+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ga7 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF THE ADP-RIBOSE PYROPHOSPHATASE IN COMPLEX WITH GD+3 | ||||||
要素 | HYPOTHETICAL 23.7 KDA PROTEIN IN ICC-TOLC INTERGENIC REGION | ||||||
キーワード | HYDROLASE / Nudix hydrolase / Gd binding / Mg binding | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 pyrophosphatase activity / ADP-ribose diphosphatase / ADP-ribose diphosphatase activity / ADP-sugar diphosphatase activity / nucleoside phosphate metabolic process / ribose phosphate metabolic process / response to heat / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / フーリエ合成 / 解像度: 2.71 Å | ||||||
データ登録者 | Gabelli, S.B. / Bianchet, M.A. / Bessman, M.J. / Amzel, L.M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2001 タイトル: The structure of ADP-ribose pyrophosphatase reveals the structural basis for the versatility of the Nudix family. 著者: Gabelli, S.B. / Bianchet, M.A. / Bessman, M.J. / Amzel, L.M. #1: ジャーナル: Thesis / 年: 2000 タイトル: The Versatility of the Nudix Hydrolases as Revealed by the ADP-ribose Pyrophosphatase 著者: Gabelli, S.B. / Bianchet, M.A. / Bessman, M.J. / Amzel, L.M. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1ga7.cif.gz | 92.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb1ga7.ent.gz | 71.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1ga7.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ga/1ga7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ga/1ga7 | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23695.779 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: ORF209 / プラスミド: PET15B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q93K97, ADP-ribose diphosphatase #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.66 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8 詳細: peg 1000, peg 8000, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 18 ℃ / pH: 7.5 詳細: drop contains protein and reservoir solution in a 2:1 ratio | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 200 K |
---|---|
放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年12月12日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE Example 2: YALE MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.7→20 Å / Num. obs: 163442 / % possible obs: 95 % / Biso Wilson estimate: 47.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.145 / Rsym value: 0.145 |
反射 シェル | 解像度: 2.7→2.8 Å / Rmerge(I) obs: 0.241 / Rsym value: 24.1 / % possible all: 92.6 |
反射 | *PLUS Num. obs: 11847 / Num. measured all: 163442 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 92.6 % |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 2.71→19.88 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 244844.34 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 47.12 Å2 / ksol: 0.332 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 29.1 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.71→19.88 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.7→2.87 Å / Rfactor Rfree error: 0.024 / Total num. of bins used: 6
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Xplor file |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 0.9 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
|