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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1g9g | ||||||
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タイトル | XTAL-STRUCTURE OF THE FREE NATIVE CELLULASE CEL48F | ||||||
![]() | CELLULASE CEL48F | ||||||
![]() | HYDROLASE / Cellulase / processive-endo | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Parsiegla, G. / Tardif, C. / Belaich, J.P. / Driguez, H. / Haser, R. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structures of mutants of cellulase Cel48F of Clostridium cellulolyticum in complex with long hemithiocellooligosaccharides give rise to a new view of the substrate pathway during processive action 著者: Parsiegla, G. / Reverbel, C. / Tardif, C. / Driguez, H. / Haser, R. #1: ![]() タイトル: Crystal structures of the cellulase Cel48F in complex with inhibitors and substrates give insights into its processive action. 著者: Parsiegla, G. / Reverbel-Leroy, C. / Tardif, C. / Belaich, J.P. / Driguez, H. / Haser, R. #2: ![]() タイトル: The crystal structure of the processive endocellulase CelF of Clostridium cellulolyticum in complex with a thioligosaccharide inhibitor at 2.0 a resolution. 著者: Parsiegla, G. / Juy, M. / Reverbel-Leroy, C. / Tardif, C. / Belaich, J.P. / Driguez, H. / Haser, R. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 147.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 113.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 411.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 413.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 26.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 39.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 70869.875 Da / 分子数: 1 / 断片: CATALYTIC MODULE / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() プラスミド: PETFC / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-CA / |
#3: 化合物 | ChemComp-MG / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.23 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: HEPES, PEG 4000, MgCl, Glucose, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: Reverbel-Leroy, C., (1997) Acta Crystallogr., D.54, 114. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 290 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年8月30日 |
放射 | モノクロメーター: Synchrotron / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9796 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.85→40 Å / Num. all: 54275 / Num. obs: 49813 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 12.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.091 / Net I/σ(I): 6.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.85→1.9 Å / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.354 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique all: 2584 / % possible all: 88.9 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 88.9 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1FCE 解像度: 1.9→38.59 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 2238873.49 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 36.74 Å2 / ksol: 0.3 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 19.4 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→38.59 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.9→2.02 Å / Rfactor Rfree error: 0.013 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.85 Å / 最低解像度: 40 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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