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- PDB-1g8h: ATP SULFURYLASE FROM S. CEREVISIAE: THE TERNARY PRODUCT COMPLEX W... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1g8h
タイトルATP SULFURYLASE FROM S. CEREVISIAE: THE TERNARY PRODUCT COMPLEX WITH APS AND PPI
要素SULFATE ADENYLYLTRANSFERASE
キーワードTRANSFERASE / alpha-beta protein / beta-barrel / Rossmann-fold / kinase fold / product complex with adenosine-5'-phosphosulfate and pyrophosphate / displacement mechanism
機能・相同性
機能・相同性情報


sulfate assimilation, phosphoadenylyl sulfate reduction by phosphoadenylyl-sulfate reductase (thioredoxin) / sulfur amino acid metabolic process / sulfate adenylyltransferase / sulfate adenylyltransferase (ATP) activity / hydrogen sulfide biosynthetic process / mitochondrion / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Sulfate adenylyltransferase / : / Sulfate adenylyltransferase / Sulfate adenylyltransferase / Sulphate adenylyltransferase / Sulphate adenylyltransferase catalytic domain / ATP-sulfurylase PUA-like domain / ATP-sulfurylase / PUA-like domain / PUA-like superfamily ...Sulfate adenylyltransferase / : / Sulfate adenylyltransferase / Sulfate adenylyltransferase / Sulphate adenylyltransferase / Sulphate adenylyltransferase catalytic domain / ATP-sulfurylase PUA-like domain / ATP-sulfurylase / PUA-like domain / PUA-like superfamily / HUPs / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Roll / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETIC ACID / ADENOSINE-5'-PHOSPHOSULFATE / : / PYROPHOSPHATE 2- / Sulfate adenylyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Ullrich, T.C. / Blaesse, M. / Huber, R.
引用ジャーナル: EMBO J. / 年: 2001
タイトル: Crystal structure of ATP sulfurylase from Saccharomyces cerevisiae, a key enzyme in sulfate activation.
著者: Ullrich, T.C. / Blaesse, M. / Huber, R.
履歴
登録2000年11月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年5月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32023年8月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SULFATE ADENYLYLTRANSFERASE
B: SULFATE ADENYLYLTRANSFERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)119,55152
ポリマ－115,6422
非ポリマー3,90950
水10,809600
1
A: SULFATE ADENYLYLTRANSFERASE
B: SULFATE ADENYLYLTRANSFERASE
ヘテロ分子

A: SULFATE ADENYLYLTRANSFERASE
B: SULFATE ADENYLYLTRANSFERASE
ヘテロ分子

A: SULFATE ADENYLYLTRANSFERASE
B: SULFATE ADENYLYLTRANSFERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)358,654156
ポリマ－346,9276
非ポリマー11,726150
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_765-y+2,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_675-x+y+1,-x+2,z1
Buried area38180 Å2
ΔGint-703 kcal/mol
Surface area116160 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)186.011, 186.011, 223.812
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32
詳細The biological assembly is a homo-hexamer: Each of the two crystallograhic independent subunits in the asymmtric unit create one trimer ring (D3 assembly). Two rings assemble in a staggered conformation.

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 SULFATE ADENYLYLTRANSFERASE


分子量: 57821.234 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: NATIVE PURIFICATION OUT OF YEAST CELLS / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: S288C-FY1679 / 参照: UniProt: P08536, sulfate adenylyltransferase

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非ポリマー , 8種, 650分子

#2: 化合物
ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物 ChemComp-ADX / ADENOSINE-5'-PHOSPHOSULFATE


タイプ: RNA linking / 分子量: 427.284 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O10PS
#7: 化合物 ChemComp-POP / PYROPHOSPHATE 2-


分子量: 175.959 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: H2O7P2
#8: 化合物
ChemComp-ACY / ACETIC ACID


分子量: 60.052 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 600 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.8 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 500 mM Sodium acetate, 50 mM HEPES, 25 mM Cadmium sulfate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
結晶化
*PLUS
温度: 18 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
120 mg/mlprotein1drop
220 mMTris-HCl1drop
31 mMEDTA1drop
41 mM1dropNaN3
50.5 M1reservoirNaOAc
650 mMHEPES1reservoir
725 mM1reservoirCdSO4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.542 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年7月29日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.542 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→25 Å / Num. all: 35298 / Num. obs: 35022 / % possible obs: 95.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 48.8 Å2 / Rsym value: 0.128 / Net I/σ(I): 5.8
反射 シェル解像度: 2.8→2.98 Å / 冗長度: 3.8 % / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique all: 5600 / Rsym value: 0.457 / % possible all: 97.1
反射
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.128
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 97.1 % / Rmerge(I) obs: 0.428

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CCP4モデル構築
CNS1精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
CCP4位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: residues 1-330 from 1G8F

1g8f


解像度: 2.8→24.87 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 4005513.35 / Data cutoff high rms absF: 4005513.35 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.245 1801 5.1 %RANDOM
Rwork0.194 ---
all0.194 35015 --
obs0.194 35015 95.3 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 48.48 Å2 / ksol: 0.372 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 35.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.92 Å26.62 Å20 Å2
2---0.92 Å20 Å2
3---1.83 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.39 Å0.28 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.48 Å0.35 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→24.87 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8154 0 163 600 8917
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.78
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.111.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.92
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.642
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.562.5
Refine LS restraints NCSNCS model details: CONSTR
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.98 Å / Rfactor Rfree error: 0.019 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.332 297 5 %
Rwork0.254 5600 -
obs-5600 97.1 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PAPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION4ADP.PARADP.TOP
X-RAY DIFFRACTION5ACYTRS.PARACYTRS.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5.1 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 35.1 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg23
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.78
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.5
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.332 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rwork: 0.254

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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