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- PDB-1gc2: CRYSTAL STRUCTURE OF THE PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE DEPENDENT L-METHI... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1gc2
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE DEPENDENT L-METHIONINE GAMMA-LYASE FROM PSEUDOMONAS PUTIDA
要素METHIONINE GAMMA-LYASE
キーワードLYASE / Pyridoxal-5'-phosphate
機能・相同性
機能・相同性情報


homocysteine desulfhydrase / homocysteine desulfhydrase activity / methionine gamma-lyase / methionine gamma-lyase activity / transsulfuration / pyridoxal phosphate binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
L-methionine gamma-lyase / Cys/Met metabolism enzymes pyridoxal-phosphate attachment site. / Cys/Met metabolism, pyridoxal phosphate-dependent enzyme / Cys/Met metabolism PLP-dependent enzyme / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain ...L-methionine gamma-lyase / Cys/Met metabolism enzymes pyridoxal-phosphate attachment site. / Cys/Met metabolism, pyridoxal phosphate-dependent enzyme / Cys/Met metabolism PLP-dependent enzyme / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
L-methionine gamma-lyase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas putida (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2 Å
データ登録者Motoshima, H. / Inagaki, K. / Kumasaka, T. / Furuichi, M. / Inoue, H. / Tamura, T. / Esaki, N. / Soda, K. / Tanaka, N. / Yamamoto, M. / Tanaka, H.
引用
ジャーナル: J.Biochem. / 年: 2000
タイトル: Crystal structure of the pyridoxal 5'-phosphate dependent L-methionine gamma-lyase from Pseudomonas putida.
著者: Motoshima, H. / Inagaki, K. / Kumasaka, T. / Furuichi, M. / Inoue, H. / Tamura, T. / Esaki, N. / Soda, K. / Tanaka, N. / Yamamoto, M. / Tanaka, H.
#1: ジャーナル: J.BIOCHEM.(TOKYO) / 年: 1995
タイトル: Structural analysis of the L-methionine gamma-lyase gene from Pseudomonas putida.
著者: Inoue, H. / Inagaki, K. / Sugimoto, M. / Esaki, N. / Soda, K. / Tanaka, H.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1996
タイトル: Crystal structure of the pyridoxal-5'-phosphate dependent cystathionine beta-lyase from Escherichia coli at 1.83 A.
著者: Clausen, T. / Huber, R. / Laber, B. / Pohlenz, H.D. / Messerschmidt, A.
#3: ジャーナル: Embo J. / 年: 1998
タイトル: Crystal structure of Escherichia coli cystathionine gamma-synthase at 1.5 A resolution.
著者: Clausen, T. / Huber, R. / Prade, L. / Wahl, M.C. / Messerschmidt, A.
履歴
登録2000年7月6日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02002年5月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年11月6日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / struct_conn
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: METHIONINE GAMMA-LYASE
B: METHIONINE GAMMA-LYASE
C: METHIONINE GAMMA-LYASE
D: METHIONINE GAMMA-LYASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)171,6074
ポリマ－171,6074
非ポリマー00
水21,4201189
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16280 Å2
ΔGint-88 kcal/mol
Surface area46060 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)133.576, 133.576, 213.675
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質
METHIONINE GAMMA-LYASE


分子量: 42901.734 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pseudomonas putida (バクテリア) / 参照: UniProt: P13254, methionine gamma-lyase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1189 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.69 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
pH: 7.2
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
115 %PEG60001reservoir
2250 mM1reservoirNaCl
3200 mMMES-NaOH1reservoirpH6.5
40.5 mMPLP1reservoir
50.5 %2-mercaptoethanol1drop
610-20 mg/mlprotein1drop
720 mMsodium phosphate1droppH7.2
80.5 mMPLP1drop
90.5 %2-mercaptoethanol1drop

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
31001
放射光源
由来サイトビームラインID波長
シンクロトロンSPring-8 BL45XU11.0025
シンクロトロンSPring-8 BL45XU20.9485
シンクロトロンSPring-8 BL45XU30.9503
検出器
タイプID検出器
RIGAKU RAXIS IV++1IMAGE PLATE
RIGAKU RAXIS IV++2IMAGE PLATE
RIGAKU RAXIS IV++3IMAGE PLATE
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.00251
20.94851
30.95031
反射最高解像度: 1.7 Å / Num. all: 1016993 / Num. obs: 130168 / % possible obs: 99.7 % / Biso Wilson estimate: 19.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.079 / Net I/σ(I): 7.9
反射
*PLUS
最高解像度: 2 Å / Num. measured all: 1016993 / Rmerge(I) obs: 0.079

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SOLVE位相決定
CNS0.9精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化解像度: 2→83.43 Å / Rfactor Rfree error: 0.002 / Data cutoff high absF: 320661.45 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.243 12353 10 %RANDOM
Rwork0.211 ---
obs0.211 123918 94.9 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 65.34 Å2 / ksol: 0.371 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 37.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.75 Å20 Å20 Å2
2---4.75 Å20 Å2
3---9.51 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.29 Å0.24 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.24 Å0.21 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→83.43 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11255 0 0 1189 12444
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.6
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.72
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2→2.13 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.297 1969 10.1 %
Rwork0.268 17431 -
obs--90.4 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAWATER.TOP
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.211 / Rfactor Rfree: 0.243 / Rfactor Rwork: 0.211
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.26
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg22.544
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.713
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.297 / Rfactor Rwork: 0.268 / Rfactor obs: 0.268

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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