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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1g89 | ||||||
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タイトル | STRUCTURE OF THE BOVINE ANTIMICROBIAL PEPTIDE INDOLICIDIN BOUND TO DODECYLPHOSPHOCHOLINE MICELLES | ||||||
![]() | INDOLICIDIN | ||||||
![]() | ANTIMICROBIAL PROTEIN / poly-L-proline II helix / half turn | ||||||
機能・相同性 | ![]() Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / defense response to fungus / lipopolysaccharide binding / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium / innate immune response / extracellular space 類似検索 - 分子機能 | ||||||
手法 | 溶液NMR / distance geometry, simulated annealing | ||||||
![]() | Rozek, A. / Friedrich, C.L. / Hancock, R.E. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of the bovine antimicrobial peptide indolicidin bound to dodecylphosphocholine and sodium dodecyl sulfate micelles. 著者: Rozek, A. / Friedrich, C.L. / Hancock, R.E. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 79.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 62 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 336.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 415.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 6.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 9.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1g8cC C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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NMR アンサンブル |
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要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1908.299 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 詳細: The peptide was chemically synthesized. The sequence occurs naturally in Bos taurus (bovine) neutrophils. The sequence is naturally amidated at the C-terminus. 参照: UniProt: P33046 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||
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NMR実験 |
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NMR実験の詳細 | Text: This structure was determined using standard 2D homonuclear techniques. |
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試料調製
詳細 | 内容: 2 mM indolicidin; 400 mM dodecylphosphocholine / 溶媒系: 10 mM phosphate buffer; 90% H2O,10% D2O |
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試料状態 | イオン強度: 400 mM DPC / pH: 4.7 / 圧: ambient / 温度: 310 K |
結晶化 | *PLUS 手法: other / 詳細: NMR |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター |
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解析
NMR software |
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精密化 | 手法: distance geometry, simulated annealing / ソフトェア番号: 1 詳細: The structures are based on 118 (non-redundant) NOE-derived distance restraints, 61 inter-residue and 57 intra-residue | ||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: closest to the average | ||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations,structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 16 |