.000000 0.000000 0.000000 1.00000 SYMMETRY3 7 0.000000 0.000000 -1.000000 0.50000 SYMMETRY1 8 0.500000 -0.866000 0.000000 75.58000 SYMMETRY2 8 -0.866000 -0.500000 0.000000 130.90000 SYMMETRY3 8 0.000000 0.000000 -1.000000 44.94000 APPLIED TO RESIDUES: 2 .. 453 MONOMER 5 OF HEXAMER (DIMER PARTNER OF MONOMER 1) SYMMETRY1 9 1.000000 0.000000 0.000000 0.00000 SYMMETRY2 9 1.000000 -1.000000 0.000000 0.00000 SYMMETRY3 9 0.000000 0.000000 -1.000000 0.50000 SYMMETRY1 10 0.500000 0.866000 0.000000 0.00000 SYMMETRY2 10 0.866000 -0.500000 0.000000 0.00000 SYMMETRY3 10 0.000000 0.000000 -1.000000 44.94000 APPLIED TO RESIDUES: 2 .. 453 MONOMER 6 OF HEXAMER SYMMETRY1 11 -1.000000 1.000000 0.000000 1.00000 SYMMETRY2 11 0.000000 1.000000 0.000000 0.00000 SYMMETRY3 11 0.000000 0.000000 -1.000000 0.50000 SYMMETRY1 12 -1.000000 0.000000 0.000000 151.15000 SYMMETRY2 12 0.000000 1.000000 0.000000 0.00000 SYMMETRY3 12 0.000000 0.000000 -1.000000 44.94000

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要素

#1: タンパク質 GAL6 HG (EMTS) DERIVATIVE


分子量: 52152.398 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: SC277 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q01532
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-HG / MERCURY (II) ION


分子量: 200.590 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Hg
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 238 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.7 %
結晶化
*PLUS
温度: 22 ℃ / pH: 8.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
136 mg/mlprotein1drop
225 mMTris-HCl1drop
310 %glycerol1drop
421 %PEG40001reservoir
50.3 Mammonium sulfate1reservoir
62 mMDTT1reservoir
7100 mMTris-HCl1reservoir

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データ収集

回折
IDCrystal-ID
11
21
放射光源
由来サイトビームラインID波長
シンクロトロンSSRL BL7-111.08
21.54
検出器
タイプID検出器
MARRESEARCH1IMAGE PLATE
RIGAKU RAXIS II2IMAGE PLATE
放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.081
21.541
反射解像度: 2.2→20 Å / Num. obs: 31451 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.074
反射
*PLUS
最高解像度: 2.2 Å / Num. measured all: 202481 / Rmerge(I) obs: 0.074

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
MSCデータ削減
CCP4データ削減
X-PLOR3.1位相決定
精密化解像度: 2.2→10 Å / σ(F): 0
詳細: FOR RESIDUE LEU 452 THE ELECTRON DENSITY IS LARGER THAN EXPECTED.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.274 -10 %
Rwork0.209 --
obs0.209 30018 -
原子変位パラメータBiso mean: 23.6 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3653 0 25 238 3916
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.38
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d21.7
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.18
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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