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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1g7z | ||||||||||||||||||
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タイトル | NMR SOLUTION STRUCTURE OF D(CGCTAGCG)2 | ||||||||||||||||||
要素 | 5'-D(*キーワード | DNA / TOTO / C13 DYNAMICS / CONFORMATIONAL EXCHANGE / PHOSPHATE CONFORMATION / DEOXYRIBOSE CONFORMATION / HELICAL PARAMETER / ORDER PARAMETER | 機能・相同性 | DNA | 機能・相同性情報 手法 | 溶液NMR / The RANDMARDI procedure of the complete relaxation matrix analysis method, MARDIGRAS, was used to calculate interproton distance bounds from the integrated NOESY cross-peak intensities. These distance bounds were then used as restraints in an RMD procedure to yield 20 structures. | データ登録者 | Isaacs, R.J. / Spielmann, H.P. | 引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2001 タイトル: Relationship of DNA structure to internal dynamics: correlation of helical parameters from NOE-based NMR solution structures of d(GCGTACGC)(2) and d(CGCTAGCG)(2) with (13)C order ...タイトル: Relationship of DNA structure to internal dynamics: correlation of helical parameters from NOE-based NMR solution structures of d(GCGTACGC)(2) and d(CGCTAGCG)(2) with (13)C order parameters implies conformational coupling in dinucleotide units. 著者: Isaacs, R.J. / Spielmann, H.P. #1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1998 タイトル: Dynamics of a Bis-intercalator DNA Complex by 1H-Detected Natural Abundance 13C NMR Spectroscopy 著者: Spielmann, H.P. #2: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1995 タイトル: Solution structure of a DNA complex with the fluorescent bis-intercalator TOTO determined by NMR spectroscopy. 著者: Spielmann, H.P. / Wemmer, D.E. / Jacobsen, J.P. 履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1g7z.cif.gz | 200.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1g7z.ent.gz | 166.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1g7z.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1g7z_validation.pdf.gz | 312.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1g7z_full_validation.pdf.gz | 496 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1g7z_validation.xml.gz | 5.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1g7z_validation.cif.gz | 10.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g7/1g7z ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g7/1g7z | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 2427.605 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: phosphoramadites on solid support |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR |
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NMR実験 | タイプ: 2D NOESY |
NMR実験の詳細 | Text: This structure was determined using standard 2D homonuclear techniques. |
-試料調製
詳細 | 内容: 4 mM DNA duplex / 溶媒系: 99.96% D2O |
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試料状態 | イオン強度: NaCl(100mM),PO4-(20mM),NaN3(10mM),EDTA(0.1mM) pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 298 K |
結晶化 | *PLUS 手法: other / 詳細: NMR |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター | タイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 500 MHz |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: The RANDMARDI procedure of the complete relaxation matrix analysis method, MARDIGRAS, was used to calculate interproton distance bounds from the integrated NOESY cross-peak intensities. These ...手法: The RANDMARDI procedure of the complete relaxation matrix analysis method, MARDIGRAS, was used to calculate interproton distance bounds from the integrated NOESY cross-peak intensities. These distance bounds were then used as restraints in an RMD procedure to yield 20 structures. ソフトェア番号: 1 詳細: The structures are based on a total of 540 restraints, 518 are NOE-derived distance constraints and 22 distance restraints from hydrogen bonds. | ||||||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: lowest pairwise rmsd from other conformers | ||||||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: back calculated data agree with experimental NOESY spectrum 計算したコンフォーマーの数: 20 / 登録したコンフォーマーの数: 20 |