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- PDB-1gc9: THE CRYSTAL STRUCTURE OF THERMUS THERMOPHILUS 3-ISOPROPYLMALATE D... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1gc9
タイトルTHE CRYSTAL STRUCTURE OF THERMUS THERMOPHILUS 3-ISOPROPYLMALATE DEHYDROGENASE MUTATED AT 172TH FROM ALA TO GLY
要素3-ISOPROPYLMALATE DEHYDROGENASE
キーワードOXIDOREDUCTASE / IPMDH / IMDH / Thermostability / dehydrogenation / decarboxylation
機能・相同性
機能・相同性情報


3-isopropylmalate dehydrogenase / 3-isopropylmalate dehydrogenase activity / L-leucine biosynthetic process / NAD binding / magnesium ion binding / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Isopropylmalate dehydrogenase / Isopropylmalate Dehydrogenase / Isopropylmalate Dehydrogenase / Isocitrate/isopropylmalate dehydrogenase, conserved site / Isocitrate and isopropylmalate dehydrogenases signature. / Isopropylmalate dehydrogenase-like domain / Isocitrate/isopropylmalate dehydrogenase / Isocitrate/isopropylmalate dehydrogenase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3-isopropylmalate dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Qu, C. / Akanuma, S. / Tanaka, N. / Moriyama, H. / Oshima, T.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2001
タイトル: Design, X-ray crystallography, molecular modelling and thermal stability studies of mutant enzymes at site 172 of 3-isopropylmalate dehydrogenase from Thermus thermophilus.
著者: Qu, C. / Akanuma, S. / Tanaka, N. / Moriyama, H. / Oshima, T.
履歴
登録2000年7月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02000年9月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42021年11月10日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52023年12月27日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3-ISOPROPYLMALATE DEHYDROGENASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,8111
ポリマ－36,8111
非ポリマー00
水99155
1
A: 3-ISOPROPYLMALATE DEHYDROGENASE

A: 3-ISOPROPYLMALATE DEHYDROGENASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,6222
ポリマ－73,6222
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_556y,x,-z+11
Buried area4200 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area25130 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)78.610, 78.610, 158.060
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
詳細The biological assembly is a dimer constructed by chain A and a symetry partner generated by the two-fold axis.

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要素

#1: タンパク質 3-ISOPROPYLMALATE DEHYDROGENASE


分子量: 36811.133 Da / 分子数: 1 / 変異: A172G / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア)
株: HB8 / 遺伝子: LEUB / プラスミド: JA221 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5SIY4, 3-isopropylmalate dehydrogenase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 55 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.86 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.6
詳細: Ammonuim sulfate, potassium phosphate, pH 7.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Sakurai, M., (1992) J.Biochem., 112, 173. / PH range low: 8.5 / PH range high: 6
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
110 mg/mlprotein1drop
220 mMpotassium phosphate1droppH7.6
31.0-2.0 Mammonium sulfate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年5月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→100 Å / Num. obs: 16105 / % possible obs: 88.5 % / Observed criterion σ(F): 2 / Biso Wilson estimate: 31.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.064
反射
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.0638

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLORモデル構築
CNS1精密化
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 2.3→6 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 2474507.12 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.221 1600 9.9 %RANDOM
Rwork0.173 ---
obs0.173 16105 88.5 %-
原子変位パラメータBiso mean: 28.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.3 Å0.24 Å
Luzzati d res low-6 Å
Luzzati sigma a0.38 Å0.34 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2594 0 0 55 2649
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.4
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.34
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it2.541.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it3.762
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it22.272
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it19.212.5
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.44 Å / Rfactor Rfree error: 0.023 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.297 174 10.6 %
Rwork0.253 1474 -
obs--41.4 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.PARAM
X-RAY DIFFRACTION4PROTEIN.LINK
X-RAY DIFFRACTION5WATER_REP.PARAM
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
σ(F): 2 / % reflection Rfree: 9.9 % / 最高解像度: 2.3 Å / 最低解像度: 6 Å / Rfactor obs: 0.173 / Rfactor Rfree: 0.221 / Rfactor Rwork: 0.179
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 28.9 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.387
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg23.4
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.34
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it2.541.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it22.272
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it3.762
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it19.212.5
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.297 / % reflection Rfree: 10.6 % / Rfactor Rwork: 0.253

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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