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- PDB-1g8e: CRYSTAL STRUCTURE OF FLHD FROM ESCHERICHIA COLI -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1g8e
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF FLHD FROM ESCHERICHIA COLI
要素FLAGELLAR TRANSCRIPTIONAL ACTIVATOR FLHD
キーワードTRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / genetic regulator / DNA binding protein (DNA結合タンパク質)
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of bacterial-type flagellum assembly / bacterial-type flagellum assembly / transcription regulator complex / DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Flagellar transcriptional activator fold / Flagellar transcriptional activator FlhD / Flagellar transcriptional activator FlhD / Flagellar transcriptional activator FlhD superfamily / Flagellar transcriptional activator (FlhD) / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Flagellar transcriptional regulator FlhD
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Campos, A. / Zhang, R.G. / Alkire, R.W. / Matsumura, P. / Westbrook, E.M.
引用ジャーナル: Mol.Microbiol. / 年: 2001
タイトル: Crystal structure of the global regulator FlhD from Escherichia coli at 1.8 A resolution.
著者: Campos, A. / Zhang, R.G. / Alkire, R.W. / Matsumura, P. / Westbrook, E.M.
履歴
登録2000年11月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年3月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Remark 999SEQUENCE Mass Spectrometry experiments (Soutouroina et al, 1999, J Bacteriol 181: 7500-7508) has ...SEQUENCE Mass Spectrometry experiments (Soutouroina et al, 1999, J Bacteriol 181: 7500-7508) has demonstrated that FlhD from Escherichia coli, contains 116 residues, not 119 as in the sequence database reference. The first putative start codon is not the correct one and the three first residues do not exist.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FLAGELLAR TRANSCRIPTIONAL ACTIVATOR FLHD
B: FLAGELLAR TRANSCRIPTIONAL ACTIVATOR FLHD


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,6672
ポリマ－26,6672
非ポリマー00
水2,108117
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5000 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area9570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.717, 88.717, 42.423
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number79
Space group name H-MI4

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要素

#1: タンパク質 FLAGELLAR TRANSCRIPTIONAL ACTIVATOR FLHD


分子量: 13333.386 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / プラスミド: PXL25 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3) / 参照: UniProt: P0A8S9
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 117 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 78.4 %
結晶化温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1 M Tris, 0.2 M sodium acetate, 30% PEG 5000, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / pH: 7.9
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
140 mg/mlprotein1drop
250 mMTris1drop
320-30 %PEG50001reservoir
40.05-0.2 Msodium acetate1reservoir
50.1 MTris-HCl1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9464,0.9793,0.9794,1.0332
検出器タイプ: APS-1 / 検出器: CCD / 日付: 1998年8月23日 / 詳細: sagittal focusing monochromator
放射モノクロメーター: sagittally focused Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.94641
20.97931
30.97941
41.03321
反射解像度: 1.8→10 Å / Num. all: 15124 / Num. obs: 15124 / % possible obs: 97.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.33 % / Biso Wilson estimate: 25.02 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.034 / Net I/σ(I): 21.4
反射 シェル解像度: 1.8→1.88 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.318 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 79.6
反射
*PLUS
Num. measured all: 50417

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解析

ソフトウェア
名称分類
d*TREKデータスケーリング
d*TREKデータ削減
SOLVE位相決定
CNS精密化
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散
開始モデル: none

解像度: 1.8→10 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.299 747 random
Rwork0.218 --
all0.218 15124 -
obs0.218 15124 -
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.531 Å20 Å20 Å2
2---2.531 Å20 Å2
3---5.042 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1418 0 0 117 1535
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.019
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d16.8
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.88 Å / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.318 70 4.6 %
Rwork0.299 1519 -
obs-1519 79.6 %
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.8 Å / 最低解像度: 10 Å / σ(F): 0
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg16.8
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.318 / % reflection Rfree: 4.6 % / Rfactor Rwork: 0.299 / Rfactor obs: 0.299

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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