+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1g9j | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | X-TAL STRUCTURE OF THE MUTANT E44Q OF THE CELLULASE CEL48F IN COMPLEX WITH A THIOOLIGOSACCHARIDE | |||||||||
![]() | CELLULASE CEL48F | |||||||||
![]() | HYDROLASE / alpha-alpha-6-barrel / cellulase / thiooligosaccharide | |||||||||
機能・相同性 | ![]() | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() | |||||||||
![]() | Parsiegla, G. / Tardif, C. / Belaich, J.P. / Driguez, H. / Haser, R. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Structures of mutants of cellulase Cel48F of Clostridium cellulolyticum in complex with long hemithiocellooligosaccharides give rise to a new view of the substrate pathway during processive action 著者: Parsiegla, G. / Reverbel, C. / Tardif, C. / Driguez, H. / Haser, R. #1: ![]() タイトル: Crystal structures of the cellulase Cel48F in complex with inhibitors and substrates give insights into its processive action. 著者: Parsiegla, G. / Reverbel-Leroy, C. / Tardif, C. / Belaich, J.P. / Driguez, H. / Haser, R. #2: ![]() タイトル: The crystal structure of the processive endocellulase CelF of Clostridium cellullolyticum in complex with a thiooligosaccharide inhibitor at 2.0 resolution. 著者: Parsiegla, G. / Juy, M. / Reverbel-Leroy, C. / Tardif, C. / Belaich, J.P. / Driguez, H. / Haser, R. | |||||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 149.2 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 115.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 70868.891 Da / 分子数: 1 / 断片: CATALYTIC MODULE / 変異: E44Q / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() プラスミド: PET / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: ![]() ![]() | ||||
---|---|---|---|---|---|
#2: 多糖 | beta-D-glucopyranose-(1-4)-4-thio-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-4-thio-beta- ...beta-D-glucopyranose-(1-4)-4-thio-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-4-thio-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-4-thio-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-4-thio-beta-D-glucopyranose タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1379.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 | ||||
#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-CL / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.02 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | 温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: HEPES, PEG 4000, CaCl2, thiooligosaccharide IG12, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: Reverbel-Leroy, C., (1997) Acta Crystallogr., D.54, 114. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 290 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年10月5日 / 詳細: Osmic confocal mirrors |
放射 | モノクロメーター: osmic mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→50 Å / Num. all: 50753 / Num. obs: 45078 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 15.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.077 / Net I/σ(I): 8.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.399 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique all: 12065 / % possible all: 99 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 99 % |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 解像度: 1.9→49.76 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 2100897.2 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 49.67 Å2 / ksol: 0.375 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 19.2 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→49.76 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 1.9→2.02 Å / Rfactor Rfree error: 0.014 / Total num. of bins used: 6
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Xplor file |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 50 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
|