PDB-1g7d: NMR STRUCTURE OF ERP29 C-DOMAIN

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1g7d

タイトル

NMR STRUCTURE OF ERP29 C-DOMAIN

要素

ENDOPLASMIC RETICULUM PROTEIN ERP29

小胞体

キーワード

CHAPERONE (シャペロン) /

alpha helical protein (Αヘリックス)

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of endoplasmic reticulum stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway /

protein secretion /

小胞体 / negative regulation of protein secretion / response to endoplasmic reticulum stress /

intracellular protein transport /

メラノソーム /

フォールディング / protein-folding chaperone binding / positive regulation of protein phosphorylation ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Rattus norvegicus (ドブネズミ)

手法

溶液NMR / torsion angle dynamics,

molecular dynamics

データ登録者

Liepinsh, E. / Mkrtchian, S. / Barishev, M. / Sharipo, A. / Ingelman-Sundberg, M. / Otting, G.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2001
タイトル: Thioredoxin fold as homodimerization module in the putative chaperone ERp29: NMR structures of the domains and experimental model of the 51 kDa dimer.
著者: Liepinsh, E. / Baryshev, M. / Sharipo, A. / Ingelman-Sundberg, M. / Otting, G. / Mkrtchian, S.

履歴

登録	2000年11月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2000年11月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月27日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年2月23日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.4	2024年5月22日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1g7d.cif.gz	648.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1g7d.ent.gz	542 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1g7d.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g7/1g7d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g7/1g7d	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1g7eC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1xg8-d 5yj1-8 5uwg-2 1zox-d 3nxb-2 4dxz-d 4l1d-3 1mpj-d 1u9k-1 1krt-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#32 - 2002年8月シャペロン (Chaperones) 類似性 (1) #108 - 2008年12月 Hsp90 (Hsp90) 類似性 (1) #110 - 2009年2月オーキシンとTIR1ユビキチンリガーゼ (Auxin and TIR1 Ubiquitin Ligase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: ENDOPLASMIC RETICULUM PROTEIN ERP29

11.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 50	structures with the lowest energy,target function
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質	ENDOPLASMIC RETICULUM PROTEIN ERP29 / 小胞体分子量: 11787.470 Da / 分子数: 1 / 断片: C-TERMINAL DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 / 参照: UniProt: P52555

-
実験

実験

手法:

溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	HNCA, HNCO, HN(CO)CA
1	2	1	3D 15N-separated NOESY
1	3	1	3D 13C-separated NOESY
2	4	2	2D NOESY, 2D TOCSY, DQF COSY
1	5	1	3D HNHB

NMR実験の詳細

Text: The signal assignment was determined using triple-resonance NMR spectroscopy. The structure was determined using standard 2D homonuclear techniques.

-
試料調製

詳細

Solution-ID	内容	溶媒系
1	2mM C-domain ERp29 U-15N,13C	90% H2O/10% D2O
2	2mM C-domain ERp29	90% H2O/10% D2O

試料状態

Conditions-ID	イオン強度	pH	圧 (kPa)	温度 (K)
1	.1	4.7	ambient	308 K
2	.1	4.7	ambient	308 K

結晶化

*PLUS

手法: その他 / 詳細: NMR

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker DMX / 製造業者: Bruker / モデル: DMX / 磁場強度: 600 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
XwinNMR	1.5	Bruker	collection
PROSA	3.6	Guentert	解析
XEASY	970326	Bartels	データ解析
DYANA	1.5	Guentert	構造決定
OPAL	2.6	Luginbul	精密化
MOLMOL	2.6.0	Koradi	データ解析

精密化

手法: torsion angle dynamics,

molecular dynamics / ソフトェア番号: 1
詳細: The input for the final structure calculation of C-domain protein consisted of 1492 upper limit distance restraints and 340 measured HN-Ha, Ha-Hb, 15N-Hb coupling constants resulting in 328 ...

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy,target function
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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