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- PDB-1g8z: HIS57ALA MUTANT OF CHOLERA TOXIN B-PENATMER -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1g8z
タイトルHIS57ALA MUTANT OF CHOLERA TOXIN B-PENATMER
要素CHOLERA TOXIN B PROTEIN
キーワードTOXIN
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell surface binding / galactose binding / catalytic complex / positive regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / toxin activity / periplasmic space / host cell plasma membrane / extracellular region / membrane
類似検索 - 分子機能
Heat-labile enterotoxin, B chain / Heat-labile enterotoxin beta chain / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #110 / Enterotoxin / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-D-galactopyranose / Cholera enterotoxin subunit B
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio cholerae (コレラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Aman, A.T. / Fraser, S. / Merritt, E.A. / Rodigherio, C. / Kenny, M.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2001
タイトル: A mutant cholera toxin B subunit that binds GM1- ganglioside but lacks immunomodulatory or toxic activity.
著者: Aman, A.T. / Fraser, S. / Merritt, E.A. / Rodigherio, C. / Kenny, M. / Ahn, M. / Hol, W.G. / Williams, N.A. / Lencer, W.I. / Hirst, T.R.
履歴
登録2000年11月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年7月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42021年10月27日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52024年10月30日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: CHOLERA TOXIN B PROTEIN
E: CHOLERA TOXIN B PROTEIN
F: CHOLERA TOXIN B PROTEIN
G: CHOLERA TOXIN B PROTEIN
H: CHOLERA TOXIN B PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,5029
ポリマ－57,7815
非ポリマー7214
水8,035446
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)101.362, 114.722, 45.591
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質
CHOLERA TOXIN B PROTEIN / CTB


分子量: 11556.197 Da / 分子数: 5 / 変異: H57A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌) / 遺伝子: CTXB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01556
#2: 糖
ChemComp-GAL / beta-D-galactopyranose / beta-D-galactose / D-galactose / galactose / β-D-ガラクトピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DGalpbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-galactopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GalpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GalSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 446 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.36 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.4
詳細: PEG 5000, NaCl, Tris HCl, galactose, pH 8.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
pH: 7.5
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
150 mM1reservoirNaCl
2100 mMTris-HCl1reservoir
332 %(w/v)PEG50001reservoir
43 mg/mlprotein1drop
5100 mMTris-HCl1drop
6300 mMbeta-D-galactopyranoside1drop

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: CUSTOM-MADE / 検出器: CCD / 日付: 1999年12月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→22 Å / Num. all: 36777 / Num. obs: 36777 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 15.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.061 / Net I/σ(I): 37
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.16 / Num. unique all: 3632 / % possible all: 99.3
反射
*PLUS

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMACrefmac_4.0.0 01/12/1999精密化
d*TREKデータ削減
HKL-2000データスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.929 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.902 / SU B: 3.551 / SU ML: 0.103 / SU R Cruickshank DPI: 0.191 / SU Rfree: 0.176 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.239 1827 4.991 %RANDOM
Rwork0.179 ---
all-36607 --
obs-34780 --
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4045 0 48 446 4539
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0110.024163
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.030.045638
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0320.051320
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.0030.023485
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.1110.15666
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.1760.31563
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.2460.32205
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd0.1360.3146
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor3.967525
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor14.89815775
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor30.4582050
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it2.96222303
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it3.89132773
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it3.83321860
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it5.28832865
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-IDNum. reflection all
2-2.09430.222210.1534404X-RAY DIFFRACTION4666
2.094-2.19780.2312240.1424011X-RAY DIFFRACTION4244
2.198-2.31220.2151920.1453671X-RAY DIFFRACTION3874
2.312-2.43910.2441700.1453282X-RAY DIFFRACTION3456
2.439-2.58070.2081460.152987X-RAY DIFFRACTION3134
2.581-2.73980.2511460.1612662X-RAY DIFFRACTION2813
2.74-2.91980.2341180.1612338X-RAY DIFFRACTION2456
2.92-3.12510.2981110.1672080X-RAY DIFFRACTION2191
3.125-3.36140.255910.1791804X-RAY DIFFRACTION1897
3.361-3.63640.219790.1791567X-RAY DIFFRACTION1646
3.636-3.96050.178650.1821346X-RAY DIFFRACTION1411
3.96-4.34790.187620.1841110X-RAY DIFFRACTION1172
4.348-4.81940.184540.195932X-RAY DIFFRACTION986
4.819-5.40550.299470.219750X-RAY DIFFRACTION797
5.405-6.15390.312360.288595X-RAY DIFFRACTION633
6.154-7.1430.457240.34456X-RAY DIFFRACTION481
7.143-8.51070.438240.35337X-RAY DIFFRACTION366
8.511-10.52640.2990.418223X-RAY DIFFRACTION249
10.526-13.79320.50170.399144X-RAY DIFFRACTION163
13.793-200.20510.40881X-RAY DIFFRACTION94
ソフトウェア
*PLUS
名称: REFMAC / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 20 Å / Rfactor obs: 0.179
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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