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万見
- PDB-1ga4: CRYSTAL STRUCTURE ANALYSIS OF PSCP (PSEUDOMONAS SERINE-CARBOXYL P... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ga4
タイトルCRYSTAL STRUCTURE ANALYSIS OF PSCP (PSEUDOMONAS SERINE-CARBOXYL PROTEINASE) COMPLEXED WITH INHIBITOR PSEUDOIODOTYROSTATIN (THIS ENZYME RENAMED "SEDOLISIN" IN 2003)
要素
  • PSEUDOIODOTYROSTATIN
  • SERINE-CARBOXYL PROTEINASE
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / SERINE-CARBOXYL PROTEINASE / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


sedolisin / tripeptidyl-peptidase activity / periplasmic space / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Peptidase S53, activation domain / Sedolisin domain / Pro-kumamolisin, activation domain / Sedolisin domain profile. / Pro-kumamolisin, activation domain / Peptidase S8/S53 domain / Peptidase S8, subtilisin, Ser-active site / Peptidase S8/S53 domain superfamily / Subtilase family ...: / Peptidase S53, activation domain / Sedolisin domain / Pro-kumamolisin, activation domain / Sedolisin domain profile. / Pro-kumamolisin, activation domain / Peptidase S8/S53 domain / Peptidase S8, subtilisin, Ser-active site / Peptidase S8/S53 domain superfamily / Subtilase family / Peptidase S8/S53 domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PSEUDO-IODOTYROSTATIN / Pseudomonalisin
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas sp. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / ISOMORPHOUS WITH 1GA1 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Wlodawer, A. / Li, M. / Dauter, Z. / Gustchina, A. / Uchida, K.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2001
タイトル: Carboxyl proteinase from Pseudomonas defines a novel family of subtilisin-like enzymes.
著者: Wlodawer, A. / Li, M. / Dauter, Z. / Gustchina, A. / Uchida, K. / Oyama, H. / Dunn, B.M. / Oda, K.
履歴
登録2000年11月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年12月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary / Version format compliance
改定 1.32012年12月12日Group: Other
改定 1.42017年10月4日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
改定 1.52023年8月9日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SERINE-CARBOXYL PROTEINASE
I: PSEUDOIODOTYROSTATIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,1014
ポリマ－38,9692
非ポリマー1322
水8,107450
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1400 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area12580 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)97.630, 97.630, 83.300
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number171
Space group name H-MP62
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-472-

HOH

21A-596-

HOH

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要素

#1: タンパク質 SERINE-CARBOXYL PROTEINASE / PSCP / PSEUDOMONAPEPSIN / PEPSTATIN-INSENSITIVE CARBOXYL PROTEINASE


分子量: 38446.191 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas sp. (バクテリア) / プラスミド: PUKCP2212 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 / 参照: UniProt: P42790, EC: 3.4.23.37
#2: タンパク質・ペプチド PSEUDOIODOTYROSTATIN


タイプ: Peptide-like / クラス: 阻害剤 / 分子量: 522.377 Da / 分子数: 1 / Mutation: Y2(PHI) / 由来タイプ: 合成 / 詳細: THE INHIBITOR WAS CHEMICALLY SYNTHESIZED. / 参照: PSEUDO-IODOTYROSTATIN
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 450 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細TYROSTATIN IS A NATURAL INHIBITOR, COMPOSED OF ISOVALERYL-TYROSYL-LEUSYL-TYROSINAL. IN 1GA1 AND ...TYROSTATIN IS A NATURAL INHIBITOR, COMPOSED OF ISOVALERYL-TYROSYL-LEUSYL-TYROSINAL. IN 1GA1 AND 1GA4, THE PROTEIN WAS CRYSTALLIZED WITH THE VARIANT OF THIS INHIBITOR, WHERE THE SECOND TYR HAD IODINE INSTEAD OF HYDROXYL, SO IN FACT IT IS P-IODOPHENYLALANINE. IN 1GA6, TYR WAS USED. WHAT THE AUTHORS OBSERVED IN 1GA4, WAS THE TRIPEPTIDE NOT TETRAPEPTIDE, LACKING THE LEU RESIDUE BETWEEN TWO AROMATIC RESIDUES. THIS IS CERTAIN, BUT IT IS NOT CLEAR HOW SUCH A MODIFIED ENTITY ENDED UP IN THE STRUCTURE, AS DISCUSSED IN THE PRIMARY REFERENCE. IN 1GA1 AND 1GA6 ONLY PARTS OF THE INHIBITOR (PARTIALLY OCCUPIED AS WELL) ARE VISIBLE IN THE ELECTRON DENSITY AND ARE MODELED AS A TYROSINE IN 1GA6 AND IODOPHENYLALANINE IN 1GA1 ACCOMPANIED BY JUST MAIN CHAIN PARTS OF ADJOINING RESIDUES, THEREFORE REPRESENTED AS UNK, UNKNOWNS. IN 1GA6 THERE WAS NO DENSITY FOR THE RESIDUE EXPECTED TO BIND TO THE N-TERMINUS OF THE AROMATIC. THE IDENTIFICATION OF IODINE IN 1GA1 WAS CONFIRMED UNEQUIVOCALLY BY ITS ANOMALOUS SCATTERING SIGNAL IN THE ANOMALOUS FOURIER MAP. THEREFORE IN 1GA4 THE AUTHORS CALLED THE MODIFIED INHIBITOR, LACKING LEU IN THE MIDDLE, AS "PSEUDOIODOTYROSTATIN". IN TWO OTHER STRUCTURES THE AUTHORS ARE NOT SURE WHAT IS REALLY THERE, SO THE INHIBITOR IS DESCRIBED AS "FRAGMENTS OF IODOTYROSTATIN" IN 1GA1 AND "FRAGMENTS OF TYROSTATIN" IN 1GA6.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.16 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 3.5
詳細: 5% guanidine, 7% glycerol, 5% methanol, 1 M ammoniumm sulfate, 0.1 M sodium citrate buffer pH 3.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
pH: 4.8
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
110 mg/mlprotein1drop
20.1 Msodium chloride1drop
35 mMcalcium chloride1drop
450 mMsodium acetate1drop
51.4 Mlithium sulfate1reservoir
60.1 MTris1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X9B / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年8月3日 / 詳細: focussing mirror
放射モノクロメーター: Si(111) double crystal, sagitally focussing
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→25 Å / Num. all: 88568 / Num. obs: 88568 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6 % / Biso Wilson estimate: 12 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Net I/σ(I): 23.3
反射 シェル解像度: 1.4→1.45 Å / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.66 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 8779 / % possible all: 10
反射
*PLUS
Num. measured all: 529714
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99.3 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
SHELXL-97精密化
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: ISOMORPHOUS WITH 1GA1
開始モデル: PDB ENTRY 1GA1

1ga1


解像度: 1.4→25 Å / 交差検証法: R-FREE / σ(F): -3 / σ(I): -3 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: Anisotropic refinement of individual atoms. Parameter errors estimated from least-squares blocked full-matrix inversion
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1554 1305 -RANDOM
Rwork0.1184 ---
all0.1222 88568 --
obs0.103 69896 79 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2725 0 7 450 3182
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.02
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.028
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.029
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.074
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.075
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.004
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0.098
LS精密化 シェル解像度: 1.4→25 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1554 1305 -
Rwork0.1222 --
obs-88568 79 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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