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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1gc4 | ||||||
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タイトル | THERMUS THERMOPHILUS ASPARTATE AMINOTRANSFERASE TETRA MUTANT 2 COMPLEXED WITH ASPARTATE | ||||||
![]() | ASPARTATE AMINOTRANSFERASE | ||||||
![]() | TRANSFERASE / Aminotransferase / Dual-substrate enzyme / Pyridoxal enzyme | ||||||
機能・相同性 | ![]() aspartate-prephenate aminotransferase / aspartate-prephenate aminotransferase activity / aspartate transaminase / L-aspartate:2-oxoglutarate aminotransferase activity / biosynthetic process / pyridoxal phosphate binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Ura, H. / Nakai, T. / Hirotsu, K. / Kuramitsu, S. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Substrate recognition mechanism of thermophilic dual-substrate enzyme. 著者: Ura, H. / Nakai, T. / Kawaguchi, S.I. / Miyahara, I. / Hirotsu, K. / Kuramitsu, S. #1: ![]() タイトル: Structure of Thermus thermuophilus HB8 Aspartate Aminotransferase and its Complex with Maleate 著者: Nakai, T. / Okada, K. / Akutsu, S. / Miyahara, I. / Kawaguchi, S. / Kato, R. / Kuramitsu, S. / Hirotsu, K. #2: ![]() タイトル: The Novel Substrate Recognition Mechanism Utilized by Aspartate Aminotransferse of the Extreme Thermophile Thermus thermophilus HB8 著者: NOBE, Y. / Kawaguchi, S. / Ura, H. / Nakai, T. / Hirotsu, K. / Kato, R. / Kuramitsu, S. #3: ![]() タイトル: An Aspartate Aminotransferase from an Extremely Thermophilic Bacterium, Thermus thermophilus HB8 著者: Okamoto, A. / Kato, R. / Masui, R. / Yamagishi, A. / Oshima, T. / Kuramitsu, S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 297.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 240.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 505.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 578.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 61.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 81.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 42156.984 Da / 分子数: 4 / 変異: S14D, T16V, K101S, S261R / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: HB8 / プラスミド: PET3A / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-ASP / #3: 化合物 | ChemComp-PLP / |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.25 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: PEG 6000, HEPES, sodium acetate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年6月28日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.3→50 Å / Num. all: 32693 / Num. obs: 22781 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 1.6 % / Biso Wilson estimate: 45.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.099 / Net I/σ(I): 3.9 |
反射 シェル | 解像度: 3.3→3.42 Å / 冗長度: 9.6 % / Rmerge(I) obs: 0.153 / Num. unique all: 2195 / % possible all: 94.7 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 50 Å / Num. measured all: 274027 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 3.3→8 Å / σ(F): 2 / σ(I): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.3→8 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | |||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 3.3 Å / 最低解像度: 8 Å / σ(F): 2 / Rfactor obs: 0.217 | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |