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万見
- PDB-1gaj: CRYSTAL STRUCTURE OF A NUCLEOTIDE-FREE ATP-BINDING CASSETTE FROM ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1gaj
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF A NUCLEOTIDE-FREE ATP-BINDING CASSETTE FROM AN ABC TRANSPORTER
要素HIGH-AFFINITY BRANCHED CHAIN AMINO ACID TRANSPORT ATP-BINDING PROTEIN
キーワードTRANSPORT PROTEIN / ABC transporter / active transport / ATPase / nucleotide-binding domain
機能・相同性
機能・相同性情報


amino acid transport / ATP hydrolysis activity / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Rossmann fold ...: / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TERTIARY-BUTYL ALCOHOL / : / Probable branched-chain amino acid transport ATP-binding protein LivG
類似検索 - 構成要素
生物種Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Karpowich, N. / Yuan, Y.-R. / Dai, P.L. / Martsinkevich, O. / Millen, L. / Thomas, P.J. / Hunt, J.F.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2001
タイトル: Crystal structures of the MJ1267 ATP binding cassette reveal an induced-fit effect at the ATPase active site of an ABC transporter.
著者: Karpowich, N. / Martsinkevich, O. / Millen, L. / Yuan, Y.R. / Dai, P.L. / MacVey, K. / Thomas, P.J. / Hunt, J.F.
履歴
登録2000年11月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年7月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HIGH-AFFINITY BRANCHED CHAIN AMINO ACID TRANSPORT ATP-BINDING PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,6309
ポリマ－29,0291
非ポリマー6028
水2,396133
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: HIGH-AFFINITY BRANCHED CHAIN AMINO ACID TRANSPORT ATP-BINDING PROTEIN
ヘテロ分子
x 24


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)711,126216
ポリマ－696,68924
非ポリマー14,438192
水43224
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_557-x,y,-z+21
crystal symmetry operation4_557x,-y,-z+21
crystal symmetry operation5_456z-1,x,y+11
crystal symmetry operation6_456z-1,-x,-y+11
crystal symmetry operation7_656-z+1,-x,y+11
crystal symmetry operation8_656-z+1,x,-y+11
crystal symmetry operation9_546y,z-1,x+11
crystal symmetry operation10_546-y,z-1,-x+11
crystal symmetry operation11_566y,-z+1,-x+11
crystal symmetry operation12_566-y,-z+1,x+11
crystal symmetry operation13_557y,x,-z+21
crystal symmetry operation14_557-y,-x,-z+21
crystal symmetry operation15_555y,-x,z1
crystal symmetry operation16_555-y,x,z1
crystal symmetry operation17_546x,z-1,-y+11
crystal symmetry operation18_546-x,z-1,y+11
crystal symmetry operation19_566-x,-z+1,-y+11
crystal symmetry operation20_566x,-z+1,y+11
crystal symmetry operation21_456z-1,y,-x+11
crystal symmetry operation22_456z-1,-y,x+11
crystal symmetry operation23_656-z+1,y,x+11
crystal symmetry operation24_656-z+1,-y,-x+11
Buried area93120 Å2
ΔGint-710 kcal/mol
Surface area222430 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)137.52, 137.52, 137.52
Angle α, β, γ (deg.)90.0, 90.0, 90.0
Int Tables number207
Space group name H-MP432
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-700-

CL

21A-532-

HOH

31A-533-

HOH

詳細The biological assembly is a monomer

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 HIGH-AFFINITY BRANCHED CHAIN AMINO ACID TRANSPORT ATP-BINDING PROTEIN / BRAF


分子量: 29028.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
プラスミド: PET28B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)RIL+ / 参照: GenBank: 1591902, UniProt: Q58663*PLUS

-
非ポリマー , 5種, 141分子

#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-TBU / TERTIARY-BUTYL ALCOHOL / 2-METHYL-2-PROPANOL / tert-ブタノ-ル


分子量: 74.122 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O
#5: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 133 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.04 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: HEPES-Cl, (NH4)2SO4, PEG 400, T-butanol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K
結晶化
*PLUS
温度: 21 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
115 mg/mlprotein1drop
22 mMdithiothreitol1drop
31.2 Mammonium sulfate1reservoir
44 %(v/v)t-butanol1reservoir
51.8 %(v/v)PEG4001reservoir
690 mMHEPES-Cl1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 130 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12B / 波長: 1.06884 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年6月10日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.06884 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→40 Å / Num. all: 15956 / Num. obs: 13129 / % possible obs: 82.3 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 39.9 % / Biso Wilson estimate: 54.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 44.16
反射 シェル解像度: 2.5→2.61 Å / 冗長度: 19 % / Rmerge(I) obs: 0.43 / % possible all: 69
反射
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.09

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
X-PLOR3.851精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.5→100 Å / σ(F): 1 / σ(I): 1 / 立体化学のターゲット値: X-PLOR 3.851
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.243 673 -RANDOM
Rwork0.205 ---
obs0.205 13564 82.3 %-
all-15596 --
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→100 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2007 0 31 133 2171
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.66

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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