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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1gc5 | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF A NOVEL ADP-DEPENDENT GLUCOKINASE FROM THERMOCOCCUS LITORALIS | ||||||
要素 | ADP-DEPENDENT GLUCOKINASE | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / ALFA/BETA SANDWICHS / INDUCED-FITTING | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ADP-specific glucose/glucosamine kinase / ADP-specific glucokinase activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; キナーゼ(アルコールにつなげるもの) / glucokinase activity / glycolytic process / glucose metabolic process / magnesium ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Thermococcus litoralis (古細菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.3 Å | ||||||
データ登録者 | Ito, S. / Fushinobu, S. / Yoshioka, I. / Koga, S. / Matsuzawa, H. / Wakagi, T. | ||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2001 タイトル: Structural Basis for the ADP-Specificity of a Novel Glucokinase from a Hyperthermophilic Archaeon 著者: Ito, S. / Fushinobu, S. / Yoshioka, I. / Koga, S. / Matsuzawa, H. / Wakagi, T. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1gc5.cif.gz | 106.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1gc5.ent.gz | 82 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1gc5.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gc/1gc5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gc/1gc5 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | The biological assembly is monomer. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 53618.086 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thermococcus litoralis (古細菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q7M537, ADP-specific glucose/glucosamine kinase |
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#2: 化合物 | ChemComp-ADP / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.79 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.8 詳細: potassium chloride, citrate, pH 4.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 25 ℃ | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 286 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-6A / 波長: 1 |
検出器 | タイプ: WEISSENBERG / 検出器: DIFFRACTOMETER / 日付: 1999年1月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→50 Å / Num. all: 167633 / Num. obs: 46477 / % possible obs: 77 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 33.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.043 / Net I/σ(I): 18.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.28 Å / Rmerge(I) obs: 0.177 / % possible all: 45.8 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 50 Å / % possible obs: 77 % / Num. measured all: 167633 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.3→6 Å / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→6 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement | ||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.3 Å / 最低解像度: 6 Å / σ(F): 2 / Rfactor obs: 0.204 | ||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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